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斯蒂芬·德怀尔，霍利;邱安妮塔;霍华德·杰·奇泽克

DNA序列-结构关系的模型识别。 （英语） Zbl 1104.92023号

数学。Biosci公司。 204，第1期，119-131（2006）.
摘要：我们研究了代数状态空间模型对DNA序列相关属性的使用。通过将DNA序列视为输入信号，而不是使用全原子物理模型，可以实现计算效率。推导这种模型的一个挑战是获取其结构并估计其参数。我们提出了序列相关结构属性Slide的两种候选模型结构，以及对模型进行编码的方法，以便可以使用递归最小二乘算法进行参数估计。这些模型基于这样的假设，即Slide在碱基步骤的值由周围的四核苷酸序列决定。
第一个模型将四个碱基分别作为输入，中位均方根偏差为0.90Ω。第二个模型采用四个碱基配对，中位均方根偏差为0.88Ω。这些值表明，这些模型的精度在结构预测的有用范围内。性能可与物理推导模型的已发布预测相媲美，计算成本显著降低。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
65立方厘米20 概率模型，概率统计中的通用数值方法
39A10号 加法差分方程
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

DNA;序列相关结构;代数系统

软件：

Matlab公司;3DNA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.D.Hawley}等人，《数学》。Biosci公司。204，第1号，119--131（2006；Zbl 1104.92023）
全文： 内政部

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