×

242个人类miRNA基因上游区域特定序列模体的鉴定。 (英语) Zbl 1122.92025

摘要:通过一种新的生物信息处理方法,我们在人类和小鼠miRNA干环序列的上游区域发现了新的过度表达和保守的基序。我们观察到189个人类和小鼠miRNA的序列保守性——上游500 bp,随着与假定的miRNA干环起源距离的增加而下降。我们还发现,相对于人类miRNA干环序列起源,相对GC丰富的区域在大约-30和-170 bp处的鸟嘌呤+胞嘧啶(G+C)含量超过50%。为了进一步确定可能参与miRNA前体转录调控的特定序列模体,我们首先搜索了194个非冗余人类miRNA干环序列的500 bp上游序列中的5–15 bp长的频繁出现的模体。然后,我们在242个人类和290个小鼠miRNAs的2000 bp上游区域中发现了20个最常见的基序的可比性。
23570个人类RefSeq基因上游2000 bp区域中所有20个基序的出现频率显著降低,这表明这些基序是上游miRNA序列特有的。最常见的基序M1(GTGCTTMTAGTGCAG),MEME\(E\)-值为3.8e57个基因分布在干环序列上游500 bp内,并且具有miRNA特异性。我们认为,这些过度代表的基序位点是实验测试miRNA表达以及可能与调节因子相互作用的良好候选。

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Bailey,T.L。;Elkan,C.,通过期望最大化拟合混合物模型以发现生物聚合物中的基序,Proc。国际会议国际会议。系统。分子生物学。,2, 28-36 (1994)
[2] Bailey,T.L。;Gribskov,M.,使用(p\)值组合证据:序列同源性搜索的应用,生物信息学,14,48-54(1998)
[3] Bartel,D.P.,《微RNA:基因组学、生物发生、机制和功能》,《细胞》,116281-297(2004)
[4] 本特维奇,I。;Avniel,A。;Karov,Y。;阿哈罗诺夫,R。;吉拉德,S。;O.巴拉德。;Barzilai,A。;艾纳特,P。;艾纳夫,美国。;梅里,E。;沙龙,E。;斯佩克特,Y。;Bentwich,Z.,《数百种保守和非保守人类微RNA的鉴定》,《自然遗传学》。,37, 766-770 (2005)
[5] Bucher,P.,来自502个无关启动子序列的四个真核RNA聚合酶II启动子元件的重量矩阵描述,《分子生物学杂志》。,212, 563-578 (1990)
[6] 蔡,X。;哈格多恩,C.H。;Cullen,B.R.,《人类microRNAs是从帽状多聚腺苷化转录物中加工而来的,该转录物也可以作为mRNAs发挥作用,RNA》,1957-1966(2004)
[7] 克鲁克斯,G.E。;荣誉G。;钱多尼亚,J.M。;Brenner,S.E.,《WebLogo:序列标志生成器》,《基因组研究》,第14期,第1188-1190页(2004年)
[8] Filipowicz,W。;Jaskiewicz,L。;科尔布,F.A。;Pillai,R.S.,siRNAs和miRNAs引起的转录后基因沉默,Curr。操作。结构。《生物学》,第15期,第331-341页(2005年)
[9] Gardiner-Garden,M。;Frommer,M.,《脊椎动物基因组中的CpG岛》,分子生物学杂志。,196, 261-282 (1987)
[10] Griffiths-Jones,S。;Grocock,R.J。;van Dongen,S。;贝特曼,A。;Enright,A.J.,《miRBase:microRNA序列、靶点和基因命名》,《核酸研究》,34,D140-D144(2006)
[11] Houbavay,H.B。;丹尼斯。;Jaenisch,R。;Sharp,P.A.,高度可变的安氏微RNA基因的特征,RNA,11245-1257(2005)
[12] Kim,V.N.,《微小核糖核酸生物发生:协调种植和划片》,国家分子细胞出版社。《生物学》,6376-385(2005)
[13] Kim,V.N。;Nam,J.W.,《微RNA的基因组学》,《趋势遗传学》。,22, 165-173 (2006)
[14] Lander,E.S.,人类基因组的初步测序和分析,《自然》,409860-921(2001)
[15] Lee,Y。;Kim,M。;Han,J。;Yeom,K.H。;Lee,S。;Baek,S.H。;Kim,V.N.,《RNA聚合酶II转录微RNA基因》,EMBO J.,234051-4060(2004)
[16] 马提斯,V。;O.V.凯尔·马古利斯。;弗里克·E。;利比奇,I。;Land,S。;Barre-Dirie,A。;路透社,I。;Chekmenev,D。;克鲁尔,M。;霍尼舍尔,K。;沃斯,N。;Stegmaier,P。;Lewicki-Potapov,B。;Saxel,H。;凯尔,A.E。;Wingender,E.,TRANSFAC及其模块TRANSCompel:真核生物中的转录基因调控,核酸研究,34,D108-D110(2006)
[17] Ohler,美国。;Yekta,S。;Lim,L.P。;巴特尔,D.P。;Burge,C.B.,侧翼序列保护模式和微RNA基因识别的特征上游基序,RNA,101309-1322(2004)
[18] 巴韦西,G。;Mereghetti,P。;Mauri,G。;Pesole,G.,Weeder Web:在来自共同调控基因的一组序列中发现转录因子结合位点,《核酸研究》,32,W199-W203(2004)
[19] 罗普克,S。;格罗斯曼,S。;拉赫曼,S。;Vingron,M.,《T-Reg比较器:位置权重矩阵比较的分析工具》,《核酸研究》,33,W438-W441(2005)
[20] 桑德林,A。;Alkema,W。;Engstrom,P。;Wasserman,W.W。;Lenhard,B.,JASPAR:真核转录因子结合谱的开放存取数据库,《核酸研究》,32,D91-D94(2004)
[21] Sontheimer,E.J。;Carthew,R.W.,《来自内部的沉默:内源性siRNA和miRNA》,细胞,122,9-12(2005)
[22] Stormo,G.D.,DNA结合位点:表征和发现,生物信息学,16,16-23(2000)
[23] Takai,D。;Jones,P.A.,《人类21号和22号染色体中CpG岛的综合分析》,PNAS,99,3740-3745(2002)
[24] Takai,D。;Jones,P.A.,《CpG岛搜索者:新的WWW资源》,《硅生物》。,3, 235-240 (2003)
[25] Venter,J.C.,《人类基因组序列》,《科学》,2911304-1351(2001)
[26] 谢,X。;卢,J。;Kulbokas,E.J。;Golub,T.R。;穆萨,V。;Lindblad-Toh,K。;兰德,E.S。;Kellis,M.,《通过几种哺乳动物的比较系统地发现人类启动子和3′UTR中的调控基序》,《自然》,434338-345(2005)
[27] 谢,Z。;艾伦,E。;法尔格伦,N。;卡拉马,A。;Givan,S.A。;Carrington,J.C.,拟南芥MIRNA基因的表达,植物生理学。,138, 2145-2154 (2005)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。