×

非编码RNA研究中的计算方法。 (英语) Zbl 1143.92010号

综述:非蛋白编码rna(ncRNAs)是生物信息学的研究热点。最近的发现揭示了新的ncRNA家族发挥着从基因表达调控到催化活性等多种作用。另据信,其他家庭仍有待揭晓。蛋白质编码基因的计算方法在寻找ncrna时常常失败。非编码RNA的功能往往严重依赖于其二级结构,这使得基因发现与蛋白质编码RNA基因有很大的不同。这推动了ncRNA研究的具体方法的发展。本文综述了识别ncrna和预测二级结构的主要方法。

理学硕士:

92C40型 生物化学、分子生物学
92-08年 生物学问题的计算方法
PDF格式 BibTeX公司 XML 引用
全文: 内政部 链接

参考文献:

[1] Abrahams J.P.,van den Berg M.,van Batenburg E.,Pleij C.(1990年)。通过计算机模拟预测RNA二级结构,包括假打结。核酸研究18(10):3035-3044
[2] Akmaev V.R.,Kelley S.T.,Stormo G.D.(2000年)。用于RNA结构预测的系统发育增强统计工具。生物信息学16(6):501–512
[3] Allali J.,Sagot M.F.(2005年)。高水平RNA二级结构比较的新距离。翻译。计算机。生物信息。2(1):3–14·Zbl 05103333
[4] Bafna诉,Tang H.,Zhang S.(2006年)。未对齐RNA序列的一致折叠。J、 计算机。生物学13(2):283-295·Zbl 1119.92310
[5] Bafna,V.,Zhang,S.:Fast,R.:非编码RNA的快速数据库搜索工具。2004年IEEE计算系统生物信息学会议论文集(CSB2004)(2004)
[6] Barash D.(2004年)。突变预测RNA构象转换的拉普拉斯矩阵第二特征值。生物信息学20(12):1861-1869
[7] 迪伯纳多D.,唐特,哈伯德T.(2003)。ddbRNA:多重排列中保守二级结构的检测。生物信息学19(13):1606–1611
[8] Bernhart S.H.,Hofacker I.L.,Stadler P.F.(2006年)。大序列中的局部RNA碱基配对概率。生物信息学22(5):614–615·Zbl 05325661
[9] Blackburn,E.H.:端粒酶(1993)RNA世界。纽约冷泉港实验室出版社
[10] Bonhoeffer S.,McCaskill J.S.,Stadler P.F.,Schuster P.(1993年)。RNA多结构景观-基于温度依赖性分配函数的研究。欧洲生物物理。J、 22(1):13–24
[11] Bonnet E.,Wuyts J.,Rouze P.,de Peer Y.V.(2004年)。有证据表明,与其他非编码rna不同,microRNA前体比随机序列具有更低的折叠自由能。生物信息学20(17):2911–2917
[12] Bouthinon D.,Soldano H.(1999年)。一种预测一组未对齐RNA序列共有二级结构的新方法。生物信息学15(10):785-798
[13] Brown J.W.(1999年)。核糖核酸酶P数据库。核酸研究27(1):314·Zbl 05435094
[14] 布朗M.P.S.(2000年)。使用随机上下文无关文法的小亚基核糖体RNA建模。程序。内景。内景。系统。分子生物学8:57-66
[15] Brown,M.P.S.,Wilson,C.:利用随机上下文无关语法与数据库搜索应用的交集进行RNA伪结建模。太平洋生物计算研讨会,第109-125页(1996年)
[16] Chan C.Y.,Lawrence C.E.,Ding Y.(2005年)。在Sfold web服务器上构造集群功能。生物信息学21(20):3926–3928
[17] 陈建华,乐S.Y.,Maizel J.V.(2000)。核糖核酸常见二级结构预测:遗传算法方法。核酸研究28(4):991-999
[18] 陈圣杰,迪尔·K.A.(2000)。RNA折叠能量景观。程序。国家学院。科学。第97卷第2页:646–651页
[19] Chiang,D.,Joshi,A.K.:估计双链分子配分函数的形式文法。在:2002年HLT会议记录,圣地亚哥,3月,第63-67页(2002年)
[20] Churkin,A.,Barash,D.:RNAmute:RNA二级结构突变分析工具。BMC生物信息学7(221)(2006)
[21] Clote P.(2005年)。基于Nussinov-Jacobson能量模型计算局部最优RNA二级结构景观的有效算法。J、 计算机。生物学12(1):83–101
[22] Clote P.(2005年)。RNA丢失:RNA局部最优二级结构的web服务器。核酸研究33:600–604·Zbl 05437592
