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丁朝晖;魏晓辉;罗，袁;马，达;Peter W.Arzberger。;Wilfred W.李。

元调度器CSF4中用于生命科学应用程序的自定义插件模块。 （英语） Zbl 1147.68342号

新一代计算。 25，第4期，373-394（2007）.
摘要：随着越来越多的生命科学研究人员开始在其工作中利用网格技术，对健壮但易于使用的元调度程序或资源代理的需求也在增加。在本文中，我们扩展了元调度程序CSF4，通过提供虚拟作业模型（VJM）来同步跨域并行作业的资源协同分配。VJM消除了死锁，并提高了使用MPICH-G2编译的多集群并行应用程序的资源使用率。利用CSF4的可扩展调度器插件模型，可以为生命科学应用程序开发定制的元调度策略。例如，为AutoDock和Blast等令人愉快的并行应用程序开发了一个数组作业调度程序插件。通过使用Gfarm数据网格测试床对mpiBLAST-g2进行实验，评估了VJM的性能。此外，还发布了一个CSF4 portlet，以提供用于透明网格访问的图形用户界面，并使用Gfarm进行数据暂存和简化数据管理。该平台是source-forge.net/projects/gcsf/上的开源平台，已由My WorkSphere和PRAGMA Biosciences Portal等项目部署在生命科学网关中。VJM能够在不久的将来开发对更复杂的工作流和元调度策略的支持

MSC公司：

68M10个 计算机系统中的网络设计和通信
68平方米 计算机系统中的性能评估、排队和调度

关键词：

元调度;MPICH-G2型;共同分配;调度程序插件;生命科学

软件：

CSF4公司;开放科学网格;SNAP（快照）;冷凝器-G;mpiBLAST;PSI-爆炸;自动停靠;Java CoG工具包;爆炸;Globus工具包;MPICH-G2型;PVM公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Z.Ding}等人，《新一代计算》。25，第4号，373--394（2007；Zbl 1147.68342）
全文： 内政部

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