×

RNA专刊导论。 (英语) Zbl 1311.92144

小结:在这期关于RNA的专刊的介绍中,我们简要介绍了一些关于RNA所扮演的不同角色的新颖而令人兴奋的生物学发现,随后我们对RNA结构和排列的一些算法方面进行了快速总结。本专题的每一篇文章都将简要介绍。

理学硕士:

92D20 蛋白质序列,DNA序列
PDF格式 BibTeX公司 XML 引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] RNA:真的是新的进展。经济学人(2007年)。http://www.economist.com/opinion/displaystory.cfm?story_id=9333471
[2] Ban N.,Nissen P.,Hansen J.,Moore P.B.和Steitz T.A.(2000年)。大核糖体亚单位在2.4a分辨率下的完整原子结构。科学289:905
[3] Banerjee A.R.,Jaeger J.A.和Turner D.H.(1993年)。Ⅰ族核酶的热去折叠:低温转变主要是三级结构的破坏。生物化学32:153-163
[4] Barrick J.E.,Corbino K.A.,Winkler W.C.,Nahvi A.,Mandal M.,Collins J.,Lee M.,Roth A.,Sudarsan N.,Jona I.,Wickiser J.K.和Breaker R.R.(2004年)。新的RNA基序表明,核糖开关在细菌遗传控制中的作用范围扩大了。程序。自然。阿卡德。科学。美国101(17):6421–6426
[5] Bekaert M.,Bidou L.,Denise A.,Duchateau Nguyen G.,Forest J.,Froidevaux C.,Hatin I.,Rousset J.和Termier M.(2003年)。1个真核生物移码位点的计算模型。生物信息学19:327–335
[6] Bernhart S.H.,Tafer H.,Mückstein U.,Flamm C.,Stadler P.F.和Hofacker I.L.(2006年)。RNA异二聚体的配分函数和碱基配对概率。分子生物学算法1(1):3
[7] 伯恩斯坦F.C.,Koetzle T.F.,Williams G.J.B.,Brice M.D.,Rogers J.R.,Kennard O.,Shimanouchi T.,Tasumi M.和Meyer E.F.(1977年)。蛋白质数据库:一个基于计算机的大分子结构档案文件,跨越不同的蛋白质序列结构模式。J、 分子生物学112:535–542
[8] Böck A.,Forschhammer K.,Heider J.和Baron C.(1991年)。硒蛋白合成:遗传密码的扩展。趋势生物化学。科学。16: 463–467年
[9] Cheah M.T.,Wachter A.,Sudarsan N.和Breaker R.R.(2007年)。真核核糖开关对选择性RNA剪接和基因表达的控制。自然447(7143):497–500
[10] Clote P.(2005年)。基于Nussinov-Jacobson能量模型计算局部最优RNA二级结构景观的有效算法。J、 计算机。生物1:83–101
[11] Clote P.,Waldispuhl J.,Behzadi B.和Steyaert J.-M。(2005年)。RNA分子k点突变体的能量分布。生物信息学21(22):4140–4147
[12] Commans S.和Böck A.(1999年)。硒代半胱氨酸插入tRNAs:综述。微型股骨。版本23:333–351
[13] Dimitrov R.A.和Zuker M.(2004年)。双链核酸杂交和融合的预测。生物物理。J、 87:215–226页
[14] 丁,Y.:斯福尔德。http://sfold.wadsworth.org/index.pl
[15] 丁勇和劳伦斯C.E.(2003)。RNA二级结构预测的统计抽样算法。核酸研究31:7280–7301
[16] Dirks R.M.和Pierce N.A.(2003年)。含假结的核酸二级结构的配分函数算法。J、 计算机。化学。24(13):1664–1677年·Zbl 05428255
[17] Doudna J.A.和Cech T.R.(2002年)。天然核酶的化学组成。自然418(6894):222–228
[18] Dror O.,Nussinov R.和Wolfson H.J.(2006年)。用于对齐RNA三级结构的ARTS web服务器。核酸研究34(Web):W412–W415·Zbl 05437840
[19] Durbin R.,Eddy S.,Krogh A.和Mitchison G.(1998年)。生物序列分析:蛋白质和核酸的概率模型。剑桥大学出版社·Zbl 0929.92010
[20] Ferre,F.,Ponty,Y.,Lorenz,W.A.,Clote,P.:DIAL:一个使用核苷酸、二面角和碱基配对相似性对两个RNA三维结构进行成对比对的网络服务器。核酸Res.35(Web服务器问题),W659–668(2007),2007年7月
