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基于灵活利用可用结构信息生成分子图。 (英语) Zbl 0846.05086号

经典的化学结构理论为全面理解有机化学奠定了基础。图论为描述化学结构及其性质提供了一种非常有用的数学语言。在许多实际的计算机应用中,如结构阐明、合成规划和分子设计,都需要生成候选结构集(分子图)。重要的是,生成过程受到来自任何光谱、物理、化学等数据的输入结构信息的约束。另一方面,在大多数情况下,这些信息是不完整的、重叠的和模糊的,这需要反映这些特征的方法。一些问题,例如同构问题和组合爆炸,使生成过程更加复杂。他们应该在这些限制条件下找到解决方案。因此,应用任何通用的图形生成方法都不会产生令人满意的结果。所有这些都需要开发特定的图形生成方案,以灵活地受输入结构信息的约束。在生成方案中引入了一些处理特殊类彩色图(描述真实的化学结构)和使用子图集(分子片段)等的过程。此外,生成方法必须反映化学家通常可获得的信息的模糊特性,并在自动推理过程中提供一条直接的途径来获得正确的解决方案。本文讨论了计算机辅助结构解释中分子图生成过程中出现的各种问题,并讨论了可能的解决方案。

MSC公司:

05C90年 图论的应用
92年10月 分子结构(图形理论方法、微分拓扑方法等)

软件:

摩尔生成物
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全文: 内政部

参考文献:

