Lauritzen、Steffen L。；Nuala A.希恩。 遗传分析的图形模型。 （英语） Zbl 1055.62126号 统计科学。 18，第4期，489-514（2003）. 摘要：本文介绍了图形模型作为一种自然环境，在其中制定和解决遗传学及相关领域的问题。特别强调了各种局部计算算法之间的关系，这些算法是在迄今为止大多数图形模型和遗传学领域中开发的。图形模型的潜力通过一些遗传因素占主导地位的实例应用进行了探索和说明。 引用于27文件 MSC公司： 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 92D10型 遗传学和表观遗传学 05C90年 图论的应用 关键词：贝叶斯网络；法医遗传学；连锁分析；局部计算；剥皮；概率传播；QTL分析 软件：HUGIN公司；SimWalk2公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.L.Lauritzen}和\textit{N.A.Sheehan}，统计科学。18，第4号，489--514（2003；Zbl 1055.62126） 全文： 内政部 参考文献： [1] Adalsteinson，S.、Hersteinson，P.和Gunnarsson，E.（1987）。狐狸的颜色与老鼠和绵羊的颜色有关。J.遗传78 235–237。 [2] Amestoy，P.R.、Davis，T.A.和Duff，I.S.（1996）。一种近似最小度排序算法。SIAM J.矩阵分析。申请。17 886–905·Zbl 0861.65021号 ·doi:10.1137/S0895479894278952 [3] Andersen，S.K.、Olesen，K.G.、Jensen，F.V.和Jenson，F.（1989）。HUGIN——为专家系统构建信念宇宙的外壳。程序中。第11届国际人工智能联合会议1080–1085。Morgan Kaufmann，加利福尼亚州圣马特奥·Zbl 0713.68051号 [4] Baum，L.E.（1972）。马尔可夫过程概率函数统计估计中的不等式和相关最大化技术。在不平等中。III（O.Shisha编辑）1-8。纽约学术出版社。 [5] Berry，A.、Bordat，J.-P.和Cogis，O.（2000）。生成图的所有最小分隔符。国际。J.发现。计算。科学。11 397–403. ·Zbl 1320.05120号 ·doi:10.1142/S012905410000211 [6] Bouchitté，V.和Todinca，I.（2001年）。树宽和最小填充：将最小分隔符分组。SIAM J.计算。31 212–232. ·Zbl 0987.05085号 ·doi:10.1137/S0097539799359683 [7] Cannings，C.、Thompson，E.A.和Skolnick，M.H.（1978年）。复杂谱系上的概率函数。申请中的预付款。普罗巴伯。10 26–61. JSTOR公司：·Zbl 0431.92019号 ·doi:10.2307/1426718 [8] Cottingham，R.W.、Idury，R.M.和Schäffer，A.A.（1993）。更快的顺序遗传连锁计算。阿默尔。《人类遗传学杂志》53 252-263。 [9] Cowell，R.G.、Dawid，A.P.、Lauritzen，S.L.和Spiegelholter，D.J.（1999年）。概率网络和专家系统。纽约州施普林格·Zbl 0937.68121号 ·doi:10.1007/b97670 [10] Dawid，A.P.（1992）。概率专家系统通用传播算法的应用。统计师。计算。2 25–36. [11] Dawid，A.P.和Mortera，J.（1996年）。法医鉴定证据的一致性分析。J.罗伊。统计师。Soc.序列号。B 58 425–443。JSTOR公司：·兹比尔0853.62095 [12] Dawid，A.P.和Mortera，J.（1998年）。证据不完善的法医鉴定。生物特征85 835–849。JSTOR公司：·Zbl 0921.62129号 ·doi:10.1093/biomet/85.4.835 [13] Dawid，A.P.、Mortera，J.和Pascali，V.L.（2001）。非血性还是突变？亲子鉴定中父母排斥的概率方法。法医学。国际124 55-61。 [14] Dawid，A.P.、Mortera，J.、Pascali，V.L.和van Boxel，D.（2002）。遗传标记法医推断的概率专家系统。扫描。J.统计。29 577–595. ·Zbl 1035.62111号 ·doi:10.1111/1467-9469.00307 [15] Egeland，T.、Mostad，P.F.、Mevág，B.和Stenersen，M.（2000年）。超越传统的亲子鉴定案例：选择最可能的血统。法医学。国际110 47-59。 [16] Elston，R.C.和Stewart，J.（1971）。家谱数据遗传分析的通用模型。人类遗传21 523–542。 [17] Falconer，D.S.和Mackay，T.F.C.（1996年）。《数量遗传学导论》，第4版，Addison-Wesley Longman Limited，Harlow，UK。 [18] Fernandez，S.A.、Fernando，R.L.、Gulbrandtsen，B.、Totir，L.R.和Carriquiry，A.L.（2001）。