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低能Boltzmann系综RNA二级结构的有效取样。 (英语) Zbl 1144.92016

小结:我们在这里采用了一种令人惊讶的技术,boustrophedon方法,以加快从Boltzmann低能系综中提取RNA二级结构的速度。这种技术很简单,实现也很简单,因为它只需要按照这些算法的随机回溯阶段中已经执行的一些操作的顺序进行排列。然而,它极大地提高了最坏情况下的复杂度,从\({\mathcal{O}({n^2})\)提高到\({\mathcal{O}({n\log(n)})\),其大小相当于原始序列的\(n\)。此外,在玻尔兹曼加权均聚物模型中,生成的平均情况复杂度从\({\mathcal{O}({n\sqrt{n}}))提高到\({\mathcal{O}({n\log(n)})\)R、 努西诺夫A、 雅各布森【美国国家科学院学报776903-6913(1980)】自由能模型。通过对结构化(果蝇属黑腹果蝇mRNA 5S)和杂交(金黄色葡萄球菌RNAIII)RNA序列的实验,这些结果被扩展到更真实的特纳自由能模型中,使用了一个boustrophedon修改版的流行软件unfold。这种改进允许在给定时间内对更大、更重要的结构进行采样。

理学硕士:

92C40型 生物化学、分子生物学
68问25 算法与问题复杂度分析
82D60号 聚合物统计力学
05A16号 渐近枚举
82B41号 平衡统计力学中的随机游动,随机表面,格子动物等
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全文: 内政部

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