[21] Freyhult,E.,Moulton,V.,Clote,P.:RNA结构邻域的玻尔兹曼概率和核糖开关检测。生物信息学(2007)。doi:10.1093/生物信息学/btm314
[22] Havgaard J.H.,LyngsøR.,Stormo G.和Gorodkin J.(2005年)。序列相似性小于40%的RNA序列成对局部结构比对。生物信息学21(9):1815-1824
[23] Heider J.,Baron C.和Böck A.(1992年)。硒代半胱氨酸与蛋白质结合所需的mrna元件的距离切割编码。EMBO J.11:3759–3766
[24] Hofacker I.L.(2003年)。维也纳RNA二级结构服务器。核酸研究31:3429–3431·Zbl 05435843
[25] 哈伯德J.M.和赫斯特J.E.(1991年)。用计算机模拟技术预测转移RNA的三维折叠。生物化学30:5458–5465
[26] Hüttenhofer,A.,Böck,A.:与硒蛋白合成有关的RNA结构。RNA结构与功能,第603-639页。冷泉港实验室出版社,纽约(1998)
[27] Schmitz M.和Tinoco I.(2000年)。核酸二级结构形成的热力学。In:Di Cera,E.(eds)《生物学热力学》,第131-176页。牛津大学出版社,纽约
[28] Hofacker I.L.,Fontana W.,Stadler P.F.,Bonhoeffer L.S.,Tacker M.和Schuster P.(1994年)。RNA二级结构的快速折叠与比较。莫纳奇。化学。125:167-188页
[29] Lemieux S.和Major F.(2002年)。RNA典型碱基对和非标准碱基配对类型:一种识别方法和完整库。核酸研究30(19):4250-4263
[30] Leontis N.和Westhof E.(2003年)。自动识别和分类RNA碱基对的工具。核酸研究31(13):3450–3460·Zbl 05437377
[31] Leontis N.B.,Stombaugh J.和Westhof E.(2002年)。核糖体RNA中的基序预测:同源RNA分子中自动基序预测的经验和展望。生物芯片84:961–973
[32] Lim L.P.,Glasner M.E.,Yekta S.,Burge C.B.和Bartel D.P.(2003年)。脊椎动物microRNA基因。科学299(5612):1540
[33] Lowe T.和Eddy S.(1997年)。tRNAscan-SE:一个改进基因组序列中转移RNA基因检测的程序。核酸研究25(5):955–964
[34] Major F.,Turcotte M.,Gautret D.,Lapalme G.,Filion E.和Cedergren R.(1991年)。RNA三维建模中符号计算与数值计算的结合。科学253(5025):1225-1260
[35] Mandal M.,Lee M.,Barrick J.E.,Weinberg Z.,Emilsson G.M.,Ruzzo W.L.和Breaker R.R.(2004年)。一种甘氨酸依赖的核糖开关,利用协同结合来控制基因表达。科学306(5694):275-279
[36] Markham N.R.和Zuker M.(2005年)。用于核酸熔融预测的DINAMelt web服务器。核酸研究33:W577–W581·Zbl 05437579
[37] Mathews D.H.和Turner D.H.(2006年)。用自由能最小化法预测RNA二级结构。货币。奥平。结构。生物16:270-278
[38] Mathews D.H.和Turner D.H.(2002年)。Dynalign:一种寻找两个RNA序列共有的二级结构的算法。J、 《分子生物学》317:191-203
[39] Mathews D.H.,Turner D.H.和Zuker M.(2000年)。二级结构预测。在:Beaucage,S.,Bergstrom,D.E.,Glick,G.D.,和Jones,R.A.(eds),《核酸化学的当前协议》,第11.2.1–11.2.10页,纽约威利
[40] Matthews D.H.,Sabina J.,Zuker M.和Turner D.H.(1999年)。热力学参数序列相关性的扩展提高了RNA二级结构的预测能力。J、 分子生物学288:911-940
[41] McCaskill J.S.(1990年)。RNA二级结构的平衡配分函数和碱基对结合概率。生物聚合物29:1105–1119
[42] Moon S、Byun Y、Kim H.-J。,Jeong S.和Han K.(2004年)。通过1和+1移码预测基因表达。核酸研究32(16):4884–4892
[43] Ogata H.,Akiyuna Y.和Kanehisa M.(1995年)。基于遗传算法的RNA茎环结构分子建模技术。核酸研究23(3):419–426
[44] Nissen P.,Hansen J.,Ban N.,Moore P.B.和Steitz T.A.(2000年)。肽键合成中核糖体活性的结构基础。科学289(5481):920–923
