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使用Chou的伪氨基酸组成概念和支持向量机预测GABA({mathrm A})受体蛋白。 (英语) Zbl 1397.92215号

摘要:氨基酸γ-氨基丁酸受体(GABA)属于配体门控离子通道(LGIC)超家族。GABA受体在中枢神经系统中具有高度多样性。这些通道在调节行为方面起着关键作用。因此,从氨基酸序列预测GABA受体将有助于这些受体的研究。我们开发了一种方法,利用从Chou的伪氨基酸组成概念和支持向量机中获得的特征来预测这些蛋白质,该支持向量机是一种强大的机器学习方法。预测效率通过五倍交叉验证进行评估。该方法的总准确度和马太相关系数(MCC)分别为94.12%和0.88。此外,为了评估每个特征的效果和威力,实现了最小冗余和最大相关(mRMR)特征选择方法。本研究中一个有趣的发现是,所有六个特征(疏水性、亲水性、侧链质量、pK1、pK2和pI)都存在,或通过mRMR特征选择方法获得的五个高级特征(pK2和p1、疏水性和质量、pK1、亲水和质量)中的特征组合。结果表明,pk2和pI具有生物学上合理的等级属性;疏水性、亲水性和质量;质量和pk1;基于我们的结果,使用Chou的伪氨基酸组成概念和支持向量机是预测GABA({mathrm A}Rs)的有效方法。

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
92D20型 蛋白质序列,DNA序列
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统
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全文: 内政部

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