路德维希·克里帕尔;佩德罗·巴拉奥纳 将约束规划应用于刚体蛋白质对接。 （英语） Zbl 1153.68468号 van Beek，Peter（编辑），约束编程的原理和实践–CP 2005。2005年10月1日至5日在西班牙西奇举行的CP 2005第11届国际会议。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-540-29238-8/pbk）。计算机科学课堂讲稿3709，373-387（2005）。 总结：在本文中，我们展示了约束编程（CP）技术如何提高基于网格的算法的效率和适用性，以优化复杂实体之间的表面接触。我们使用BiGGER（具有全局评估和排序的双分子复合物生成）来说明用于建模蛋白质相互作用的方法，这是当前生物信息学的一项重要工作。BiGGER通过保持区间约束的边界一致性来修剪搜索空间，区间约束模拟了形状接触但不重叠的要求，并通过使用分支和边界方法来搜索最适合的模型。与使用傅里叶变换匹配蛋白质结构的流行蛋白质对接方法相比，这种CP方法使BiGGER具有一些效率优势。我们还提出了一种有效的算法，可以主动对两个结构物到码头的点之间的距离施加广泛的约束或约束组合，它允许使用实验数据来提高建模蛋白质相互作用的效率和速度，而这在傅里叶变换方法中是无法实现的。这表明约束编程提供了一种不同的蛋白质对接方法（以及形状拟合），在提高效率的同时增加了应用范围。有关整个系列，请参见[Zbl 1140.68002号]. 引用于1文件 MSC公司： 68T20型 人工智能背景下的问题解决（启发式、搜索策略等） 90 C59 数学规划中的近似方法和启发式 92C40型 生物化学、分子生物学 软件：更大的;PSICO公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{L.Krippahl}和\textit{P.Barahona}，莱克特。注释计算。科学。3709373-387（2005年；Zbl 1153.68468） 全文： 内政部