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斯蒂芬·威尔森。

杂交事件中某些同源性的独特测定。 （英文） Zbl 1298.92075号

牛市。数学。生物。 69，第5期，1709-1725（2007）.
摘要：系统发育关系可以用有根的无环有向图表示，其中每个顶点对应一个分类单元，拥有一个基因组。假设字符都是二进制的。如果特定字符在图形中多次更改其状态，则会发生同构。如果一个顶点只有一个父节点，那么它是“规则”的；如果它有多个父节点则是“混合”的。“规则路径”是一条有向路径，使得第一条路径之后的所有顶点都是规则的。假设网络已给定，并且已知所有叶子和根的基因组。假设所有同构只发生在混合顶点，并且每个角色最多有一个同构。假设从每个顶点都有一条通向叶子的规则路径。在这个理想化的环境中，再加上其他温和的假设，证明了每个顶点的基因组是唯一确定的。因此，对于每个字符，字符中出现同构的顶点是唯一确定的。如果没有规则路径的假设，一个例子表明基因组和同源性不需要唯一确定。

引用于8文件

MSC公司：

第92天 与进化有关的问题
05C90年 图论的应用

关键词：

系统发育;网络;系统发育网络;杂交;同型性

软件：

PADRE公司
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\textit{S.J.Willson}，公牛。数学。生物学69，第5期，1709--1725（2007；Zbl 1298.92075）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Bandelt，H.-J.，Dress，A.，1986年。根据观测到的不同数据重建树的形状。高级应用程序。数学。7, 309–343. ·Zbl 0613.62083号 ·doi:10.1016/0196-8858（86）90038-2
[2] Bandelt，H.-J.，Dress，A.，1992年。分裂分解：一种新的有用的距离数据系统发育分析方法。分子系统学。埃沃。1, 242–252. ·doi:10.1016/1055-7903（92）90021-8
[3] Baroni，M.、Semple，C.、Steel，M.，2004年。代表网状进化的框架。安·库姆。8, 391–408. ·兹比尔1059.05034 ·doi:10.1007/s00026-004-0228-0
[4] Camin，J.H.，Sokal，R.R.，1965年。一种在系统发育中推导分支序列的方法。进化19，311–326·doi:10.2307/2406441
[5] Felsenstein，J.，2006年。推断系统发育。马萨诸塞州桑德兰市西诺协会。
[6] 丹·古斯菲尔德，古斯菲尔德博士，1991年。用于推断进化历史的高效算法。网络21、19–28·Zbl 0719.92015号 ·doi:10.1002/net.3230210104
[7] 丹·古斯菲尔德（Dan Gusfield）、萨蒂什·埃德胡（Satish Eddhu）和查尔斯·兰利（Charles Langley），古斯菲尔德，D.，埃德胡，S.，兰利，C.，2004a。利用约束重组优化、高效地重建系统发育网络。J.生物信息。计算。生物学2，173-213·Zbl 1402.92313号
[8] 丹·古斯菲尔德（Dan Gusfield）、萨蒂什·埃德胡（Satish Eddhu）和查尔斯·兰利（Charles Langley），古斯菲尔德，D.，埃德胡，S.，兰利，C.，2004b。虫瘿在系统发育网络中的精细结构。信息J.计算。16, 459–469. 计算分子生物学专刊。生物信息学·Zbl 1402.92313号
[9] Hein，J.，1990年。使用简约性重建重组序列的进化。数学。Biosci公司。98, 185–200. ·Zbl 0692.92014号 ·doi:10.1016/0025-5564（90）90123-G
[10] Hein，J.，1993年。重建重组序列历史的启发式方法。《分子进化杂志》。36, 396–405. ·doi:10.1007/BF00182187
[11] K.T.Huber，V.Moulton，2006年。多标记树的系统发育网络。数学杂志。生物学52，613–632·Zbl 1110.92027号 ·doi:10.1007/s00285-005-0365-z
[12] K.T.Huber、B.Oxelman、M.Lott、V.Moulton，2006年。从多标记树中重建多倍体的进化史。分子生物学。埃沃。23, 1784–1791. ·doi:10.1093/molbev/msl045
[13] Moret，B.M.E.，Nakhleh，L.，Warnow，T.，Linder，C.R.，Tholse，A.，Padolina，A.，Sun，J.，Timme，R.，2004年。系统发育网络：建模、重建和准确性。IEEE/ACM传输。计算。生物信息。1, 13–23. ·doi:10.1109/TCBB.2004.10
[14] Nakhleh，L.，Warnow，T.，Linder，C.R.，2004年。重建物种的网状进化——理论与实践。摘自：Bourne，P.E.，Gusfield，D.（Eds.），《第八届国际计算分子生物学年会论文集》（RECOMB'04，2004年3月27日至31日，加利福尼亚州圣地亚哥），美国医学会，纽约，第337-346页。
[15] Semple，C.，Steel，M.，2003年。系统发育学。牛津大学出版社，牛津。
[16] Wang，L.，Zhang，K.，Zhang-L.，2001年。具有重组的完美系统发育网络。J.计算。生物学8，69–78·doi:10.1089/106652701300099119
[17] Willson，S.J.，2006年a。特定混合网络距离的唯一可解性。Ann.Combin.10，165–178·Zbl 1089.92037号 ·doi:10.1007/s00026-006-0280-z
[18] Willson，S.J.，2006年b。从叶子之间的距离独特地重建树状系统发育网络。牛市。数学。生理学68919–944·Zbl 1296.92175号 ·doi:10.1007/s11538-005-9044-x
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