带环的大家系的基因型抽样。遗传选择进化33 337–367。 [19] Fishelson，M.和Geiger，D.（2002年）。一般谱系的精确遗传连锁计算。生物信息学18 S189–S198。 [20] George，A.和Liu，J.W.H.（1989）。最小度排序算法的进化。SIAM版本31 1–19。JSTOR公司：·Zbl 0671.65024号 ·数字对象标识代码：10.1137/1031001 [21] Gill，P.E.、Ivanov，P.L.、Kimpton，C.、Piercy，R.、Benson，N.、Tully，G.、Evett，I.、Hagelberg，E.和Sullivan，K.（1994）。通过DNA分析鉴定罗曼诺夫家族的遗骸。自然遗传学6 130–135。 [22] 霍尔丹，J.B.S.（1919年）。连锁值的组合和连锁因子位点之间距离的计算。遗传学杂志8 299–309。 [23] Hansen，B.和Pedersen，C.B.（1994年）。使用吉布斯抽样分析复杂家系：一项理论和实证调查。丹麦奥尔堡奥尔堡大学电子系统研究所技术报告R-94-2032。 [24] Heath，S.C.（2003）。利用马尔可夫链蒙特卡罗技术进行遗传连锁分析。《高度结构化随机系统》（P.J.Green、N.L.Hjort和S.Richardson编辑）363–381。牛津大学出版社。 [25] Jensen，C.S.（1997年）。用于大型复杂贝叶斯网络推理的阻塞吉布斯采样及其在遗传学中的应用。丹麦奥尔堡奥尔堡大学博士论文。 [26] Jensen，C.S.、Kjrulff，U.和Kong，A.（1995）。超大概率专家系统中的阻塞吉布斯采样。国际人类计算机研究杂志42 647–666。 [27] Jensen，C.S.和Kong，A.（1999年）。具有多个环的大家系连锁分析的Blocking Gibbs抽样。阿默尔。《人类遗传学杂志》65 885–901。 [28] Jensen，F.V.（1996）。贝叶斯网络简介。施普林格，纽约。 [29] Jensen，F.V.（2002）。HUGIN API参考手册5.4版。HUGIN Expert Ltd.，丹麦奥尔堡。 [30] Jensen，F.V.、Lauritzen，S.L.和Olesen，K.G.（1990年）。基于局部计算的因果概率网络贝叶斯更新。计算统计季刊4 269–282·Zbl 0715.68076号 [31] Kjrulff，U.（1992）。概率网络的模拟退火优化分解。统计师。计算。2 7–17。 [32] Kong，A.（1991年）。计算近交系隐性疾病连锁可能性的有效方法。遗传流行病学8 81–103。 [33] Kruglyak，L.、Daly，M.J.、Reeve-Daly，M.P.和Lander，E.S.（1996）。参数和非参数联动分析：统一的多点方法。阿默尔。《人类遗传学杂志》58 1347–1363。 [34] Lander，E.S.和Green，P.（1987年）。人类多位点遗传连锁图谱的构建。程序。国家。阿卡德。科学。美国84 2363–2367。 [35] Lander，E.S.和Schork，N.J.（1994年）。复杂性状的遗传解剖。科学265 2037–2048。 [36] Lange，K.和Elston，R.C.（1975年）。系谱分析的扩展。简单和复杂谱系的似然计算。人类遗传25 95–105。 [37] Lauritzen，S.L.（1996年）。图形模型。克拉伦登，牛津·Zbl 0907.62001 [38] Lauritzen，S.L.（2001）。图形模型的因果推断。在复杂随机系统中（O.E.Barndorff-Nielsen，D.R.Cox和C.Klüppelberg，eds.）63–107。查普曼和霍尔/CRC出版社，佛罗里达州博卡拉顿·兹比尔1010.62004 [39] Lauritzen，S.L.和Jensen，F.V.（1997）。交换半群赋值的局部计算。安。数学。人工智能21 51–69·Zbl 0895.68045号 ·doi:10.1023/A:1018953016172 [40] Lauritzen，S.L.和Spiegelhalter，D.J.（1988）。图形结构概率的局部计算及其在专家系统中的应用（含讨论）。J.罗伊。统计师。Soc.序列号。B 50 157–224。JSTOR公司：·Zbl 0684.68106号 [41] Lund，M.S.和Jensen，C.S.（1999）。基于图论的混合遗传模型中的块Gibbs采样。遗传学选择进化31 3–24。 [42] 孟德尔（1866）。植物杂交实验。（孟德尔的英文原著，由R.a.Fisher、J.H.Bennett编辑的评论，由爱丁堡的Oliver and Boyd出版，1965年。） [43] 摩纳哥，A.P.，贝塔森，C.J.，米德尔斯沃斯，W.，科莱蒂，C.A.，奥尔德里奇，J.，菲斯克贝克，K.H.，巴特利特，R.，佩里卡克·万斯，M.A.，罗斯，A.D.和昆克尔，L.M.（1985）。使用紧密连接的DNA片段检测跨越杜兴肌营养不良基因座的缺失。自然316 842–845。 [44] Mortera，J.、Dawid，A.P.和Lauritzen，S.L.（2003）。DNA混合物分析的概率专家系统。西奥。人口生物学63 191–205·Zbl 1105.92017年 ·doi:10.1016/S0040-5809（03）00006-6 [45] 莫顿，N.E.（1955）。检测联动装置的顺序测试。