[23] Clote P.,Ferre F.,Kranakis E.,Krizanc D.(2005年)。结构RNA的折叠能量比相同二核苷酸频率的随机RNA低。核糖核酸11:578–591
[24] Cole J.R.,Chai B.,Marsh T.L.,Farris R.J.,Wang Q.,Kulam S.A.,Chandra S.,McGarell D.M.,Schmidt T.M.,Garrity G.M.,Tiedje J.M.(2003年)。核糖体数据库项目(RDP-II):预览一个新的自动比对器,允许定期更新和新的原核分类学。核酸研究31(1):442–443·Zbl 05435272
[25] Cormen T.H.,Leiserson C.E.,Rivest R.L.(1990年)。算法简介。麻省理工学院出版社,剑桥·Zbl 1158.68538
[26] Coventry,A.,Kleitman,D.J.,Berger,B.:MSARI:用于RNA二级结构统计检测的多序列比对。程序。国家学院。科学。101(33),12,102–12,107(2004年)
[27] Cupal J.,Hofacker I.L.,Stadler P.F.(1996年)。RNA二级结构状态密度的动态规划算法。计算机。科学。生物学96:184-186
[28] Danilova L.V.,Pervouchine D.D.,Favorov A.V.,Mironov A.A.(2006年)。核糖核酸酶动力学:一个网络服务器,模拟伸长RNA的二级结构动力学。J、 生物信息。计算机。生物4(2):589-596
[29] 丁勇(2006)。RNA二级结构预测的统计和贝叶斯方法。核糖核酸12:323–331
[30] 丁勇,陈春英,劳伦斯C.E.(2004)。用于核酸统计折叠和合理设计的Sfold web服务器。核酸研究32(网络服务器问题):W135–W141·Zbl 05435364号
[31] 丁勇,劳伦斯·C.E.(2003)。RNA二级结构预测的统计抽样算法。核酸研究31(24):7280–7301
[32] Dirks R.M.,皮尔斯N.A.(2003年)。含假结的核酸二级结构的配分函数算法。J、 计算机。化学。24(13):1664–1677年·Zbl 05428255
[33] Dirks R.M.,皮尔斯N.A.(2004年)。一种计算包括伪结的核酸碱基配对概率的算法。J、 计算机。化学。25:1295-1304年·Zbl 05428256
[34] Do C.B.,Woods D.A.,Batzoglou S.(2006年)。相反:没有物理模型的RNA二级结构预测。生物信息学22(14):e90–e98
[35] Dowell,R.D.:使用随机上下文无关语法的RNA结构比对。博士论文(2004)
[36] Dowell R.D.,Eddy S.R.(2006年)。利用序列比对约束进行有效的成对RNA结构预测和比对。BMC生物信息学7:400
[37] Eddy S.R.(2001年)。非编码RNA基因与现代RNA世界。国家版次2:919–929
[38] Eddy S.R.(2002年)。非编码RNA基因的计算基因组学。109号手机:137-140
[39] Eddy S.R.(2002年)。一种内存有效的动态规划算法,用于序列与RNA二级结构的最佳比对。生物信息学3(1):18·Zbl 05325844
[40] Eddy S.R.(2004年)。RNA折叠算法是如何工作的。自然生物技术。第22卷第11期:1457–1458页
[41] Eddy,S.R.,Durbin,R.:使用协方差模型进行RNA序列分析。核酸研究,2079-2088(1994)
[42] Fichant G.A.,Burks C.(1991年)。在基因组DNA序列中识别潜在的tRNA基因。J、 分子生物学220:659–671
[43] Flamm C.,Fontana W.,Hofacker I.L.,Schuster P.(2000年)。RNA折叠的基本步骤。核糖核酸6:325–338
[44] Higgings D.G.,Thompson J.D.,Gibson T.J.(1996年)。使用CLUSTAL进行多序列比对。方法酶法。266:383–402页
[45] Gan H.H.,Fera D.,Zorn J.,Shiffeldrim N.,Tang M.,Laserson U.,Kim N.,Schlick T.(2004年)。RAG:RNA作为图形数据库-概念、分析和特性。生物信息学20(8):1285-1291
[46] Gorodkin J.,Heyer L.J.,Stormo G.D.(1997年)。在一组RNA序列中找到最重要的共同序列和结构基序。核酸研究25(18):3724-3732
