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Robinson-Foulds度量的次线性时间随机近似方案。 (英语) Zbl 1302.92091号

Apostolico,Alberto(编辑)等人,《计算分子生物学研究》。第十届国际年会,RECOMB 2006,意大利威尼斯,2006年4月2-5日,会议记录。柏林:施普林格出版社(ISBN 978-3-540-33295-4/pbk)。计算机科学课程讲稿3909。生物信息学讲义,221-230(2006)。
小结:罗宾逊-福兹(RF)度量是比较系统发育树中使用最广泛的度量;它可以使用Day算法在线性时间内计算。然而,当面临比较大量大树的需要时,甚至线性时间也变得令人望而却步。我们提出了一个随机近似方案,该方案以高概率提供了给定集合中所有树对的真实RF度量的((1+varepsilon)近似。我们的方法是使用树的次线性空间嵌入,结合Johnson-Lindenstraus引理的应用来非常快速地逼近向量范数。我们讨论了各种参数选择的结果(在嵌入和近似要求中)。我们还将我们的算法实现为一个Java类,可以很容易地与流行的包(如Mesquite)相结合;因此,我们给出了实验结果,说明了精度和运行时间之间的权衡,并证明了我们的方法的速度。
关于整个系列,请参见[Zbl 1116.92001号].

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92D15型 与进化有关的问题

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