阿伦·克里希南 网格上生命科学应用的调查。 （英语） Zbl 1083.68511号 新一代计算。 22，第2期，111-126（2004）. 摘要：功能强大的微处理器的可用性和网络性能的改进使得在广域分布式系统上进行高性能计算成为可能。计算网格通过集成不同的、地理上分布的和本质上异构的资源，为解决大规模问题提供了基础设施。然而，一方面，异质性允许可伸缩性，另一方面，这使得在这样的环境中开发和部署应用程序变得极其困难。在过去十年里，生命科学领域的数据爆炸性增长。需要对采集的数据进行处理、解释和分析，以使其有用。生物信息学的巨大资源需求与该领域的大量数据并行应用相结合，以及强大、高性能、计算网格环境的可用性，自然为开发网格应用程序带来了机遇。这项调查是生命科学研究小组（隶属于全球网格论坛的一个研究小组）的一部分，旨在整理有关该领域支持网格的应用程序的信息。 MSC公司： 68米10 计算机系统中的网络设计和通信 68单位35 信息系统的计算方法（超文本导航、接口、决策支持等） 关键词：网格计算；分布式应用程序；生命科学 软件：DOCK（码头）；麦克尔；Globus工具包；mpiBLAST；MPICH-G2型；尼姆罗德/G；网格爆炸；生物网格 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Krishnan}，新一代计算。22，第2号，111-126（2004；Zbl 1083.68511） 全文： 内政部 参考文献： [1] GGF，生命科学网格研究小组，http://people。cs.uchicago.edu/dangulo/LSG/。 [2] 全球电网论坛，http://www.ggf.org。 [3] Berman，F.D.、Wolski，R.、Figueira，S.、Schopf，J.和Shao，G.，《分布式异构网络的应用级调度》，inProc。超级计算1996年、1996年。 [4] Foster，I.和Kesselman，C.，《Globus:元计算基础设施工具包》，《超级计算机应用与高性能计算国际期刊》，第11.2期，第115-128页，1997年夏·doi:10.1177/109434209701100205 [5] Henderson，R.和Tweten，D.，“便携式批处理系统：外部参考规范”，技术报告，NASA艾姆斯研究中心，1996年。 [6] SUN，“太阳网格引擎：白皮书”，2003年。http://wwws.sun.com/software/gridware/sgeee53/wp-sgeee/index.html。 [7] Zhou，S.，“LSF：大规模异构分布式系统中的负载共享”，Proc。集群计算研讨会，1992年。 [8] MAUI调度器，http://supercluster.org/maui/。 [9] Sekiguchi，S.、Sat，M.、Nakada，H.和Nagashima，U.，“Ninf：全球高性能计算的基于网络的信息库”，面向对象的并行方法和应用（POOMA），1996年2月。 [10] Karonis，N.、Toonen，B.和Foster，I.，“MPICH-G2:消息传递接口的网格化实现”，发表于《并行与分布式计算杂志》（JPDC），2003年·Zbl 1059.68526号 [11] “平台计算”http://www.platform.com/industry/lifesciences/index.asp。 [12] Altschul，S.F.、Gish，W.、Miller，W.，Myers，E.W.和Lipman，D.J.，“基本局部比对搜索工具”，《分子生物学杂志》，215，第403-410页。 [13] 国家生物技术信息中心，NCBI主页，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/。 [14] NCBI、BLAST主页、，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。 [15] Clifford R.和Mackey，A.J.，“分散：并行数据库搜索的简单有效方法”，《生物信息学》，第16期，第564-565页，2000年·doi:10.1093/bioinformatics/16.6.564 [16] Mpiblast公司，http://mpiblast.lanl.gov./。 [17] Krishnan，A.，“散布：集群上爆炸的高通量版本，”http://scatter.bii.a-star.edu.sg。 [18] Metery，R.、Hernandez，F.、Imbaud，C.、Jacq，N.和Legre，Y.，“实验网格上的爆炸”，技术报告，WP10，DataGrid-10-TED-0105-2_4。 [19] Krishnan，A.，“网格爆炸：网格计算框架中基于Globus的爆炸实现”网址：http://gridlast.bii.a-star.edu.sg，提交出版，2003年。 [20] Hatano，S.、Ichiyanagi，Y.、Ma，J.、Shi，H.、Kido，Y.，Date，S.，Okumura，T.、Matsuda，H.和Shimojo，S.《中国生命科学网格计算网络的构建》，待出版，2003年。 [21] 圣地亚哥超级计算机中心，“生命百科全书”http://eol.sdsc.edu。 [22] 进展：波兹南超级计算和网络中心，http://progress.psnc.pl。 [23] Blazewicz，J.，Kasprzak，M.，Nowierski，B.，Redlinski，T.，Styszynski，R.，Szajkowski，L.，Werla，M.和Widera，P.，ASM-DNA组装应用，技术报告，波兹南超级计算和网络中心，http://www.cs.put.poznan.pl/asm/。 [24] CNRS，“DataGrid:第一次生物试验台发布报告”，技术报告，主要合作伙伴：CNRS，文件标识符：DataGrid-10-D10.3-1-1。 [25] Koita，T.、Kofune，Y.、Inoue，Y.和Fukuda，A.，“网格上基因组应用程序资源分配的实施和评估”，inProc。IASTED国际并行和分布式计算与网络会议（AI2003），第524–528页，2003年。 [26] “HMMER：生物序列分析的剖面隐马尔可夫模型”http://hmmer.wustl.edu/。 [27] 欧洲委员会和IST，“网格化医疗模拟服务”http://www.ccrl-nece.de/gemss/。 [28] Ellisman，M.，“远程科学项目”http://ncmir.ucsd.edu/Telescience/。 [29] Bartol，T.和Stiles，J.，“MCell:细胞微生理的通用蒙特卡罗模拟器”http://www.mcell.cnl.salk.edu/。 [30] Berman，F.和Casanova，H.，“MCell:参数扫描使用场景”，圣地亚哥超级计算机中心技术报告，http://dast.nlanr.net/GridForum/Apps-WG/scenarios/3_mcell.html。 [31] Benoit-Cattin，H.、Bellet，F.、Montagnat，J.和Odet，C.，“网格计算体系结构上的磁共振成像（MRI）模拟”，inProc。IEEE CCGrid03，生物电网'03，日本东京，2003。 [32] Liang，Z.P.和Lauterbur，P.C.，“磁共振成像原理”。信号处理观点”，IEEE出版社，纽约，2000年。 [33] Montagnat，J.、Duque，H.、Pierson，J.M.、Breton，V.、Brunie，L.和Magnin，I.E.，“使用网格的基于医学图像内容的查询”，《Proc。IEEE CCGrid03，生物电网'03，日本东京，2003。 [34] Duque，H.、Montagnat，J.、Pierson，J.M.、Brunie，L.和Magnin，I.E.，“DM2:网格的分布式医疗数据管理器”，《Proc》。IEEE CCGrid03，生物电网'03，日本东京，2003。 [35] Stockinger，H.、Samar，A.、Allcock，B.、Foster，I.、Holtman，K.和Tierney，B.，“数据网格中的文件和对象复制”，第十届IEEE高性能和分布式计算研讨会（HPDC2001），2001年8月。 [36] Baru，C.、Moore，R.、Rajasekar，A.和Wan，M.，“SDSC存储资源代理”，《Proc》。1998年11月30日至12月3日，CASCON’98 Conf。 [37] 国家医学图书馆，“可见胚胎：人类胚胎学数字图书馆和协作支持工具”http://netlab.gmu.edu/visembryo/overview.htm。 [38] Larson，S.M.Snow，C.D.，Shirts，M.R.和Pande，V.S.，“折叠@主页和基因组@主页：使用分布式计算来解决计算生物学中以前难以解决的问题，”（Grant，R.ed.），地平线出版社，2002年。 [39] Buyya，R.、Branson，K.、Giddy，J.和Abramson，D.，“虚拟实验室：在全球网格上实现药物设计的分子建模”，《并发与计算杂志：实践与经验》，2002年·Zbl 1005.68581号 [40] Abramson，D.、Sosic，R.、Giddy，J.和Hall，B.，《Nimrod：使用分布式工作站执行参数化仿真的工具》，《inProc》。第四届IEEE高性能分布式计算研讨会，弗吉尼亚州，1995年8月。 [41] Ewing，A.，《DOCK 4.0版参考手册》，技术报告，美国加州大学旧金山分校，1998年。http://www.cmpharm.ucsf.edu/kuntz/dock.html。 [42] Buyya R.、Abramson D.和Giddy J.，“Nimrod/G:全球计算网格中资源管理和调度系统的架构”，inProc。2000年，第四届IEEE亚太地区高性能计算研讨会（HPC Asia 2000）·Zbl 1042.68514号 [43] Tanimura，Y.、Hiroyasu，T.、Miki，M.和Aoi，K.，“关于计算网格上的进化计算的讨论”，IPSJ SIG Notes High Performance Computing，2002。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。