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通过分子模拟研究真空和溶剂中的两种生物活性肽。 (英语) Zbl 1107.82328号

摘要:在真空和溶液中,通过三维分子模拟研究了酪氨酸-甘氨酸-亮氨酸-苯丙氨酸(YGLF,以一个字母代码表示)和赖氨酸-缬氨酸-亮宁-脯氨酸-脯氨酸-Glutamine(KVLPVPQ)肽序列的热力学和结构性质。利用ECEPP/2力场对每个肽序列的三维构象进行了多尺度模拟,每个模拟都是从完全随机的初始构象开始的。溶剂化贡献包括一个与肽的溶剂可及表面积成比例的术语。在本研究中,我们计算了作为温度函数的乳蛋白两个肽序列的总能量、比热、四阶累积量和端到端距离的平均值。利用该模拟技术的主要优势,绘制并分析了Ramachandran图,以预测β-圈、γ-圈和螺旋结构的相对发生概率。尽管这些序列的结构预测表明真空和溶剂中存在高水平的γ-圈和低水平的β-圈,但观察到真空中的这些概率高于溶剂模型中的概率。

MSC公司:

82B80型 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010)
82D60型 聚合物统计力学

软件:

GROMOS公司
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全文: 内政部

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