尤金·达维多夫;塞拉菲姆·巴佐格鲁 RNA多重结构比对的计算模型。 (英语) Zbl 1171.92319号 西奥。计算。科学。 368,第3期,205-216(2006). 摘要:本文讨论了非编码RNA(ncRNA)基因的多序列比对问题。我们采用生物驱动的范式来处理这个问题,即ncRNA比对的评分应主要基于二级结构,而不是核苷酸保守性。我们引入了一种新的图论模型(NLG)来分析基于该方法的算法,证明了RNA多重比对问题在该模型中是NP-完全的,并提出了一种多项式时间算法,该算法在因子O(log)内逼近大小S的最优结构^{2} S公司)\). 引用于2评论引用于三文件 MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制) 68瓦40 算法分析 68周25 近似算法 软件:tRNA扫描-SE PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{E.Davydov}和\textit{S.Batzoglou},Theor。计算。科学。368,第3号,205--216(2006;Zbl 1171.92319) 全文: 内政部 参考文献: [1] 巴夫纳,V。;Huson,D.H.,《基因发现的保守外显子方法》(Proc.Fifth Internat.Conf.on Intelligent Systems for Molecular Biology(2000)),3-12 [2] 巴佐格鲁,S。;Pachter,L。;梅西洛夫,J.P。;伯杰,B。;Lander,E.S.,《人类和小鼠基因结构:比较分析及其在外显子预测中的应用》,《基因组研究》,第10期,第950-958页(2000年) [3] 博尼佐尼,P。;Vedova,G.D.,《SP-核多序列比对的复杂性,这是一个度量,Theoret》。计算。科学。,259, 63-79 (2001) ·Zbl 0972.68092号 [4] 库克,S.A.,《理论证明过程的复杂性》,(第三届美国计算机学会计算机理论交响曲(1971)),151-158·Zbl 0363.68125号 [5] T.H.Cormen、C.E.Leiserson、R.L.Rivest、C.Stein,《算法导论》,第二版。;T.H.Cormen、C.E.Leiserson、R.L.Rivest、C.Stein,《算法导论》,第二版·Zbl 1158.68538号 [6] Eddy,S.R.,《非编码RNA基因与现代RNA世界》,《自然评论遗传学》,2919-929(2001) [7] Eddy,S.R.,非编码RNA基因的计算基因组学,细胞,109137-140(2002) [8] I.Holmes,G.M.Rubin,《成对RNA结构与随机无上下文文法的比较》,太平洋交响乐团。生物计算,第7卷,第175-186页。;I.Holmes,G.M.Rubin,《成对RNA结构与随机无上下文文法的比较》,太平洋交响乐团。生物计算,第7卷,第175-186页。 [9] 北加勒堡。;伯尼,E。;Durbin,R.,77个直向同源小鼠和人类基因对的非编码区的比较分析,基因组研究,9815-824(1999) [10] T.Kasami,《无上下文语言的有效识别和语法算法》,技术报告AF-CRL-65-758,空军剑桥研究实验室,马萨诸塞州贝德福德,1965年。;T.Kasami,《无上下文语言的有效识别和语法算法》,技术报告AF-CRL-65-758,空军剑桥研究实验室,马萨诸塞州贝德福德,1965年。 [11] Lowe,T.M。;Eddy,S.R.,tRNAscan-SE:基因组序列中转移RNA基因的改进检测程序,核酸研究,25955-964(1997) [12] Nussinov,R。;Pieczenik,G。;格里格斯,J.R。;Kleitman,D.J.,《循环匹配算法》,SIAM J.App。数学。,35, 68-82 (1978) ·Zbl 0411.92008号 [13] Pennacchio,L。;Rubin,E.,《鉴定哺乳动物调控序列的基因组策略》,《国家科学评论》,2,100-109(2001) [14] 里瓦斯,E。;Eddy,S.R.,RNA结构预测的动态规划算法,包括假结,J.Molecular Biol。,285, 2053-2068 (1999) [15] 里瓦斯,E。;Eddy,S.R.,二级结构本身对于检测非编码RNA通常没有统计意义,生物信息学,16573-583(2000) [16] 王,L。;Jiang,T.,《关于多重序列比对的复杂性》,J.Compute。《生物学》,1337-348(1994) [17] Zuker,M.,RNA结构的计算机预测,酶学方法。,180, 262-288 (1989) ·Zbl 0681.92011号 [18] Zuker,M。;Stiegler,P.,《利用热力学和辅助信息优化大RNA序列的计算机折叠》,《核酸研究》,第9期,第133-148页(1981年) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。