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Choi，Jeong-Hyeon先生；黄果秋；金，孙

GAME：一种使用最大精确匹配过滤的简单高效的全基因组比对方法。 （英语） Zbl 1102.92015年

计算。生物化学。 29，第3期，244-253（2005）.
摘要：我们提出了一种使用最大精确匹配（MEM）的简单有效的全基因组比对方法。使用MEM锚的主要问题是，当使用较短的MEM锚检测更多同源区域时，非同源区域中的点击数呈指数级增加。为了解决这个问题，我们开发了一个快速准确的锚过滤方案，该方案基于简单匹配扩展，具有最小百分比身份和扩展长度标准。由于其简单性和准确性，一对基因组中的所有MEM锚都可以被彻底测试和过滤。此外，通过引入翻译技术，我们的基因组比对算法的比对质量和速度得到了进一步提高。因此，我们的基因组比对算法GAME（genome alignment by Match Extension）与现有算法相比具有竞争力，可以比对大型全基因组，例如拟南芥，而无需典型的大内存和并行处理器。这是通过比较BLAST、BLASTZ、PatternHunter、MUMmer和我们的算法在对齐所有45对10个微生物基因组方面的性能的实验来证明的。我们算法的可扩展性在另一个实验中显示，该实验比较了拟南芥中所有五对染色体。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92-08 生物问题的计算方法

关键词：

全基因组比对；锚点过滤；最大精确匹配

软件：

SSAHA公司；拉根；图案猎人；DIALIGN公司；BLASTZ公司；PipMaker软件；AVID公司；消音器；BLAT（爆炸）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.-H.Choi}等人，计算。生物化学。29，第3号，244--253（2005；Zbl 1102.92015）
全文： DOI程序

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