丹·古斯菲尔德；萨蒂什语Eddhu；查尔斯·兰利 虫瘿在系统发育网络中的精细结构。 （英语） Zbl 1402.92313号 INFORMS J.计算。 16，第4期，459-469（2004）. 摘要：系统发育网络是系统发育树的泛化，允许不类似于树的属性。随着基因组数据的增长，其中许多数据并不适合理想的树模型，因此更需要了解系统发育网络的算法和组合。L·王,K·张和L.张[“具有重组的完美系统发育网络”，《计算生物学杂志》第8期，第1期，69-78页（2001；doi:10.1089/106652701300099119)]研究了由全零祖先序列导出的一组n个二元序列构建系统发育网络的问题，其中序列中的每个位点在网络中最多可以从零突变为一个，并且序列之间允许重组。他们表明，在这种网络中最小化重组数量的问题是NP-hard，但引入了该问题的一个特例，即确定序列是否可以在重组周期为节点不相交的系统发育网络上导出。Wang、Zhang和Zhang[loc.cit.]为此类解决方案提供了充分但不是必要的测试。我们[“利用约束重组高效重建（SNP）系统发育网络”，载于：IEEE计算机学会生物信息学会议论文集，CSB'03。加利福尼亚州洛斯·阿拉米托斯：IEEE计算机协会。363 (2003); “利用受限和结构化重组优化、高效地重建未知根系统发育网络”，J.Bioninform。计算。生物学2，第1期，173-213（2004；doi:10.1142/S0219720004000521)]给出了多项式时间算法，这是一个必要的和充分的测试。在本文中，我们更详细地研究了系统发育网络中节点不相交循环的精细组合结构，目的是为了深入了解系统发育网络，并加快前面算法的部分速度。我们明确地刻画了突变可以安排在不相交循环上的所有方式，并证明了一组突变位于不相交循环的一个强有力的必要条件。这里的主要贡献是展示了系统发育网络中的结构是如何反映在一个高效计算图（称为冲突图）的结构中的。这种方法的成功表明，通过探索冲突图的结构特性，可以获得对系统发育网络结构的更多见解。 引用于29文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 05C90年 图论的应用 92立方厘米 系统生物学、网络 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词：分子进化；祖先重组图；系统发育网络；复合；SNP公司；双凸图 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{D.Gusfield}等人，《信息与计算》。16，第4号，459--469（2004；Zbl 1402.92313） 全文： 内政部 链接