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检验遗传调控网络活性特性的模型。 (英语) Zbl 1186.92020号

Grumberg,Orna(编辑)等人,《系统构建和分析的工具和算法》。2007年3月24日至4月1日在葡萄牙布拉加举行的第13届国际会议TACAS 2007,是欧洲软件理论与实践联合会议ETAPS 2007的一部分。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-540-71208-4/pbk)。计算机科学课堂讲稿4424,323-338(2007)。
摘要:最近的研究表明,有可能建立基因调控网络,将期望的行为传递给生物体。然而,这些网络的设计是困难的,尤其是因为参数值的不确定性。在之前的工作中,我们提出了一种分析具有参数不确定性的遗传调控网络的方法。在这种方法中,模型基于分段多仿射(PMA)微分方程,规范用时序逻辑表示,不确定参数用区间表示。抽象用于获得系统动力学的有限离散表示,可进行模型检查。然而,抽象过程会产生虚假行为,时间不会沿着这些行为前进,这称为时间收敛行为。因此,对活性属性的验证(表示某些事情最终会发生,并隐含地假设时间的推移)往往会失败。我们扩展了以前的方法,以加强时间的进步。更准确地说,我们将瞬态区域定义为每个解轨迹在有限时间内留下的状态空间子集,展示了如何使用它们来排除时间收敛行为,并为PMA系统中的识别提供了充分条件。该方法在RoVerGeNe中实现,并应用于分析大肠杆菌中构建的网络。
关于整个系列,请参见[Zbl 1116.68006号].

MSC公司:

92立方厘米 系统生物学、网络
92B20型 生物研究、人工生命和相关主题中的神经网络
68单位99 计算方法和应用

软件:

RoVerGeNe公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部