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粗颗粒分子动力学:具有非高斯力分布的随机模型。 (英语) Zbl 1434.82064号

摘要:将原子和分子信息纳入细胞行为模型具有挑战性,因为在原子和细胞水平上发生的过程之间存在着巨大的时空分离。多尺度或多分辨率方法通过在细胞的不同部分使用分子动力学(MD)和粗粒度模型来解决这一困难。它们的适用性取决于粗粒度模型的准确性和特性,粗粒度模型近似于详细的MD描述。提出了一类随机粗粒度(SCG)模型,它被写成非线性随机微分方程的相对低维系统。非线性SCG模型包含了在MD模拟中观察到的非高斯力分布,并且不能用线性模型来描述。结果表明,通过详细的MD模拟,非线性的选择不会使SCG描述的参数化复杂化。SCG模型的解是根据伽马函数求得的。

MSC公司:

82立方31 随机方法(福克-普朗克、朗之万等)应用于含时统计力学问题
92C40型 生物化学、分子生物学
60 H10型 随机常微分方程(随机分析方面)
65立方厘米35 随机粒子方法
60G15年 高斯过程
60J65型 布朗运动
82立方米7 统计力学中的计算分子动力学

软件:

斯莫尔丁
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参考文献:

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