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张振宇；明彦西村；保罗·巴斯蒂德；季、香；Rebecca P.佩恩。；菲利普·古尔德；菲利普·莱米；马克·苏查德（Marc A.Suchard）。

利用系统发育多变量概率模型对混合型生物性状之间的相关性进行大规模推断。 （英语） Zbl 1475.62273号

Ann.应用。斯达。 15，编号1，230-251（2021）.
总结：推断生物特征在进化史上的协同变化仍然是一个重要但具有挑战性的问题。除了调整共享历史引起的虚假相关性外，该任务还需要足够的灵活性和计算效率，以便随着数据大小的增加，将多个连续和离散特征合并在一起。为了实现这一点，我们通过假设由分子序列通知的未知树顶端的二元结果维度的潜在参数来联合建模混合型性状。这就产生了一个系统发育的多元probit模型。由于样本量较大，该模型下的后验计算存在问题，因为它需要从高维截断正态分布中重复采样。当前的最佳实践采用了多次拒绝抽样，这种抽样速度慢，计算成本按样本大小二次缩放。我们开发了一种新的推理方法：（1）基于分段确定马尔可夫过程的弹性粒子采样器（BPS）同时对所有截断的法向维数进行采样，以及（2）新的动态规划，它将BPS的似然和梯度评估成本降低到样本大小的线性。在一个含有535个HIV病毒和24个特征的应用中，需要从12840维截断正常值中取样，我们的方法可以估计纵横相关性，并检测影响病原体致病能力的因素。这种推理框架也适用于比较生物学以外的更广泛的协方差结构。

引用于5文件

MSC公司：

第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
62H20个 关联度量（相关性、典型相关性等）

关键词：

贝叶斯系统发育学；弹性颗粒采样器；动态规划；HIV进化；probit模型

软件：

bfa公司；贝叶斯DA；斯坦；坚果
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Z.Zhang}等人，Ann.Appl。《法律总汇》第15卷第1期，第230-251页（2021年；兹bl 1475.62273）
全文： 内政部 arXiv公司

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