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力函数公式对基于中心模型的数值模拟的影响。 (英语) Zbl 1466.92039号

摘要:基于中心或细胞中心的模型是多细胞系统计算研究的框架,在癌症建模和计算发育生物学中广泛使用。这些模型的核心是用于更新细胞位置的数值方法和编码细胞成对机械相互作用的力函数。对于后者,有多种选择可能会影响捕获的生物行为以及模拟的鲁棒性和效率。例如,基于中心的模型的可用开源软件实现依赖于不同的力函数来实现其默认行为,建模者不容易知道这些力函数是否可以互换。我们的研究解决了这个问题,有助于从数值角度理解三种常用力函数的潜力和局限性。我们的经验表明,选择力参数,使细胞分裂后两个细胞的弛豫时间在不同力函数之间保持一致,可以使细胞强烈增殖后机械松弛的二维单层的布居半径很好地一致。此外,我们报告说,数值稳定性不足以阻止细胞分裂后的非物理细胞轨迹,因此,太大的时间步长可能导致种群水平上的几何差异。

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92立方 病理学、病理生理学
92立方厘米 发育生物学,模式形成
92立方37 细胞生物学
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