[47] Gorodkin J.,Stricklin S.L.,Stormo G.D.(2001年)。在未对齐的RNA序列中发现常见的茎环基序。核酸研究29(10):2135-2144
[48] Greider,C.:端粒酶生物化学与调控(1995),载于:端粒。纽约冷泉港实验室出版社
[49] Griffiths Jones S.,Bateman A.,Marshall M.,Khanna A.,Eddy S.R.(2003年)。一个RNA家族数据库。核酸研究31(1):439–441·Zbl 05435656
[50] Griffiths Jones S.,Moxon S.,Marshall M.,Khanna A.,Eddy S.R.,Bateman A.(2005年)。Rfam:注释完整基因组中的非编码rna。核酸研究33:D121–D124·Zbl 05437549号
[51] Gulko,B.,Hausler,D.:使用多重比对和系统发育树来检测RNA二级结构。太平洋生物计算研讨会,第350-367页(1996年)
[52] Haebel P.,Gutmann S.,Ban N.(2004年)。拨打tm求救:tmRNA与缺陷mrna上的核糖体结合。货币。奥平。结构。生物14:58-65
[53] Hannon G.J.(2002年)。RNA干扰。自然418:244–251
[54] Havgaard J.H.,Lyngso R.,Stormo G.D.,Gorodkin J.(2005年)。序列相似性小于40%的RNA序列成对局部结构比对。生物信息学21(9):1815-1824
[55] Herbel J.,Stadler P.F.(2006年)。大海捞针:在比较基因组学数据中识别microRNA前体。生物信息学22(14):197–202
[56] 希格斯粒子物理学(2000)。RNA二级结构:物理和计算方面。Q、 生物物理评论。33(3):199–253页
[57] Hochsmann,M.,Toller,T.,Giegerich,R.,Kurtz,S.:RNA二级结构的局部相似性。在:计算系统生物信息学论文集(CSB 2003),159–168(2003)
[58] Hochsmann M.,Voss B.,Giegerich R.(2004年)。纯多RNA二级结构比对:一种渐进的轮廓方法。IEEE传输。计算机。生物信息。1(1):53–62·Zbl 05103331
[59] Hofacker I.L.(2003年)。维也纳RNA二级结构服务器。核酸研究31(13):3429–3431·Zbl 05435843
[60] Hofacker I.L.,Benhart S.H.F.,Stadler P.F.(2004年)。RNA碱基配对概率矩阵的比对。生物信息学20(14):2222–2227
[61] Hofacker I.L.,Fekete M.,Stadler P.F.(2002年)。定向RNA序列的二级结构预测。J、 分子生物学319:1059-1066
[62] Hofacker I.L.,Fontana W.,Stadler P.F.,Bonhoeffer L.S.,Tacker M.,Schuster P.(1994年)。RNA二级结构的快速折叠与比较。莫纳什。化学。125:167-188页
[63] 霍姆斯,I.:RNA结构进化的加速概率推断。BMC生物信息学6(73)(2005年)。doi:10.1186/1471-2105-6-73
[64] Holmes,I.,Rubin,G.M.:成对RNA结构与SCFGs的比较。Pacif生物计算研讨会,第163-174页(2002年)
〔65〕 Huttenhofer A.,Schattner P.,Polacek N.(2005年)。非编码rna:希望还是炒作。趋势基因。第21卷第5页:第289–297页
[66] 詹姆斯B.D.,奥尔森G.J.,佩斯N.R.(1989年)。RNA二级结构的系统发育比较分析。方法酶法。180:227-239
[67] 季妍、徐曦、斯托默G.D.(2004)。用图论方法预测未对齐序列中常见的RNA二级结构模体,包括假结。生物信息学20(10):1591-1602
[68] 姜涛、林庚、马乙、张克(2002)。RNA结构之间的一般编辑距离。J、 计算机。生物学9:371-388
〔69〕 姜涛、王磊、张克(1995)。树的对齐-树编辑的替代方法。理论。计算机。科学。143:137-148页·Zbl 0873.68150
[70] Juan V.,Wilson C.(1999年)。基于自由能和系统发育分析的RNA二级结构预测。J、 分子生物学289:935-947
[71] 只是W(2001年)。多序列比对的计算复杂度。J、 计算机。生物学8(6):615-623
[72] Keenan R.J.,Freymann D.M.,Stroud R.M.,Walter P.(2001年)。信号识别粒子。每年。生物化学版。70:755–775页