[1] Bangov,I.P.,计算机辅助生成毛式分子结构。I.非环饱和化合物,Commun。数学。化学。(匹配),14,235-246(1983)
[2] 班戈夫,I.P。;Kanev,K.D.,从总公式生成计算机辅助结构:2。多键不饱和和环状化合物。碎片的使用,J.Mathem。化学。,2, 31-48 (1988)
[3] Bangov,I.P.,使用\(^{13} C类\)核磁共振化学位移/电荷密度线性关系,用于化学结构的识别和排序,分析。奇米卡。《学报》,20929-43(1988)
[4] Bangov,I.P.,《由总公式生成计算机辅助结构》。3.组合问题的缓解,J.Chem。通知。计算。科学。,30, 277-289 (1990)
[5] Bangov,I.P.,《关于化学图生成中同构问题的解决:苯系烃的生成》,J.Chem。通知。计算。科学。,32, 167-173 (1992)
[6] Bangov,I.P.,从总公式生成计算机辅助结构。4.对抗图形同构疾病,Commun。马塞姆。化学。(匹配),27,3-30(1992)
[7] Bangov,I.P.,从总公式生成结构。7.图同构——顶点等价的结果,J.Chem。通知。计算。科学。,34, 318-324 (1994)
[8] 班戈夫,I.P。;我是Laude。;Cabrol Bass,D.,模糊处理中的组合问题\(^{13} C类\)计算机辅助结构解释过程中的核磁共振波谱信息:碳原子杂化和a-环境状态的估计,Anal。蜂鸣器。《学报》(1994年),(出版中)
[9] 班戈夫,I.P。;Simova,S。;Cabrol-Bass,D.公司。;Laude,I.,从总公式生成计算机辅助结构。6.通过使用2D NMR光谱信息减少结构冗余,J.Chem。通知。计算。科学。,34, 546-557 (1994)
[10] Barnard,J.M.,《亚结构搜索方法:新旧》,J.Chem。Inf.计算。科学。,33, 532-538 (1993)
[11] 布伦沃尔,J。;Cyvin,N。;Cyvin,S.J.,苯类化学异构体及其计数,顶部。货币。化学。,162, 181-221 (1992)
[12] 卡哈特,R.A。;史密斯·D·H。;格雷,N.A.B。;Nourse,J.G。;Djerassi,C.,GENOA:利用重叠和替代子结构进行结构解释的计算机程序,《组织化学杂志》。,46, 1708-1718 (1981)
[13] Caley,A.,论文集,剑桥,13,247-256(1897)
[14] 克里斯蒂,B.D。;Munk,M.E.,《通过还原生成结构:计算机辅助结构解析的新策略》,J.Chem。通知。计算。科学。,第28页,第87-93页(1988年)
[15] 康特拉斯,M.L。;瓦尔迪维亚,R。;Rozas,R.,《有机异构体的穷尽生成》。I.无环结构,J.Chem。Inf.计算。科学。,32, 223-230 (1992)
[16] 康特拉斯,M.L。;瓦尔迪维亚,R。;Rozas,R.,《有机异构体的穷尽生成》。2.循环结构:新的紧凑分子代码,J.Chem。通知。计算。科学。,32, 483-491 (1992)
[17] Demirev,P.A。;Dyulgerov,A。;Bangov,I.P.,CTI:一种新的低简并性电荷相关拓扑指数,J.Math。化学。,8, 367-382 (1991)
[18] Dias,J.R.,多环烃周期表。4.多环共轭烃异构体计数,J.Chem。通知。计算。科学。,24, 124-135 (1984)
[19] Faradjiev,I.A.,组合对象的构造性计算,(组合数学中的算法研究(1978),瑙卡:瑙卡-莫斯科),11,(俄语)·Zbl 0466.05005号
[20] Foulon,J.-L.,《关于使用图形等效类来解释大分子的结构》,J.Chem。通知。计算。科学。,32, 338-348 (1992)
[21] 关于结构/图形关系思想发展的更全面历史概述,请参见参考文献[44]和其中引用的文献。;关于结构/图形关系思想发展的更全面历史概述,请参见参考文献[44]和其中引用的文献。
[22] Funatsu,K。;Miyabayashi,北。;Sasaki,S.,《自动结构解析系统中结构生成的进一步发展》,化学杂志。通知。计算。科学。,28, 18-28 (1988)
[23] Gasteiger,J。;Marsili,M.,轨道电负性的迭代部分均衡——快速获取原子电荷,四面体,363219-3228(1980)
[24] 格兰德,R。;Kerber,A。;劳厄,R.,MOLGEN,in Computeralgebra-System fuer die Konstruktion molecularer Graphen,Commun。数学。化学。(匹配),27,87-131(1992)·Zbl 0770.92025号
[25] 古特曼,I。;波兰斯基,O.,《有机化学中的数学概念》(1986),施普林格出版社:柏林施普林格·Zbl 0657.92024号
[26] Hayami,K。;Funatsu,K。;Sasaki,S.,《有机化合物自动结构解析系统结构生成的改进》,CHEMICS,Bunseki Kagaku,42,369-374(1993),(日语)
[27] Harary,F。;Palmer,E.M.,《图解枚举》(1973年),学术出版社:纽约和伦敦学术出版社·Zbl 0266.05108号
[28] 亨德里克森,J.B。;Parks,C.A.,《碳骨架的生成和计数》,J.Chem。通知。计算。科学。,31, 101-107 (1991)
[29] Klin,M.H。;Zefirov,N.S.,《研究化合物高度简并重排反应图的群论方法》。二、。基本概念,Commun。数学。化学。(匹配),26171-190(1993)·Zbl 0825.92150号
[30] 工藤,Y。;Sasaki,S.,《与结构信息一致的独特结构的详尽列举原则》,J.Chem。通知。计算。科学。,16, 43-49 (1976)
[31] Kvasnicka,V。;Pospichal,J.,无环分子的构造枚举,Collect。捷克的。化学。社区。,14, 1777-1802 (1991)
[32] Kvasnicka,V。;Pospichal,J.,《具有指定价态序列的分子图构造计数的改进版本》,《化学》。智力。实验室系统,18,171-181(1993)
[33] Laidboeur,T。;我是Laude。;Cabrol-Bass,D.公司。;Bangov,I.P.,利用光谱数据中的模糊信息减少结构生成过程中的冗余,J.Chem。通知。计算。科学。,34, 171-178 (1994)
[34] Masinter,L.M。;新南威尔士州Sridharan。;莱德伯格,J。;Smith,D.H.,《人工智能在化学推理中的应用》。十二、。《环状和非环状异构体的穷尽生成》,美国化学杂志。Soc.,96,7702-7723(1974年)
[35] Nelson,D.B。;Munk,M.E。;Gash,K.B。;《计算机技术在结构解析中的应用》,《组织化学杂志》。,34, 3800-3805 (1969)
[36] Polya,G.、Kombinatorische Anzahlbestimmungen毛皮Gruppen。Graphen und chemische Verbindungen,数学学报。,68, 145-254 (1937)
[37] 波利亚,G。;Read,R.C.,《群、图和化合物的组合计数》(1987),Springer-Verlag:Springer-Verlag纽约
[38] 波斯皮查尔,J。;Kvasnicka,V.,图的构造枚举的另一种方法,Collect。捷克的。化学。社区。,58, 754-774 (1993)
[39] Randic,M.,代表分子拓扑的相同图的识别,J.Chem。物理。,60, 3920-3928 (1974)
[40] 拉辛格,M。;Balasubramanian,K。;Munk,M.E.,《计算机增强结构解释中的图形自同构感知算法》,J.Chem。通知。计算。科学。,33, 197-201 (1993)
[41] 里德,R.C。;Corneil,D.G.,《图形同构疾病》,《图形理论》,1339-363(1977)·Zbl 0381.05026号
[42] Sussenguth,E.H.,用于匹配化学结构的图形理论算法,J.Chem。文件。,5, 36-43 (1969)
[43] 北卡罗来纳州Trinajsic。;Nikolic,S。;Knop,J.V。;穆勒,W.R。;Szimanski,K.,《计算化学图论》(1991),埃利斯·霍伍德:埃利斯·霍伍德,纽约,伦敦·Zbl 0746.05064号
[44] Trinajsic,N.,《化学图论》(1992年),CRC出版社:CRC出版社Boca Raton,Ann Arbor,London,Tokyo
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