[45] Nissen P.,Ippolito J.A.,Ban N.,Moore P.B.和Steitz T.A.(2001年)。大核糖体亚单位中的RNA三级相互作用:RNA的自动识别。程序。自然。阿卡德。科学。美国98(9):4899
[46] Nussinov R.和Jacobson A.B.(1980年)。单链RNA二级结构预测的快速算法。程序。自然。阿卡德。科学。美国77(11):6309–6313
[47] Omer A.D.,Lowe T.M.,Russell A.G.,Ebhardt H.,Eddy S.R.和Dennis P.P.(2000年)。古生菌小核仁rna的同源物。科学288:517–522
[48] 项目联合体编码:通过编码试验项目鉴定和分析1%人类基因组中的功能元件。自然447(7146),799-816(2007)
[49] Reeder J.和Giegerich R.(2004年)。一种实用的基于热力学的伪结折叠算法的设计、实现和评价。BMC生物信息学5:104
[50] Rivas E.和Eddy S.R.(1999年)。含假结的RNA结构预测的动态规划算法。J、 分子生物学285:2053-2068
[51] Rivas,E.,Eddy,S.R.:使用比较序列分析进行非编码RNA基因检测。BMC生物信息学2,8(2001)[Epub印前]
[52] Robertson N.和Seymour P.(1986年)。未成年人图表2。树宽度的算法方面。J算法7:309–322·Zbl 0611.05017
[53] Serganov A.,Yuan Y.R.,Pikovskaya O.,Polonskaia A.,Malinina L.,Phan A.T.,Hobartner C.,Michura R.,Breaker R.R.和Patel D.J.(2004年)。腺嘌呤和鸟嘌呤敏感mRNAs区分性调控基因表达的结构基础。化学。生物学11(12):1729-1741
[54] Soro S.和Tramontano A.(2005年)。CASP6蛋白功能的预测。蛋白质61:201-213
[55] Steffen P.,Voss B.,Rehmmeier M.,Reeder J.和Giegerich R.(2006年)。Rnashapes:一个基于抽象形状的综合RNA分析软件包。生物信息学22(4):500–503·Zbl 05325691
[56] Szweczak A.A.和Moore P.B.(1995年)。肉瘤素/蓖麻毒素环,一种模块化的RNA。J、 分子生物学247:81-98
[57] Uliel S.,Liang X.H.,Unger R.和Michaeli S.(2004年)。引导锥虫类修饰的小核仁rna:序列、靶点、基因组组织和独特功能。国际寄生虫学杂志。34(4):445–454页
[58] van Batenburg F.H.D.,Gultyaev A.P.,Pleij C.W.A.,Ng J.和Oliehoek J.(2000年)。伪基:一个有RNA假结的数据库。核酸研究28(1):201–204·Zbl 05434971
[59] Voss,B.,Giegerich,R.,Rehmmeier,M.:RNA形状的完全概率分析。BMC Biol.4(1)(2006年)[Epub印前]
[60] Waldispühl J.和Clote P.(2007年)。根据Turner能量模型计算RNA饱和二级结构的配分函数和抽样。J、 计算机。生物14(2):190–215
[61] Wuchty S.,Fontana W.,Hofacker I.L.和Schuster P.(1999年)。RNA的完全次优折叠和二级结构的稳定性。生物聚合物49:145–164
[62] SantaLucia J.,Burkard M.E.,Kierzek R.,Schroeder S.J.,Jiao X.,Cox C.,Turner D.H.和Xia T.(1999年)。用Watson-Crick碱基对形成RNA双工体的扩展最近邻模型的热力学参数。生物化学37:14719–35
[63] Yamaguchi K.和Del Carpio C.A.(1998年)。基于遗传规划的RNA二级和三级结构预测系统。基因组信息。9: 382–383年
[64] Yand H.,Jossinet F.,Leontis N.,Chen L.,Westbrook J.,Berman H.和Westhof E.(2003年)。自动识别和分类RNA碱基对的工具。核酸研究31(13):3450–3460·Zbl 05437377
〔65〕 Zuker M.(2003年)。用于核酸折叠和杂交预测的Mfold web服务器。核酸研究31(13):3406–3415·Zbl 05437421
[66] Zuker M.和Stiegler P.(1981年)。利用热力学和辅助信息优化大RNA序列的计算机折叠。核酸研究9:133-148·Zbl 05437422
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项被试探性地匹配到zbMATH标识符,并且可能包含数据转换错误。它试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求匹配的完整性或精确性。