[73] Klein R.J.,Eddy S.R.(2003年)。寻找单结构RNA序列的同源物。生物信息学4(1):44·Zbl 05325884
[74] Klein R.J.,Misulovin Z.,Eddy S.E.(2002年)。在富含AT的嗜热菌中鉴定出非编码RNA基因。程序。国家学院。科学。99(11):7542-7547
[75] 奈特R.,伯明翰A.,亚鲁斯M.(2004)。BayesFold:结合热力学、协变量和化学数据的有理2o折叠。核糖核酸10:1323–1336
[76] Knudsen B.,Hein J.(1999年)。基于随机上下文无关文法和进化史的RNA二级结构预测。生物信息学15(6):446–454
[77] Knudsen B.,Hein J.(2003年)。Pfold:使用随机上下文无关文法预测RNA二级结构。核酸研究31(13):3423–3428·Zbl 05436016
[78] Krogh A.,Brown M.,Mian I.S.,Sjolander K.,Hausler D.(1994年)。计算生物学中的隐马尔可夫模型-在蛋白质建模中的应用。J、 分子生物学235:1501-1531
[79] Lagos Quintana M.,Rauhut R.,Lendeckel W.,Tuschl T.(2001年)。小表达rna编码新基因的鉴定。科学294:853–858
[80] Lai E.C.,Tomancak P.,Williams R.W.,Rubin G.M.(2003年)。果蝇microRNA基因的计算鉴定。基因组生物学4:R42.1–R42.20
[81] Laslett D.,Canback B.(2004年)。ARAGORN,一个在核苷酸序列中检测tRNA基因和tmRNA基因的程序。核酸研究32(1):11-16
[82] Laslett D.,Canback B.,Andersson S.(2002年)。BRUCE:在核苷酸序列中检测转移信使RNA基因的程序。核酸研究30(15):3449–3453
[83] Le S.V.,Chen J.H.,Currey K.M.,Maizel J.V.J.(1988年)。预测重要RNA二级结构的程序。计算机。申请。比奥西。4(1):153–159
[84] Lim L.P.,Lau N.C.,Weinstein E.G.,Abdelhakim A.,Yekta S.,Rhoades M.W.,Burge C.B.,Bartel D.P.(2003年)。秀丽隐杆线虫的microRNAs。基因进化17:991-1008
[85] 刘丙、白乙、斯科格尔波G、蔡力、邓伟、张勇、卜德、赵勇、陈瑞(2005)。NONCODE:非编码rna的综合知识库。核酸研究33:D112-D115·Zbl 05437456
[86] Liu J.,Gough J.,Rost B.(2006年)。利用支持向量机区分蛋白质编码和非编码rna。公共科学图书馆基因。2(4):e29
[87] Lowe T.M.,Eddy S.R.(1997年)。tRNAscan-SE:一个改进基因组序列中转移RNA基因检测的程序。核酸研究25(5):955–964
[88] Lowe T.M.,Eddy S.R.(1999年)。酵母甲基化指南snoRNAs的计算屏幕。科学283:1168-1171
[89] 结合新的计算和传统的实验方法来识别tRNA和snoRNA基因家族。华盛顿大学硕士论文(1999年)
[90] Luck R.,Graf S.,Steger G.(1999年)。ConStruct:保守结构热力学控制预测的工具。核酸研究27(21):4208-4217
[91] Lyngso R.B.,Pedersen C.N.(2000年)。基于能量模型的RNA假结预测。J、 计算机。生物7:409–427
[92] Mathews D.H.(2005年)。预测两个序列共有的最小自由能RNA二级结构。生物信息学21(10):2246–2253
[93] Mathews D.H.,迪士尼医学博士,Childs J.L.,Schroeder S.J.,Zuker M.,Turner D.H.(2004年)。将化学修饰约束引入预测RNA二级结构的动态规划算法。程序。国家学院。科学。101(19):7287–7292
[94] Mathews D.H.,Turner D.H.(2002年)。Dynalign:一种寻找两个RNA序列共有的二级结构的算法。J、 《分子生物学》317:191-203
[95] Mattick,J.S.,Makunin,I.V.:非编码RNA。人类分子遗传学。第15卷第1页,第17-29页(2006年)
[96] McCaskill J.S.(1990年)。RNA二级结构的平衡配分函数和碱基对结合概率。生物聚合物29:1105–1119
