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达尼亚·塔希尔；Sylvain Glémin；马丁·拉斯库克斯；英格马尔·卡吉

在随机物种树上模拟与分子进化耦合的依赖于路径的多样化过程。 （英语） Zbl 1406.92438号

J.西奥。生物。 461, 189-203 (2019).
摘要：了解影响物种出生和生存以及分子进化速度的二元性状的进化仍然是一项挑战。在这项工作中，我们提出了一个二元特征的概率建模框架，即随机物种树，其中物种的数量及其特征由一个不对称的、两类的、连续时间的马尔可夫分支过程表示。该模型包括许多不同的参数，描述了所谓“简化”树上的特征和分子进化，该树仅由观察时的现存物种组成。我们通过考虑二元性状对非同义替换与同义替换的归一化比率（dN/dS）的影响来扩展我们的模型。我们还开发了一些机制，使我们能够了解与观察到的性状相关的系统发育树上的替代率。通过异交和自交植物物种的系统发育图说明了从模型中获得的特性，这使我们不仅可以研究分枝树比率，还可以研究分子比率和选择强度。

引用于2文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
60J85型 分支过程的应用

关键词：

分支过程；不可逆跃迁；二元性状；系统发育树；突变率

软件：

对；PAML公司；猿；杂色树
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Tahir}等人，J.Theor。生物学461，189--203（2019；Zbl 1406.92438）
全文： DOI程序 哈尔

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