埃内斯托·皮卡迪;卡拉·夸利亚列洛 EdiPy:在RNA编辑下模拟植物线粒体基因进化的资源。 (英文) Zbl 1088.92044号 计算。生物化学。 30,第1号,77-80(2006). 摘要:EdiPy是一个在线资源,旨在以生物真实的方式模拟植物线粒体基因的进化。EdiPy考虑了RNA编辑位点的存在,并提供了与基因组和cDNA序列相对应的多重人工比对。每个人工数据集可以依次提交到主要和广泛的进化和系统发育软件包,如PAUP、Phyml、PAML和Phylip。作为一种在线生物信息资源,EdiPy可从以下网页获得:http://biologia.unical.it/py\({\_}\)script/index.html。 MSC公司: 92C80型 植物生物学 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词:植物线粒体;RNA编辑;进化模型 软件:PhyML(物理建模语言);PAUP公司*;潘美;EdiPy公司;菲利普 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{E.Picardi}和\textit{C.Quaglariello},计算。生物化学。30,第1号,77--80(2006;Zbl 1088.92044) 全文: 内政部 参考文献: [1] 鲍,L.M。;dePamphilis,C.W.,RNA编辑和基因处理对系统发育重建的影响,分子生物学。演变。,13, 1159-1166 (1996) [2] Felsenstein,J.,2004年。PHYLIP(系统发育推断包),3.6版。由作者分发。西雅图华盛顿大学基因组科学系。;Felsenstein,J.,2004年。PHYLIP(系统发育推断包),3.6版。由作者分发。西雅图华盛顿大学基因组科学系。 [3] Giegé,P。;Brennicke,A.,RNA编辑拟南芥线粒体影响ORF中441 C到U的变化,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,96,15324-15329(1999) [4] Goldman,N.,DNA替代模型的简单诊断统计测试,J.Mol.Evol。,37, 650-661 (1993) [5] Gray,M.W.,线粒体RNA编辑系统的多样性和进化,IUBMB Life,55,227-233(2003) [6] Guindon,S。;Gascuel,O.,一种简单、快速、准确的算法,用于通过最大似然估计大型系统发育,Syst。《生物学》,52,696-704(2003) [7] 里贾纳,T.M.R。;洛佩兹,L。;皮卡迪,E。;Quagliariello,C.,表达转速4木兰和向日葵线粒体中的基因,基因,28633-41(2002) [8] Schoniger,M。;von Haeseler,A.,有效模拟DNA序列的进化,CABIOS,11,111-115(1995) [9] 直流屏蔽。;Wolfe,K.H.,《植物线粒体和叶绿体中mRNA编辑位点的加速进化》,《分子生物学》。演变。,14, 344-349 (1997) [10] 斯沃福德,D.L。;奥尔森,G。;Waddell,P.J。;Hillis,D.M.,《系统发育推断》(Hillis、D.M.;Mortiz,C.;Mable,B.K.,《分子系统学》(1996),西奈协会),407-514 [11] Swofford,D.L.,《PAUP 4.0:使用简约(和其他方法)进行系统发育分析》(1998年),西努埃尔联合公司:西努埃尔联营公司,马萨诸塞州桑德兰 [12] Yang,Z.,PAML:最大似然系统发育分析程序包,Comm.Appl。生物科学。,13, 555-556 (1997) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。