[97] Meyer,I.M.,Miklos,I.:共转录折叠是在RNA基因中编码的。BMC分子生物学5(10)(2004年)。内政部:10.1186/1471-2199-5-10
[98] Militello,K.T.,Patel,V.,Chessler,A.D.,Fisher,J.K.,Kasper,J.M.,Gunasekera,A.,Wirth,D.F.:RNA聚合酶II在恶性疟原虫中合成反义RNA。RNA 11(2005)
[99] Moulton诉(2005年)。追踪非编码RNA。程序。国家学院。科学。102(7):2269–2270
[100] Nam J.W.,Kim J.,Kim S.K.,Zhang B.T.(2006年)。ProMIRⅡ:一个用于对聚集的、非聚集的、保守的和非聚集的microrna进行概率预测的web服务器。核酸研究34:455-458·Zbl 05437820
[101] Notredame C.,Brien E.A.O.,Higgins D.G.(1997年)。利用遗传算法进行RNA序列比对。核酸研究25(22):4570–4580
[102] Notredame C.,Higgins D.G.,Heringa J.(2000年)。T-Coffee:一种快速精确的多序列比对方法。J、 分子生物学302(1):205-217
[103] de Novoa P.G.,Williams K.P.(2004年)。tmRNA网站:质体和其他内共生体中tmRNA的还原进化。核酸研究32:D104–D108·Zbl 05436487号
[104] Nussinov R.,Pieczenik G.,Griggs J.R.,Kleitman D.J.(1978年)。循环匹配算法。暹罗应用杂志。数学。35(1):68–82·Zbl 0411.92008
[105] Pavesi A.,Conterio F.,Bolchi A.,Dieci G.,Ottonello S.(1994年)。转录控制区多步加权矩阵分析在基因组DNA数据库中鉴定新的真核tRNA基因。核酸研究22(7):1247-1256
[106] Pedersen J.S.,Meyer I.M.,Forsberg R.,Simmonds P.,Hein J.(2004年)。寻找和折叠含有蛋白质编码区的RNA二级结构的比较方法。核酸研究32(16):4925-4936
[107号] Perriquet O.,Touzet H.,Dauchet M.(2003年)。找到两个同源rna共有的结构。生物信息学19(1):108-116
[108] Piccinelli P.,Rosenblad M.A.,Samuelson T.(2005年)。多种真核生物核糖核酸酶P和MRP RNA的鉴定与分析。核酸研究33(14):4485–4495
[109号] Pipas J.M.,McMahon J.E.(1975年)。预测RNA二级结构的方法。程序。国家学院。科学。72(6):2017年至2021年
[110] Reeder,J.,Giegerich,R.:基于热力学的实用伪结折叠算法的设计、实现和评估。BMC生物信息学5(104)(2004)
[111] Reeder J.,Hochsmann M.,Rehmmeier M.,Voss B.,Giegerich R.(2006年)。超越mfold:RNA生物信息学的最新进展。J、 生物技术。124(1):41-55
[112] Regalia M.,Rosenblad M.A.,Samuelson T.(2002年)。信号识别粒子RNA基因预测。核酸研究30(15):3368–3377
[113] Reis E.M.,Louro R.,Nakaya H.I.,Verjovski Almeida S.(2005年)。当反义RNA变得内向。经济学9(1):2–12
[114] Reis E.M.,Nakaya H.I.,Louro R.,Canavez F.C.,Flatshart A.V.,Almeida G.T.,Egidio C.M.,Paquola A.C.,Machado A.A.,FestaA F.,FestaA F.,Yamamoto D.,Alvarenga R.,da Silva C.C.,Brito G.C.,Simon S.D.,Simon S.D.,Moreira Filho C.A.,Leite K.R.,Camara Lopes L.H.,CamaraS.H.,Campos F.S.,Gimba E.,Gimba E.,Vignal G.M.,El Dorry H.,Sogayar M.C.,BaQuquos M.C.,Barcinski M.A.,da早上好。,Verjovski Almeida S.(2004年)。反义内含子非编码RNA水平与前列腺癌分化程度相关。癌基因23(39):6684–6692