阿默尔。《人类遗传学杂志》7 277–318。 [46] O'Connell，J.R.（2001）。通过Elston-Stewart算法中的遗传向量进行快速多点连锁分析。人类遗传51 226–240。 [47] Ott，J.（1999）。《人类遗传连锁分析》，第三版，约翰·霍普金斯大学出版社，巴尔的摩。 [48] Pearl，J.（1986年）。信仰网络中的融合、传播和构建。人工智能29 241–288·Zbl 0624.68081号 ·doi:10.1016/0004-3702（86）90072-X [49] Pearl，J.（1988）。智能系统中的概率推理。Morgan Kaufmann，加利福尼亚州圣马特奥·Zbl 0649.68104号 [50] Riordan，J.R.、Rommens，J.M.、Kerem，B.、Alon，N.、Rozmahel，R.、Grzelczak，Z.、Zielenski，J.、Lok，S.、Plavsic，N.，Chou，J.L.、Drumm，M.L.、Iannuzzi，M.C.、Collins，F.S.和Tsui，L.C.（1989）。囊性纤维化基因的鉴定：互补DNA的克隆和表征。《科学》245 1066–1073。 [51] Sham，P.（1997）。人类遗传学统计。阿诺德，伦敦·Zbl 0895.62109号 [52] Sheehan，N.A.（2000年）。马尔可夫链蒙特卡罗方法在复杂家系遗传分析中的应用。国际。统计师。修订版68 83–110·Zbl 1107.92305号 ·doi:10.1111/j.1751-5823.2000.tb00389.x [53] Sheehan，N.A.、Gulbrandtsen，B.、Lund，M.S.和Sorensen，D.A.（2002年）。半同胞设计中数量性状位点的贝叶斯MCMC映射：图形模型视角。国际。统计师。版次70 241–267·Zbl 1217.62190号 ·doi:10.1111/j.1751-5823.002.tb00362.x [54] Shenoy，P.P.和Shafer，G.（1990年）。概率和信念公理-函数传播。《人工智能中的不确定性》（R.D.Shachter、T.S.Levitt、L.N.Kanal和J.F.Lemmer编辑）4 169-198。荷兰北部，阿姆斯特丹。 [55] Shoikhet，K.和Geiger，D.（1997年）。寻找最优三角网的实用算法。程序中。第十四届全国人工智能会议185-190。加利福尼亚州门罗公园AAAI出版社。 [56] Silvers，W.K.（1979）。老鼠的皮毛颜色。施普林格，纽约。 [57] Skjøth，F.、Lohi，O.和Thomas，A.W.（1994年）。狐狸银色突变遗传的遗传模型。遗传学研究64 11–18。 [58] Sobel，E.和Lange，K.（1996年）。系谱分析中的下降图：应用于单倍型、位置分数和标记共享统计。阿默尔。《人类遗传学杂志》58 1323–1337。 [59] Spiegelhalter，D.J.（1990）。影响图中概率推理的快速算法，在遗传学和专家系统中的应用（含讨论）。在《影响图、信念网和决策分析》（R.M.Oliver和J.Q.Smith编辑）361–384。英国奇切斯特威利。 [60] Spiegelhalter，D.J.（1998）。贝叶斯图形建模：监测健康结果的案例研究。申请。统计师。47 115–133. [61] 托马斯（1985）。系谱分析的数据结构、近似方法和优化计算。剑桥大学博士论文。 [62] Thomas，A.、Gutin，A.、Abkevich，V.和Bansal，A.（2000）。通过阻断吉布斯采样进行多焦点连锁分析。统计师。计算。10 259–269. [63] Thompson，E.A.（1981年）。霍奇金病在纽芬兰家谱中的家系分析。人类遗传学年鉴45 279–292。 [64] Thompson，E.A.（1986年）。人类遗传学的系谱分析。约翰·霍普金斯大学出版社，巴尔的摩。 [65] Thompson，E.A.（1994年）。遗传作图中的蒙特卡罗可能性。统计师。科学。9 355–366. [66] Thompson，E.A.（2000年）。谱系遗传数据的统计推断。俄亥俄州比奇伍德IMS·Zbl 0972.92022号 [67] Thompson，E.A.（2001）。遗传结构的蒙特卡罗方法。《复杂随机系统》（O.E.Barndorff-Nielsen，D.R.Cox和C.Klüppelberg，eds.）176-218。查普曼和霍尔/CRC出版社，佛罗里达州博卡拉顿·Zbl 1002.65007号 [68] Thompson，E.A.和Heath，S.C.（1999）。亲属间条件多位点基因同一性的估计。《分子生物学和遗传学统计学》（F.Seillier Moiseiwitsch，ed.）95-113。加利福尼亚州海沃德IMS·doi:10.1214/lnms/1215455549 [69] Thompson，E.A.和Wijsman，E.M.（1990）。扩展家谱上的吉布斯采样器：复杂性状遗传分析的蒙特卡罗方法。西雅图华盛顿大学统计系193号技术报告。 [70] Yannakakis，M.（1981年）。计算最小填充是NP完全的。SIAM J.代数离散方法2 77–79·Zbl 0496.68033号 ·doi:10.1137/0602010 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。