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MCAMC:从磁化转换到蛋白质折叠的动力学蒙特卡罗模拟的高级算法。 (英语) Zbl 1197.82105号

Dünweg,Burkhard(编辑)等人,《表面和界面的计算机模拟》。2002年9月9日至20日,保加利亚阿尔贝纳,《北约高级研究所学报》。多德雷赫特:Kluwer学术出版社(ISBN 1-4020-1463-5/hbk)。《北约科学丛书II:数学、物理和化学》114225-235(2003)。
摘要:我们提出了用于超长动力学蒙特卡罗模拟的吸收马尔可夫链蒙特卡罗(MCAMC)方法。MCAMC算法不会修改系统动力学。当需要进行低温模拟时,它对于具有离散状态空间的模型非常有用。为了说明该算法的优点和局限性,我们引入了一个简单的模型,其中涉及能源景观上的随机步行者。这个简单的模型具有蛋白质折叠的一些特征,也可以在纳米级磁体的畴运动中通过实验实现。我们发现,即使是最简单的MCAMC算法也可以将计算速度提高许多数量级。更复杂的MCAMC仿真可以进一步提高速度几个数量级。
关于整个系列,请参见[Zbl 1084.82500号].

MSC公司:

82C80码 时间相关统计力学的数值方法(MSC2010)
第82天60 聚合物统计力学
82D40型 磁性材料的统计力学

软件:

MCAMC公司
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全文: arXiv公司