卢卡·卡德利；玛尔塔·奎亚特科夫斯卡；马克斯·惠特比 异步逻辑电路的化学反应网络设计。 （英语） 兹比尔1451.68109 Rondelez，Yannick（编辑）等人，DNA计算和分子编程。第22届国际会议，DNA 22，德国慕尼黑，2016年9月4日至8日。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。9818, 67-81 (2016). 摘要：化学反应网络（CRN）是一种描述化学动力学动力学行为的通用语言，能够模拟各种数字和模拟过程。虽然已经提出了同步时序逻辑电路的CRN设计，并证明了它们在DNA中的实现，但由于它们依赖于时钟，这些器件的物理实现是困难的。另一方面，异步时序逻辑不需要时钟，而是依赖握手协议来确保计算不同阶段的时序。本文基于具有均匀反应速率的双分子反应基序，为构建异步逻辑、算法和控制流元件提供了新颖的CRN设计。我们使用微软的GEC工具对设计进行建模和验证。有关整个系列，请参见[Zbl 1343.68015号]. 引用于4文件 MSC公司： 2007年第68季度 受生物启发的计算模型（DNA计算、膜计算等） 94C11号机组 交换理论，布尔代数在电路和网络中的应用 软件：可视化DSD；棱镜 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{L.Cardelli}等人，Lect。注释计算。科学。9818，67-81（2016；Zbl 1451.68109） 全文： 内政部 链接 参考文献： [1] Angluin，D.，Aspnes，J.，Eisenstat，D.：快速稳健近似多数的简单人口协议。分布计算。21(2), 87–102 (2008) ·Zbl 1267.68055号 ·doi:10.1007/s00446-008-0059-z [2] Bortolussi，L.、Cardelli，L.，Kwiatkowska，M.、Laurenti，L.：使用线性噪声近似近似化学反应网络的概率可达性。摘自：《第13届系统定量评估国际会议论文集》（QEST 2016）。LNCS公司。斯普林格（2016）（即将出版）·Zbl 1381.92110号 ·doi:10.1007/978-3-319-43425-45 [3] Cardelli，L.：双域DNA链置换。开发计算。型号26、47–61（2010） [4] Cardelli，L.：结构与功能耦合的反应网络的形态。BMC系统。生物学8（1），84（2014）·doi:10.1186/1752-0509-8-84 [5] Cardelli，L.，Csikász-Nagy，A.：细胞周期开关计算近似多数。科学。代表2、1–37（2012年）·doi:10.1038/srep00656 [6] Cardelli，L.，Kwiatkowska，M.，Laurenti，L.：使用线性噪声近似对化学反应网络进行随机分析。收录人：Roux，O.，Bourdon，J.（编辑）CMSB 2015。LNCS，第9308卷，第64-76页。施普林格，海德堡（2015）·Zbl 06489093号 ·doi:10.1007/978-3-319-23401-47 [7] Chen，H.-L.，Doty，D.，Soloveichik，D.：用化学反应网络进行确定性函数计算。自然计算。13(4), 517–534 (2013) ·Zbl 1353.68081号 ·doi:10.1007/s11047-013-9393-6 [8] Chen，H.-L.，Doty，D.，Soloveichik，D.：连续化学反应网络中的速率无关计算。摘自：《第五届理论计算机科学创新会议论文集》，第313–326页。ACM（2014）·兹比尔1364.68194 ·doi:10.1145/2554797.2554827 [9] Chen，Y.-J.，Dalchau，N.，Srinivas，N.、Phillips，A.、Cardelli，L.、Soloveichik，D.、Seelig，G.：由DNA制成的可编程化学控制器。自然纳米技术。8（10），755–762（2013）·doi:10.1038/nnano.2013.189 [10] Cook，M.，Soloveichik，D.，Winfree，E.，Bruck，J.：化学反应网络的可编程性。在：Condon，A.，Harel，D.，Kok，J.N.，Salomaa，A.，Winfree，E.（编辑）算法生物过程，第543–584页。斯普林格，海德堡（2009）·doi:10.1007/978-3-540-88869-7_27 [11] Dannenberg，F.