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马斌;王路生;李明

多项式时间内带内的近似最优多重对准。 （英语） Zbl 1121.68125号

J.计算。系统。科学。 73，第6期，997-1011（2007）.
摘要：多序列比对是计算生物学中的一个基本问题。由于其臭名昭著的困难，在恒定带（（c）-对角线）内对齐序列是生物信息学中的一种流行做法，具有良好的实际效果。然而，对于多序列，问题仍然是NP-hard。本文对这一问题进行了理论研究。特别是，对于任意小的（ε>0），我们提出了多项式时间算法，在SP对齐和一致（星）对齐的标准模型下，该算法产生的多重对齐（不一定是（c）-对角线）的成本最多为最佳对角线对齐成本的（1+epsilon）倍。我们的一致性对齐算法允许使用非常通用的评分方案。
为了证明我们的主要结果，我们还提供了SP对齐和一致性对齐的类似结果，平均每个序列只允许恒定数量的插入和删除间隙（任意长度）。这些结果本身很有趣，它们改进了[Li先生，Ma先生、和L·王《在许多序列中寻找相似区域》，J.Compute。系统。科学。65，第1期，73-96页（2002年；兹比尔1020.68040)].

MSC公司：

68周25 近似算法
92-08 生物学问题的计算方法

关键词：

带内多序列比对;多项式时间近似算法

引文：

Zbl 1020.68040号

软件：

美国金融服务贸易协会
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.Ma}等人，《计算杂志》。系统。科学。73，第6号，997--1011（2007；Zbl 1121.68125）
全文： DOI程序

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