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耶尔·温巴赫；埃尔伯，罗恩

重新访问和并行化SHAKE。 （英语） Zbl 1096.82004号

J.计算。物理学。 209，第1期，193-206（2005）.
考虑了一种广泛使用的带约束的分子动力学轨迹计算方法。这种方法称为SHAKE。提出了一种并行运行SHAKE的算法。动力学由牛顿方程给出\[M\ddot{X}=-\nabla U-\sum_l\lambda_l\nabla\sigma_l，\]其中，\（M）是质量矩阵，\（X）是坐标向量，\（U）是势，\（nabla\sigma_l）是约束力，\（lambda_l\）是拉格朗日乘子，必须根据约束确定。在Verlet算法中，该运动方程通过在每个积分时间步长\（\Delta t\）之后更新坐标和速度的规则来表示。此外，在每个时间步中，需要迭代求解\（\lambda_l\）的方程。作者对已知的SHAKE算法进行了几处修改，使其适用于并行计算。特别是，它包括通过共轭梯度最小化求解稀疏矩阵的线性方程组，以及减少难以并行化的计算的一些含义。开发的并行算法精确地再现了串行算法。所考虑的数值示例提供了良好的负载平衡，并且仅受通信时间的限制。
审核人：J.考普斯（里加）

引用于三文件

MSC公司：

82-08 计算方法（统计力学）（MSC2010）

关键词：

带约束的动力学；共轭梯度；拉格朗日乘数；并行计算

软件：

名称2；莫尔
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Y.Weinbach}和\textit{R.Elber}，J.Compute。物理学。209，编号1193-206（2005年；兹bl 1096.82004）
全文： 内政部

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