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扬恩庞蒂

低能玻尔兹曼系综RNA二级结构的有效采样。 （英语） Zbl 1144.92016年

数学杂志。生物。 56，编号1-2，107-127（2008）.
小结：我们在这里采用了一种令人惊讶的技术，即boutrophedon方法，以加快从Boltzmann低能系综中提取RNA二级结构的速度。该技术简单且实现直接，因为它只需要按照这些算法的随机回溯阶段已经执行的某些操作的顺序进行置换。然而，由于原始序列的大小，它大大提高了它们的最坏情况复杂度，从\（{mathcal{O}}（{n^2}）\）到\（{mathcal{O}}）（{n\log（n）}）。此外，在基于R.努西诺夫和A.雅各布森[美国国家科学院院刊77，6903–6913（1980）]自由能源模型。通过使用流行软件UnaFold的boustrophedon修改版本对结构化（果蝇信使核糖核酸5S）和杂交（金黄色葡萄球菌信使核糖核酸III）RNA序列进行实验，将这些结果扩展到更真实的特纳自由能模型。这种改进允许在给定的时间内对更多和更重要的结构集进行采样。

引用于2文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
65年第68季度 算法和问题复杂性分析
82D60型 聚合物统计力学
2016年1月5日 渐进枚举
82个B41 平衡统计力学中的随机行走、随机表面、晶格动物等

关键词：

统计抽样;玻尔兹曼自由能系综;RNA结构;MFE折叠

软件：

DINAMelt公司;GenRGenS公司;Sfold公司;gfun公司;法国皇家医学会;RNA形状
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛Y.Ponty｝，J.数学。生物学56，编号1--2，107-127（2008；Zbl 1144.92016）
全文： 内政部

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