×

扩展{SIMLA}包以生成具有复杂遗传模式的家系:环境协变量、基因-基因和基因-环境相互作用。 (英语) Zbl 1082.92026

小结:我们之前发布了一个软件包SIMLA(SIMulation of Linkage and Association),可用于在用户特定结构的三代家系中生成疾病表型和标记基因型数据。据我们所知,SIMLA是唯一一个公开可用的程序,可以模拟普通家系中标记和疾病位点之间的连锁(重组)和连锁不平衡(LD)的可变水平。虽然先前的SIMLA版本在选择与复杂人类疾病的连锁和关联映射相关的许多参数方面提供了灵活性,但它不允许在给定家系中分离多个疾病位点,也不包含可能与疾病易感基因相互作用的环境协变量。
在这里,我们提出了一种模拟算法的扩展,其特点是具有更为通用的外显函数,允许模拟家系中最多两个基因和最多两个环境协变量的联合作用,以及它们之间所有可能的乘法交互作用。这使得该程序对于比较应用于复杂人类表型的不同连锁和关联分析方法的性能更加有用。SIMLA可以帮助研究人员规划和设计各种联系和关联研究,并通过将实际数据分析结果与用户控制的数据生成机制下获得的结果进行比较,帮助解释实际数据分析的结果。SIMLA软件包的免费下载位于http://wwwchg.duhs.duke.edu/software.

MSC公司:

92 C50 医疗应用(一般)
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
92D10型 遗传学和表观遗传学

软件:

SIMLA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部 链接 链接