、Kwiatkowska，M.、Thachuk，C.、Turberfield，A.J.：Dna walker电路：计算潜力、设计和验证。自然计算。14(2), 195–211 (2015) ·Zbl 1409.68099号 ·doi:10.1007/s11047-014-9426-9 [12] de Silva，A.P.，McClenaghan，N.D.：分子尺度逻辑门。化学-《欧洲药典》10（3），574–586（2004）·doi:10.1002/chem.200305054 [13] Gillespie，D.T.：耦合化学反应的精确随机模拟。《物理学杂志》。化学。81(25), 2340–2361 (1977) ·doi:10.1021/j100540a008 [14] Hjelmfelt，A.、Weinberger，E.D.、Ross，J.：有限状态机的化学实现。程序。美国国家科学院。科学。89(1), 383–387 (1992) ·doi:10.1073/pnas.89.1.383 [15] Kwiatkowska，M.，Norman，G.，Parker，D.：PRISM 4.0：概率实时系统的验证。收录：Gopalakrishnan，G.，Qadeer，S.（编辑）CAV 2011。LNCS，第6806卷，第585-591页。斯普林格，海德堡（2011）·Zbl 05940745号 ·doi:10.1007/978-3642-22110-147 [16] Lakin，M.R.、Youssef，S.、Polo，F.、Emmott，S.和Phillips，A.：可视化DSD：dna链置换系统的设计和分析工具。生物信息学27（22），3211–3213（2011）·doi:10.1093/bioinformatics/btr543 [17] Magnasco，M.O.：化学动力学具有普遍性。物理学。修订稿。78, 1190–1193 (1997) ·doi:10.1103/PhysRevLett.78.1190 [18] Manohar，R.，Martin，A.J.：准延迟不敏感电路是图灵完备的。技术报告，DTIC文件（1995） [19] Napp，N.E.，Adams，R.P.：利用化学反应网络进行信息传递推断。摘自：《神经信息处理系统进展》，第2247–2255页（2013年） [20] Nguyen，N.-P.，Myers，C.，Kuwahara，H.，Winstead，C.，Keener，J.：稳健遗传Muller C元素的设计和分析。J.理论。生物学264（2），174-187（2010）·doi:10.1016/j.jtbi.2009.10.026 [21] Nguyen，N.-P.D.，Kuwahara，H.，Myers，C.J.，Keener，J.P.：遗传Muller C元素的设计。在：第13届IEEE异步电路与系统国际研讨会，ASYNC 2007，第95–104页。IEEE（2007）·doi:10.1109/ASYNC.2007.27 [22] Phillips，A.，Cardelli，L.：可组合DNA电路的编程语言。J.R.Soc.接口6（增刊4），S419–S436（2009）·doi:10.1098/rsif.2009.0072.focus [23] Senum，P.，Riedel，M.：化学计算的速率无关结构。普洛斯一号6（6），e21414（2011）·doi:10.1371/journal.pone.0021414 [24] Shin，S.W.：编译和验证基于DNA的化学反应网络实现。加州理工学院博士论文（2011年） [25] Soloveichik，D.，Cook，M.，Winfree，E.，Bruck，J.：有限随机化学反应网络的计算。自然计算。7(4), 615–633 (2008) ·Zbl 1187.68220号 ·doi:10.1007/s11047-008-9067-y [26] Soloveichik，D.，Seelig，G.，Winfree，E.：DNA是化学动力学的通用底物。程序。美国国家科学院。科学。107(12), 5393–5398 (2010) ·doi:10.1073/pnas.0909380107 [27] Spars，J.，Furber，S.：《异步电路设计原理》。斯普林格，纽约（2002） [28] Van Kampen，N.G.：《物理和化学中的随机过程》，第1卷。Elsevier，阿姆斯特丹（1992）·Zbl 0511.60038号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。