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Weyer-Menkhoff，简;克劳迪娜·德沃切尔;亚历克斯·格罗斯曼;斯特凡·格鲁纽瓦尔德

整数线性规划作为从四元数据构造树的工具。 （英语） Zbl 1102.92042号

计算。生物化学。 第3期第29页，196-203页（2005年）.
摘要：四元组难题的任务是从具有恰好四个叶子的\（3\binom｛n｝｛4｝\）二叉树的置信值中为有限\（n）集找到一个最适合的二叉树\（X）树，其适合度通过所有“诱导”的四个叶子子树的置信值之和来衡量。我们描述了一种通过整数线性规划来找到这个问题的精确解的方法。类似的程序也可用于查找最合适的“圆形”网络。
当然，在这种情况下，一个关键问题是如何获得四叉树的输入置信值。我们建议使用为成对分类群计算的速率矩阵对角线的内积，并展示将我们的方法应用于包括外群在内的多达36个哺乳动物线粒体序列的两个数据集所产生的树。

引用于5文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
90立方厘米 整数编程
90 C90 数学规划的应用
90C05（二氧化碳） 线性规划

关键词：

加权四重奏;整数线性规划;观测速率矩阵;哺乳动物线粒体进化;系统发育

软件：

ClustalW公司;菲利普;拆分树;快速脱氧核糖核酸ml;Phyloquart公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Weyer-Menkhoff}等人，计算。生物化学。29，第3号，196--203（2005；Zbl 1102.92042）
全文： DOI程序

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