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大卫·埃尔南德斯;罗宾·格拉斯;罗恩·阿佩尔

邻里函数和爬山策略专用于广义未映射局部多重对齐。 （英语） Zbl 1179.92023号

欧洲药典。物件。 185，第3期，1276-1284（2008）.
摘要：无间隙局部多重比对是生物信息学中广泛使用的一种方法。它大致包括在一组给定的核苷酸（DNA）或氨基酸（蛋白质）序列中定位一些可能从共同祖先进化而来的非重叠的固定大小因子（也称为出现）。除了广为人知的统计方法外，我们还从纯粹的组合优化的角度定义了这个问题，为这个问题的四个特定实例中的每一个定义了特定的邻域函数和爬山策略：
（1） 每个序列出现一次；（2） 每个序列最多出现一次；（3） 每个序列至少出现一次；以及（4）每个序列出现的次数。
该方法是在一个名为Nomad（多路线发现的邻域优化）的工具中实现的，web界面位于http://www.expasy.org/tools/olfam.html.

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
90 C90 数学规划的应用
92碳40 生物化学、分子生物学
90C27型 组合优化

关键词：

模式发现

软件：

PROSITE公司;游牧民族;BioProspector公司;Pfam公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Hernandez}等人，《欧洲药典》。第185号决议，第3号，1276-1284（2008年；兹bl 1179.92023）
全文： 内政部

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