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NAMD2:并行分子动力学具有更大的可扩展性。 (英语) 兹比尔0948.92004

摘要:分子动力学程序模拟生物分子系统的行为,从而了解其功能。然而,这种模拟的计算复杂性是巨大的。并行机提供了解决这一计算挑战的潜力。为了利用这一潜力,有必要开发一个可扩展的程序。应用程序域程序员也有必要轻松修改程序。本文中介绍的NAMD2程序旨在提供这些理想的功能。它使用空间分解和力分解相结合来增强可伸缩性。它使用智能周期性负载平衡,从而最大限度地利用可用的计算能力。它是模块化组织的,并使用Charm++(一种并行C++方言)实现,以增强其可修改性。它使用数值技术和算法的组合来确保能量漂移最小化,确保长时间运行计算的准确性。
NAMD2使用一个名为Converse的可移植运行时框架,该框架还支持多个并行范式之间的互操作性。因此,应用程序的不同组件可以用最合适的并行范式编写。NAMD2在包括工作站集群在内的大多数并行计算机上运行,在220个处理器上实现了超过180的加速。本文还描述了在一些基准应用程序上获得的性能。

MSC公司:

92C05型 生物物理学
92-08 生物问题的计算方法
2005年5月 并行数值计算
92C40型 生物化学、分子生物学
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全文: 内政部

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