[115] Ren J.,Rastegari B.,Condon A.,Hoos H.(2005年)。热点:包括假结在内的RNA二级结构的启发式预测。核糖核酸11:1419–1504
[116] Rivas E.(2005年)。概率建模框架中插入和删除的进化模型。BMC生物信息学6:63
[117] Rivas E.,Eddy S.R.(1999年)。含假结的RNA结构预测的动态规划算法。J、 分子生物学285:2053-2068
[118] Rivas E.,Eddy S.R.(2000年)。二级结构对于非编码rna的检测通常没有统计学意义。生物信息学16(7):583–605
[119] Rivas E.,Eddy S.R.(2001年)。比较序列分析法检测非编码RNA基因。生物信息学2(1):8·Zbl 05325815
[120] Rosenblad M.A.,Gorodkin J.,Knudsen B.,Zwieb C.,Samuelson T.(2003年)。信号识别粒子数据库。核酸研究31(1):363–364·Zbl 05436812
〔121〕 阮杰,斯托莫G.D.,张伟(2004)。ILM:一个用于预测带有假结的RNA二级结构的web服务器。核酸研究32(网络服务器问题):W146–W149·Zbl 05436852
[122号] 阮杰,斯托莫G.D.,张伟(2004)。用迭代循环匹配法预测RNA二级结构。生物信息学20(1):58–66
[123号] Sakakibara,Y.,Brown,M.:随机上下文无关语法在折叠、对齐和建模同源RNA序列中的应用(1993)。技术代表UCSC-CRL-94-14
[124] Sakakibara,Y.,Brown,M.,Hughey,R.,Mian,I.S.,Sjolander,K.,Underwood,R.C.,Hausler,D.:用于tRNA建模的随机上下文无关语法。核酸研究,5112-5120(1994)
[125] Sankoff D.(1985年)。同时解决RNA折叠、排列和原序列问题。暹罗应用杂志。数学。45(5):810–825·Zbl 0581.92012
[126] Schattner P.(2002年)。利用碱基组成统计寻找RNA基因。核酸研究30(9):2076-2082
[127号] Schattner P.,Brooks A.N.,Lowe T.M.(2005年)。tRNAscan SE、snoscan和snoGPS web服务器,用于检测tRNAs和snoRNAs。核酸研究33:686–689·Zbl 05437655
[128] Schattner P.,Decatur W.A.,Davis C.A.,Ares M.J.,Fournier M.J.,Lowe T.M.(2004年)。全基因组寻找假尿苷化指南snoRNAs:酿酒酵母基因组分析。核酸研究32(14):4281-4296
[129] Schmitz M.,Steger G.(1996年)。用模拟退火法描述RNA折叠。J、 分子生物学255:254-266
[130] Sczyrba A.,Kruger J.,Mersch H.,Kurtz S.,Giegerich R.(2003年)。Bielefeld生物信息学服务器上的RNA相关工具。核酸研究31(13):3767–3770·Zbl 05436925
[131号] Searls D.B.(2002年)。基因的语言。自然420:211–217
[132] 夏皮罗学士,张克(1990)。用树比较法比较多个RNA二级结构。计算机。申请。比奥西。6(4):309–318页
[133] Siebert S.,Backofen R.(2005年)。MARNA:基于序列结构比较的rna多重比对和一致结构预测。生物信息学21(16):3352–3359
[134号] Steffen P.,Voss B.,Rehmmeier M.,Reeder J.,Giegerich R.(2006年)。RNAshapes:一个基于抽象形状的综合RNA分析软件包。生物信息学22(4):500–503·Zbl 05325691
[135] Storz G.(2002年)。非编码核糖核酸的广阔天地。科学296:1260–1263
[136] Tabaska J.E.,Cary R.B.,Gabow H.N.,Stormo G.D.(1998年)。一种能够识别假结和碱基三倍体的RNA折叠方法。生物信息学14(8):691–699
[137] Taneda A.(2005年)。Cofolga:一种寻找两个rna共同折叠的遗传算法。计算机。生物化学。29:111–119页·Zbl 1096.92019号
[138] Tinoco I.J.,Uhlenbeck O.C.,Levine M.D.(1971年)。核糖核酸二级结构的估计。自然230(5293):362–367
