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指数增长人口中创始人联系不平衡的演变。 (英文) Zbl 1118.92045号

摘要:利用时间非均匀Itóprocess模型研究了指数增长种群中创始人连锁不平衡的演化。该模型是Wright-Fisher模型扩散近似的扩展。作为连杆不平衡的度量,考虑了由力矩比定义的标准连杆偏差的平方。得到了这些力矩所服从的常微分方程组。这个系统可以用数值方法求解。模拟结果表明,平方标准连锁偏差很好地逼近了配子频率平方相关系数的期望值。此外,当生长速率不大时,得到了一个微扰解。
利用摄动法,得到了大量代后连杆机构标准偏差平方的渐近公式。根据公式,平方标准连锁偏差趋向于\(1/(4Nc)\),其中\(N)是种群的当前大小,\(c)是两个位点之间的重组分数。它既不依赖于初始有效大小、增长率,也不依赖于突变率。在指数增长的种群中,连锁不平衡将与恒定规模种群中的连锁不平衡渐近相同,而恒定规模种群的有效规模是当前的有效规模。

MSC公司:

92D15型 与进化有关的问题
60J70型 布朗运动和扩散理论的应用(种群遗传学、吸收问题等)
60 H10型 随机常微分方程(随机分析方面)
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全文: 内政部

参考文献:

[1] 查克拉博蒂,R。;Weiss,K.M.,《混合物作为发现连锁基因和检测与等位基因关联差异的工具》,Proc。国家。阿卡德。科学。,85, 9119-9123 (1988)
[2] 克劳,J.F。;Kimura,M.,《人口遗传学理论导论》(1971),Harper&Row出版社,纽约
[3] Erdélyi,A.(编辑),1953年。《高级超越功能》,第一卷,McGraw-Hill,纽约。;Erdélyi,A.(编辑),1953年。《高等超越函数》,第一卷,麦格劳·希尔,纽约·Zbl 0051.30303号
[4] 希尔,W.G。;Robertson,A.,《连锁对人工选择限制的影响》,Genet。剑桥研究院,8269-294(1966)
[5] 希尔,W.G。;Robertson,A.,有限人口中的连锁不平衡,Theor。申请。遗传学。,38, 226-231 (1968)
[6] Hinch,E.J.,《微扰方法》(1991),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社·Zbl 0746.34001号
[7] Hudson,R.R.,无选择无限等位基因模型下连锁不平衡的抽样分布,遗传学,109611-631(1985)
[8] Kimmel,M。;查克拉波蒂,R。;金·J·P。;Bamshad,M。;Watkins,W.S。;Jorde,L.B.,微卫星重复数据中的人口扩张特征,遗传学,1481921-1930(1998)
[9] 木村,M。;Ohta,T.,《人口遗传学的理论方面》(1971),普林斯顿大学出版社:普林斯顿大学出版·Zbl 0239.9202号
[10] Kruglyak,L.,常见疾病基因的全基因组连锁不平衡映射前景,《自然遗传学》。,22, 139-144 (1999)
[11] Laan,M。;Pääbo,S.,《人口历史与人类群体中的连锁不平衡》,《自然遗传学》。,17, 371-373 (1997)
[12] 兰德,E.S。;Botstein,D.,《绘制人类复杂遗传特征:使用完整RFLP连锁图的新方法》,《冷泉港交响乐团》。数量。《生物学》,51,49-62(1986)
[13] Li,W.-H.,有限群体中随机选择的两个顺反子之间核苷酸差异的分布,遗传学,85333-337(1977)
[14] Mano,S.,《随机遗传漂变和配子频率》,《遗传学》,1712043-2050(2005)·Zbl 1130.37305号
[15] Maruyama,T.,《随机积分及其在群体遗传学中的应用》,(Kimura,M.,《分子进化、蛋白质多态性和中性理论》(1982),施普林格:施普林格-柏林),151-166·Zbl 0565.92015
[16] 丸山,T。;Takahata,N.,在重复位点固定无效基因过程中频率轨迹的数值研究,遗传,46,49-57(1981)
[17] 内,M。;Li,W.-H.,有限群体中的电形态和反转染色体之间的非随机关联,遗传学。剑桥研究院,35,65-83(1980)
[18] 内,M。;丸山,T。;Chakraborty,R.,《人口中的瓶颈效应和遗传变异》,《进化》,29,1-10(1975)
[19] Ohta,T。;Kimura,M.,随机遗传漂变导致的连锁不平衡,遗传学。剑桥研究院,13,47-55(1969)
[20] Ohta,T.等人。;Kimura,M.,由随机遗传漂变和反复突变决定的稳态连锁不平衡,遗传学,63,229-238(1969)
[21] Øksendal,B.,随机微分方程(2000),施普林格:施普林格-柏林,海德堡
[22] Pritchard,J.K。;Przeworski,M.,《人类的连锁不平衡:模型和数据》,《美国遗传学杂志》。,69, 1-14 (2001)
[23] 普雷泽沃斯基,M。;Wall,J.D.,为什么人类的基因内连锁失衡如此之少?,遗传学。剑桥研究院,77,143-151(2001)
[24] Reich,D.E。;Goldstein,D.B.,《非洲旧石器时代人口扩张的遗传证据》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,958119-8123(1998)
[25] 罗杰斯,A.R。;Harpending,H.,人口增长在成对遗传差异的分布中引起波动,分子生物学。演变。,9, 552-569 (1992)
[26] 斯莱特金,M。;Hudson,R.R.,《稳定和指数增长人群线粒体DNA序列的配对比较》,遗传学,129,555-562(1991)
[27] N.G.C.史密斯。;Fearnhead,P.,《人口规模重组率三种估计值的比较:准确性和稳健性》,《遗传学》,1712051-2062(2005)
[28] Slatkin,M.,《增长和稳定种群中的连锁不平衡》,遗传学,137,331-336(1994)
[29] Tajima,F.,人口规模变化对DNA多态性的影响,遗传学,123597-601(1989)
[30] Terwilliger,J.D。;泽尔纳,S。;Laan,M。;Pöbo,S.,通过使用遗传漂移产生的连锁不平衡来绘制基因图:在没有人口扩张的小种群中绘制“漂移图”,Hum.Hered。,48, 138-154 (1998)
[31] 汤姆森,R。;Pritchard,J.K。;沈,P。;Oefner,P.J。;Feldman,M.W.,《人类Y染色体的最近共同祖先:来自DNA序列数据的证据》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,977360-7365(2000)
[32] Wolfram研究公司,2004年。Mathematica,5.1版,伊利诺伊州香槟。;Wolfram Research,Inc.,2004年。Mathematica,5.1版,伊利诺伊州香槟。
[33] Wright,A.F。;Carothers,A.D。;Pirastu,M.,复杂疾病基因定位中的群体选择,《自然遗传学》。,23997-404(1999年)
[34] Wright,S.,人口规模和繁殖结构与进化的关系,《科学》,第87期,第430-431页(1938年)
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