阿玛尔达Shehu；塞西莉亚·克莱门蒂；利迪亚·卡夫拉基。 采样构象空间以模拟蛋白质的平衡波动。 （英语） 兹比尔1117.92030 算法 第4303-327号第48页（2007年）. 摘要：本文提出了蛋白质集成方法（PEM）来模拟蛋白质的平衡波动，其中蛋白质多肽链的片段可以相互独立地移动。PEM通过结合链上连续重叠片段的局部波动来模拟多肽链的全局平衡波动。局部波动是通过利用蛋白质和机器人之间的类比进行概率探索来计算的。所有生成的构象都要进行能量最小化，然后根据波尔兹曼分布进行加权。利用统计力学理论，将每个片段对应的玻尔兹曼加权涨落组合起来，以获得整个蛋白质的涨落。PEM模型波动、湿实验室实验和引导模拟测量之间的一致性表明，PEM能够以高精度再现在广泛时间尺度上发生的蛋白质平衡波动。 引用于1文件 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 82天99 统计力学在特定类型物理系统中的应用 软件：OPT公司++ PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Shehu}等人，Algorithmica 48，No.4，303--327（2007；Zbl 1117.92030） 全文： 内政部