[139号] Touzet H.,Perriquet O.(2004年)。相关核糖核酸折叠家族。核酸研究32:W142-W145·Zbl 05437176
[140] Tsui V.,Macke T.,Case D.A.(2003年)。一种寻找tRNA基因的新方法。核糖核酸9:507–517
[141] Turner D.H.,Sugimoto N.(1988年)。RNA结构预测。每年。生物物理评论。生物物理。化学。17: 167至192
[142号] Underwood,R.C.:模拟三个剪接体小核核糖核酸的随机上下文无关文法。加州大学计算机工程与信息科学巴斯金中心硕士论文(1994)
[143] Uzilov,A.V.,Keegan,J.M.,Mathews,D.H.:根据预测的二级结构形成自由能变化检测非编码RNA。BMC生物信息学7(2006)。doi:10.1186/1417-2105-7-173
[144] Voss,B.,Giegerich,R.,Rehmmeier,M.:RNA形状的完全概率分析。BMC生物学4(5)(2006)
[145] Wang C.,Ding C.,Meraz R.F.,Holbrook S.R.(2006年)。PSoL:一种寻找ncRNA基因的纯正样本学习算法。生物信息学22(21):2590–2596·Zbl 05325274
[146号] 王X,张杰,李芙,顾杰,何T,张X,李云(2005)。基于序列和结构比对的MicroRNA鉴定。生物信息学21(18):3610–3614
[147] Washiet S.,Hofacker I.L.(2004年)。一致折叠序列作为比较基因组学检测功能性rna的新方法。J、 分子生物学342:19-30
[148] Washitel S.,Hofacker I.L.,Stadler P.F.(2005年)。快速可靠地预测非编码rna。程序。国家学院。科学。102(7):2454–2459
[149号] Waterman M.S.,Smith T.F.(1978年)。RNA二级结构:一个完整的数学分析。数学。比奥西。42:257–266页·Zbl 0402.92016
[150] Weinberg Z.,Ruzzo W.L.(2004年)。利用保守结构在不损失准确性的情况下快速注释非编码rna。生物信息学20(增刊1):i334–i341
[151] Weinberg Z.,Ruzzo W.L.(2006年)。基于序列的启发式算法用于快速注释非编码RNA家族。生物信息学22(1):35–39·Zbl 05325796
[152] Workman C.,Krogh A.(1999年)。没有证据表明mRNAs比具有相同二核苷酸分布的随机序列具有更低的折叠自由能。核酸研究27(24):4816–4822
[153] Wuchty S.,Fontana W.,Hofacker I.L.,Schuster P.(1999年)。RNA的完全次优折叠与二级结构的稳定性。生物聚合物49:145–165
[154] Yang,J.H.,Zhang,X.C.,Huang,Z.P.,Zhou,H.,Huang,M.B.,Zhang,S.,Chen,Y.Q.,Qu,L.H.:snoSeeker:一种用于筛选人类基因组中导向和孤源sno RNA基因的高级计算包。核酸研究(2006)。doi:10.1093/nar/gkl672
[155] 杨梓,朱琪,罗克,周琪(2001)。7SK小核RNA抑制CDK9/cyclint1激酶来控制转录。自然414:317–322
[156] 应十、罗赫、罗杰、李伟(2004)。RDfolder:预测RNA二级结构的web服务器。核酸研究32(网络服务器问题):W150–W153·Zbl 05437386号
[157] Zuker M.(1989年)。寻找RNA分子的所有次优折叠。科学244:48-52·Zbl 1226.92029号
[158] Zuker M.(2003年)。用于核酸折叠和杂交预测的Mfold web服务器。核酸研究31(13):3406–3415·Zbl 05437421
[159] Zuker,M.,Mathews,D.H.,Turner,D.H.:RNA二级结构预测的算法和热力学:实用指南。RNA生物化学。生物技术。11–43(1999年)
[160] Zuker M.,Stiegler P.(1981年)。利用热力学和辅助信息优化大RNA序列的计算机折叠。核酸研究9(1):133–148·Zbl 05437422
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项被试探性地匹配到zbMATH标识符,并且可能包含数据转换错误。它试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求匹配的完整性或精确性。