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杜志华;林，冯;乌斯曼·W·罗珊。

大型系统发育树的重建：一种平行的方法。 （英语） Zbl 1102.92039号

计算。生物化学。 29，第4期，273-280（2005）.
摘要：为非常大的数据集重建系统发育树是一个计算困难问题的已知示例。本文针对广泛使用的多指令多数据（MIMD）体系结构，提出了一种并行计算模型。遵循分治的思想，我们的模型采用递归-DCM3分解方法[U.罗山等，超树方法在各种数据集分解上的性能。O.R.P.Binida-Emonds（编辑），系统发生超级树：结合信息揭示生命之树，计算。《生物》301-328（2004）；一种重建大型系统发育树的快速算法技术。程序。IEEE计算。系统。生物信息学会议（ICSB）（2004）]将数据集划分为更小的子问题。它将计算负载分布在多个处理器上，以便每个处理器在批处理中并行地构造每个子问题的子树。它最终收集生成的树并将其合并为一棵超级树。
就划分和合并数据集的方法而言，所提出的模型是灵活的。我们表明，我们的方法大大减少了程序顺序版本的计算时间。作为一个案例研究，我们的并行方法在四个处理器上只需要22.1小时就可以超越迄今为止的最佳分数[由Rec-I-DCM3程序Roshan等人（loc.cit.）在一个数据集上于123.7小时发现]。该程序使用标准消息传递库MPI开发，可以在任何MIMD系统上重新编译和运行。

引用于2文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
2005年5月 并行数值计算
65年20月 数值算法的复杂性和性能

关键词：

系统发生树;最大节俭;平行;分而治之;MIMD（多输入多输出）

软件：

fastDNAml（快速DNAml）;显示;生物技术研究所;记录-I-DCM3;PAUP公司*
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛Z.Du｝等人，计算机。生物化学。29，第4号，273--280（2005；Zbl 1102.92039）
全文： 内政部

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