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具有准双联合确定性和随机子网的混合生物模型的加速模拟。 (英语) Zbl 1428.92038号

Cinquemani,Eugenio(编辑)等人,《混合系统生物学》。2016年10月20日至21日在法国格勒诺布尔举行的2016年HSB第五届国际研讨会。诉讼程序。查姆:施普林格。莱克特。注释计算。科学。9957, 20-38 (2016).
摘要:计算生物模型是必不可少的工具生物信息学假设检验。但随着生物系统的日益复杂,传统的模拟器在解决新出现的计算挑战方面变得效率低下。将确定性和随机性相结合的混合仿真是应对此类挑战的一个很有前景的方向。然而,现有的混合仿真算法对于实现真实和复杂的生物系统是不切实际的。这种限制的一个原因是,混合仿真的性能不仅取决于随机事件的数量,还取决于确定性求解器的类型和效率。本文提出了一种通过减少确定性求解器的频繁重新初始化来提高混合仿真器性能的新方法。该方法适用于包含大量随机事件和更多连续变量的模型,这些连续变量在确定性和随机状态之间的联系有限。我们在一些案例研究中测试了这些改进,结果表明,对于某些示例,修正后的算法比精确方法快十倍。
关于整个系列,请参见[Zbl 1425.92005年].

MSC公司:

92立方厘米 系统生物学、网络
92C45型 生化问题中的动力学(药代动力学、酶动力学等)
92B25型 生物节律和同步
92-08 生物问题的计算方法
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全文: 内政部 链接