Marcy K.Uyenoyama。;直木竹林;熊谷诚司 结构化群体中的等位基因频谱：标记聚结物下的新等位基因概率。 （英语） Zbl 1516.92070号 西奥。大众。生物。 133, 130-140 (2020). 小结：我们讨论了人口结构对Ewens抽样公式关键特性的影响。我们使用我们先前引入的诱导方法来确定任意大小样本在突变和种群结构的无限倍模型下的精确等位基因频谱（AFS）概率。抽样分布的基础是新等位基因概率，即给定当前样本中的变异模式，下一个抽样基因属于as-yet-unobserved等位基因类别的概率。与泛基因组人群的情况不同，新等位基因的概率取决于当前样本的AFS。我们推导了一个递归，该递归直接提供了AFS之间的边际新等位基因概率，从而无需首先确定每个AFS的概率。我们的探索表明，对于包含较少等位基因的初始样本，以及对于下一个观察到的基因来自与大多数样本不同的demo的采样配置，边缘新等位基因概率往往更大。与De Iorio和Griffiths及其同事提出的有效重要性抽样建议的比较表明，他们对新等位基因概率的近似值通常与真实边际相一致，尽管在新等位基因概率高而迁移率低的情况下，它可能会高估边际值。 引用于1文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 关键词：Ewens抽样公式;等位基因频谱;人口结构;重要性抽样;聚结;无限等位突变 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.K.Uyenoyama}等人，Theor。大众。生物133，130--140（2020；Zbl 1516.92070） 全文： 内政部 内政部 参考文献： [1] 阿布拉莫维茨，M。；Stegun，I.A.，《数学函数手册》（1965），多佛出版公司：纽约多佛出版有限公司 [2] Bóna，M.，《穿行组合数学》（2011），世界科学出版公司：纽约世界科学出版有限公司·Zbl 1236.05001号 [3] De Iorio，M。；Griffiths，R.C.，合并历史的重要性抽样。一、 高级申请。概率。，36, 417-433 (2004) ·Zbl 1045.62111号 [4] De Iorio，M。；Griffiths，R.C.，合并历史的重要性抽样。二： 细分人口模型，高级应用。概率。，36, 434-454 (2004) ·Zbl 1124.62317号 [5] De Iorio，M。；R.C.格里菲斯。；Leblois，R。；Rousset，F.，通过细分群体模型中的顺序重要性抽样进行逐步突变可能性计算，Theor。大众。《生物学》，68，41-53（2005）·Zbl 1101.62105号 [6] Ewens，W.J.，选择性中性等位基因的抽样理论，Theor。大众。生物学，387-112（1972）·Zbl 0245.92009号 [7] Felsenstein，J。；Kuhner，M.K。；大和，J。；Beerli，P.，《凝聚体的可能性：从分子数据的群体样本推断参数的蒙特卡罗抽样方法》（Seillier-Moiseiwitsch，F.，《分子生物学和遗传学统计》（1999），数理统计研究所和美国数学学会：数理统计学会和美国数学协会（加利福尼亚州海伍德），163-185 [8] R.C.格里菲斯。；Lessard，S.，Ewens的抽样公式和相关公式：组合证明，可变人口规模的扩展和等位基因年龄的应用，Theor。大众。生物学，68，167-177（2005）·Zbl 1085.92027 [9] R.C.格里菲斯。；Tavaré，S.，《群体遗传学中的祖先推断》，《统计科学》。，9, 307-319 (1994) ·Zbl 0955.62644号 [10] R.C.格里菲斯。；Tavaré，S.，《模拟合并中的概率分布》，Theor。大众。《生物学》，46，131-159（1994）·Zbl 0807.92015年 [11] Hobolth，A。；Uyenoyama，M.K。；Wiuf，C.，《无限站点模型的重要性抽样》，Stat.Appl。一般分子生物学。，7，第32条pp.（2008）·Zbl 1276.62074号 [12] Hoppe，F.M.，《中性等位基因抽样理论和群体遗传学中的瓮模型》，J.Math。《生物学》，25，123-159（1987）·Zbl 0636.92007号 [13] Hudson，R.R.，《基因谱系和结合过程》，（Futuyma，D.；Antonovics，J.，《牛津进化生物学调查》，第7卷（1990），牛津大学出版社：牛津大学出版社，纽约），1-44 [14] Karlin，S。；McGregor，J.，W.Ewens，Theor论文补遗。大众。生物学，3113-116（1972）·Zbl 0245.92010 [15] 金曼，J.F.C.，《融合的起源：1974-1982》，《遗传学》，1561461-1463（2000） [16] 南卡罗来纳州莱曼。；陈，Y。；Stajich，J.E。；M.A.F.努尔。；Uyenoyama，M.K.，汇总统计的可能性：最近物种之间的差异，遗传学，1711419-1436（2005） [17] Puka，L.，Kendall’s Tau，（Lovric，M.，《国际统计科学百科全书》（2011），Springer:Springer Berlin），https://link.springer.com/referencework/10.1007 ·Zbl 1241.62001号 [18] 赎回，公元前。；熊井，S。；塔塔伦科夫，A。；Wang，L。；Sakai，A.K。；韦勒，S.G。；Culley，T.M。；Avise，J.C。；Uyenoyama，M.K.，推断自交率和地方特异性突变的贝叶斯方法，遗传学，2011171-1188（2015） [19] Slatkin，M.，《作为基因流指标的罕见等位基因》，《进化》，81，53-65（1985） [20] 斯蒂芬斯，M。；Donnelly，P.，《分子群体遗传学推断》，J.R.Stat.Soc.B，62，605-635（2000）·Zbl 0962.62107号 [21] Tavaré，S.，人口遗传学中的祖先推断·Zbl 1062.92046号 [22] Uyenoyama，M.K。；Takebayashi，N。；Kumagai，S.，结构化人群中等位基因频谱概率的归纳测定，Theor。大众。生物学，129148-159（2019）·Zbl 1423.92208号 [23] 维夫，C。；Donnelly，P.，条件系谱和中性突变体的年龄，Theor。大众。生物学，56，183-201（1999）·Zbl 0982.92027号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。