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尤金·达维多夫;塞拉菲姆·巴佐格鲁

RNA多重结构比对的计算模型。 （英语） Zbl 1171.92319号

西奥。计算。科学。 368，第3期，205-216（2006）.
摘要：本文讨论了非编码RNA（ncRNA）基因的多序列比对问题。我们采用生物驱动的范式来处理这个问题，即ncRNA比对的评分应主要基于二级结构，而不是核苷酸保守性。我们引入了一种新的图论模型（NLG）来分析基于该方法的算法，证明了RNA多重比对问题在该模型中是NP-完全的，并提出了一种多项式时间算法，该算法在因子O（log）内逼近大小S的最优结构^{2} S公司)\).

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MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
68兰特 计算机科学中的图论（包括图形绘制）
68瓦40 算法分析
68周25 近似算法

软件：

tRNA扫描-SE
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.Davydov}和\textit{S.Batzoglou}，Theor。计算。科学。368，第3号，205--216（2006；Zbl 1171.92319）
全文： 内政部

参考文献：

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