×

EUROGRID和GRIP项目中的生命科学网格。 (英语) Zbl 1102.68385号

摘要:我们描述了网格上最重要的生命科学应用程序的部署。构建网格是异构的,由不同体系结构的系统、操作系统和各种中间件组成。我们使用UNICORE基础设施作为开发现有计算化学代码和分子生物学数据库的专用用户界面的框架。开发的解决方案允许使用完全相同的界面访问UNICORE和Globus提供的资源,从而可以访问常规和功能,如单点登录、作业提交和控制机制。

MSC公司:

68M10个 计算机系统中的网络设计和通信
68平方米 计算机系统环境下的性能评估、排队和调度
68单位35 信息系统的计算方法(超文本导航、接口、决策支持等)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Foster,I.和Kesselman,C.,《网格:新计算基础设施的蓝图》,摩根·考夫曼出版社,美国,1999年。
[2] WebMo、,http://www.webmo.net。
[3] Bhandarkar,M.、Budescu,G.、Humphrey,W.F.、Izaguirre,J.A.、Izrailev,S.、Kalé,L.V.、Kosztin,D.、Molnar,F.、Phillips,L.C.和Schulten,K.,《生物核心:结构生物学的合作实验室》,Proc。SCS网络建模与仿真国际会议(Bruzzone,A.G.,Uchrmacher,A.和Page,E.H.eds.),加利福尼亚州旧金山,1999年。
[4] Kalé,L.、Skeel,R.、Bhandarkar,M.、Brunner,R.,Gursoy,A.、Krawetz,N.、Phillips,J.、Shinozaki,A.、Varadarajan,K.和Schulten,K.,“NAMD2:并行分子动力学的更大可伸缩性”,《计算物理杂志》,151,第283–3121999页·Zbl 0948.92004号 ·doi:10.1006/jcph.1999.6201
[5] Foster,I.和Kesselman,C.,“全球:元计算基础设施工具包”,国际。《科学应用杂志》,第11期,第2页,第115–128页,1997年。
[6] 弗吉尼亚大学退伍军人协会,美国弗吉尼亚州夏洛茨维尔,http://legion.virginia.edu。
[7] LSF,平台计算,http://www.platform.com。
[8] UNICORE、UNICORE论坛,网址:http://www.unicore.org。
[9] 欧洲数据网格,http://edg-wp10.healthgrid.org。
[10] Bała,P.、Lesyng,B.和Erwin,D.,“EUROGRID–欧洲计算网格测试平台”,《并行与分布式计算杂志》,63,5,第590–596页,2003年·doi:10.1016/S0743-7315(03)00005-4
[11] 皮特林斯基,J.斯科尔威德。,Bała,P.、Nazaruk,M.、Alessandrini,V.、Girou,D.、Grassou,G.、Erwin,D.、Mallmann,D.、MacLaren,J.和Brooke,J.,“生物网格——欧洲分子生物学网格”,Proc。第11届IEEE分布式计算国际研讨会,IEEE计算机学会,第4122002页。
[12] Talia,D.,“开放网格服务架构:网格与网络的相遇”,IEEE互联网计算,6,6,第67–71页,2002年·doi:10.1109/MIC.2002.1067739
[13] Kollman,P.,AMBER(能源精炼辅助模型建筑),美国旧金山加利福尼亚大学,2001年。
[14] 皮特林斯基,J.,斯科尔威德,Ł。,Huber,V.,Bednarczyk,K.和Bała,P.,“UNICORE–网格上化学的统一平台”,《科学与工程计算方法杂志》,第2、3s–4s页,第369–376页,2002年·Zbl 1012.81523号
[15] Gunsteren,W.Van和Berendsen,H.J.C.,GROMOS(格罗宁根分子模拟计算机程序包),Biomos,物理化学实验室,ETH Zentrum,苏黎世,1996年。
[16] Brooks,B.R.、Bruccoleri,R.E.、Olafson,B.D.、States,D.J.、Swaminathan,S.和Karplus,M.,《大分子能量、最小化和动力学计算程序》,《计算化学杂志》,第4期,第187-217页,1983年·doi:10.1002/jcc.540040211
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。