塞缪尔·安德森。;延斯·拉格伦 Motif Yggdrasil：从树木混合模型中采样。 （英语） Zbl 1302.92061号 Apostolico，Alberto（编辑）等人，《计算分子生物学研究》。第十届国际年会，RECOMB 2006，意大利威尼斯，2006年4月2-5日，会议记录。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-540-33295-4/pbk）。计算机科学课程讲稿3909。生物信息学讲义，458-472（2006）。 摘要：在系统发育的脚印中，通过寻找共同的基序，在同源基因的上游区域发现了推测的调控元件。不同上游序列中的基序会沿着相应的系统发育树的边缘发生突变，因此在基序搜索中利用树是一个很有吸引力的想法。我们描述了Yggdrasil采样基序；基于使用未对齐序列的通用树的第一个吉布斯采样器。以前基于树的Gibbs采样器假设为星形树或部分对齐的上游区域。我们给出了一个描述上游序列和调控元件的概率模型，并针对该模型建立了吉布斯采样器。我们应用折叠技术来消除对干扰参数采样的需要，并推导了预测更新公式。该树的使用大大提高了合成数据和37个细菌lexA基因的核苷酸水平相关系数。关于整个系列，请参见[Zbl 1116.92001号]. MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 92D15型 与进化有关的问题 关键词：Yggdrasil图案;同源基因;系统发育树;吉布斯采样器 软件：BioProspector公司;菲洛吉布斯 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.A.Andersson}和\textit{J.Lagergren}，莱克特。注释计算。科学。3909458--472（2006；Zbl 1302.92061） 全文： 内政部