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赵吉珍；罗素·L·马伯格。；蔡丽明

通过图树分解快速从头计算预测RNA假结。 （英语） 兹比尔1143.92016

数学杂志。生物。 56，编号1-2145-159（2008）.
摘要：由于自由能模型下核苷酸相互作用的序列构象难以计算，包括假结在内的RNA二级结构的预测仍然是一个挑战。优化算法通常假设预测的RNA结构为受限类，但仍需要高次多项式时间复杂度，使用成本太高。启发式方法可能产生时间效率高的算法，但它们不能保证预测结构的最佳性。
本文介绍了一种新的、有效的算法，用于预测结构不受限制的带有伪结的RNA结构。基于图树分解开发了新的预测技术。特别是，基于简化的能量模型，用图定义了茎重叠关系，其中一个专门的最大独立集对应于所需的最佳结构。这样的图是树可分解的；在图的树分解上进行动态规划可以得到一个有效的优化算法。最后的结构预测基于在更全面的自由能模型下重新排列次优结构列表。新算法是基于从不同资源中提取的大量RNA序列集进行评估的。它显示出整体敏感性和特异性，优于或可与以前的优化和启发式算法相比较，但所需时间明显少于比较的优化算法。

引用于2文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
05C90年 图论的应用
90 C90 数学规划的应用
92-08 生物问题的计算方法

关键词：

RNA二级结构预测；假结；热力学能量；树分解；树木宽度；最大独立集

软件：

RNA形状；Pfold（折叠）；HotKnots（热结）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Zhao}等人，J.Math。生物学56，编号1--2，145-159（2008；Zbl 1143.92016）
全文： 内政部

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