亚什阿,F。;德米尔,K。 通过分子模拟研究真空和溶剂中的两种生物活性肽。 (英语) Zbl 1107.82328号 国际期刊修订版。物理。C类 17,第6期,825-839(2006). 摘要:在真空和溶液中,通过三维分子模拟研究了酪氨酸-甘氨酸-亮氨酸-苯丙氨酸(YGLF,以一个字母代码表示)和赖氨酸-缬氨酸-亮宁-脯氨酸-脯氨酸-Glutamine(KVLPVPQ)肽序列的热力学和结构性质。利用ECEPP/2力场对每个肽序列的三维构象进行了多尺度模拟,每个模拟都是从完全随机的初始构象开始的。溶剂化贡献包括一个与肽的溶剂可及表面积成比例的术语。在本研究中,我们计算了作为温度函数的乳蛋白两个肽序列的总能量、比热、四阶累积量和端到端距离的平均值。利用该模拟技术的主要优势,绘制并分析了Ramachandran图,以预测β-圈、γ-圈和螺旋结构的相对发生概率。尽管这些序列的结构预测表明真空和溶剂中存在高水平的γ-圈和低水平的β-圈,但观察到真空中的这些概率高于溶剂模型中的概率。 MSC公司: 82B80型 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010) 82D60型 聚合物统计力学 关键词:分子模拟;多时间模拟;溶剂化模型;生物活性肽 软件:GROMOS公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.Yašar}和\textit{K.Demir},国际期刊Mod。物理。C 17,第6号,825--839(2006;Zbl 1107.82328) 全文: 内政部 参考文献: [1] 内政部:10.3168/jds。S0022-0302(00)74983-6·doi:10.3168/jds。S0022-0302(00)74983-6 [2] 内政部:10.1080/10408399609527751·doi:10.1080/1040839609527751 [3] Fitzgerald R.J.,英国营养学杂志。84 pp S33– [4] Maeno M.,乳制品科学杂志。第73页,第1316页– [5] 菲茨杰拉德·R.J.,J.Nutr。134页980S– [6] DOI:10.4327/jsnfs.45.513·doi:10.4327/jsnfs.45.513 [7] Hata Y.,Am.J诊所。螺母。64页,767页– [8] DOI:10.1021/ja00124a002·doi:10.1021/ja00124a002 [9] 数字对象标识码:10.1021/jp973084f·doi:10.1021/jp973084f [10] van Gunsteren W.F.,《生物分子模拟:GROMOS96手册和用户指南》(1996) [11] 内政部:10.1021/j150669a035·doi:10.1021/j150669a035 [12] 内政部:10.1038/319199a0·数字对象标识代码:10.1038/319199a0 [13] DOI:10.1073/pnas.84.10.3086·doi:10.1073/pnas.84.10.3086 [14] Eisenberg D.,化学。纸币。A 29第217页- [15] DOI:10.1002/port.340100305·doi:10.1002/port.340100305 [16] 内政部:10.1002/pro.5560010204·数字对象标识代码:10.1002/pro.5560010204 [17] 内政部:10.1080/08927029308022162·doi:10.1080/08927029308022162 [18] 内政部:10.1063/1.1699114·数字对象标识代码:10.1063/1.1699114 [19] Alder B.J.,J.化学。物理。第17页,第1208页 [20] 数字对象标识码:10.1143/JPSJ.65.1604·doi:10.1114/JPSJ.65.1604 [21] DOI:10.1103/PhysRevE.64.056101·doi:10.1103/PhysRevE.64.056101 [22] Junghans C.,国际J.国防部。物理。丙17 [23] Berg B.A.,菲尔德学院公共。第1页第26页– [24] DOI:10.1016/S0009-2614(97)01198-6·doi:10.1016/S0009-2614(97)01198-6 [25] DOI:10.1002/jcc.540141110·doi:10.1002/jcc.540141110 [26] 内政部:10.1021/j100069a028·doi:10.1021/j100069a028 [27] DOI:10.1002/(SICI)1096-987X(199712)18:16<2086::AID-JCC12>3.0.CO;2个月·doi:10.1002/(SICI)1096-987X(199712)18:16<2086::AID-JCC12>3.0.CO;2个月 [28] DOI:10.1002/1096-987X(20001115)21:14<1251::AID-JCC4>3.0.CO;2-O型·Zbl 05429573号 ·doi:10.1002/1096-987X(20001115)21:14<1251::AID-JCC4>3.0.CO;2-O型 [29] DOI:10.1073/pnas.84.19.6611·doi:10.1073/pnas.84.19.6611 [30] DOI:10.1103/PhysRevLett.88.068105·doi:10.1103/PhysRevLett.88.068105 [31] DOI:10.1002/(SICI)1096-987X(19970130)18:2<240::AID-JCC8>3.0.CO;2伏·Zbl 05428972号 ·doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19970130)18:2<240::AID-JCC8>3.0.CO;2伏 [32] 内政部:10.1002/jcc.10113·Zbl 05429572号 ·doi:10.1002/jcc.10113 [33] 内政部:10.1021/j100589a006·doi:10.1021/j100589a006 [34] DOI:10.1103/PhysRevE.69.026703·doi:10.1103/PhysRevE.69.026703 [35] Masuya M.,《纯净与应用中的可再研究开发》。化学。第1页,共2页 [36] 内政部:10.1002/jcc.540140503·doi:10.1002/jcc.540140503 [37] 内政部:10.1103/PhysRevLett.61.2635·doi:10.1103/PhysRevLett.61.2635 [38] DOI:10.1016/s006-3495(02)75668-3·doi:10.1016/S0006-3495(02)75668-3 [39] 内政部:10.1142/S0129183104006066·doi:10.1142/S0129183104006066 [40] 亚什阿·F·物理学A [41] 内政部:10.1063/1.474186·doi:10.1063/1.474186 [42] 内政部:10.1021/jp983479e·doi:10.1021/jp983479e [43] DOI:10.1103/PhysRevLett.81.3880·doi:10.1103/PhysRevLett.81.3880 [44] 内政部:10.1142/S0129183103004735·doi:10.1142/S0129183103004735 [45] DOI:10.1073/pnas.94.20.10652·doi:10.1073/pnas.94.20.10652 [46] 内政部:10.1063/1.478169·doi:10.1063/1.478169 [47] DOI:10.1103/PhysRevB.34.1841·doi:10.1103/PhysRevB.34.1841 [48] DOI:10.1016/S0959-440X(99)80025-6·doi:10.1016/S0959-440X(99)80025-6 [49] 克雷顿T.E.,《蛋白质:结构和分子特性》(1993年) [50] 内政部:10.1042/bj2260557·doi:10.1042/bj2260557 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配,并且可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。