米尔科·贾科布；猜猜，柯林·C。；阿什图什·古普塔；托马斯·亨辛格（Thomas A.Henzinger）。；提亚哥，派克斯昂；塔贾纳·彼得罗夫 检查基因调控网络进化的模型。 （英语） Zbl 1380.68273号 学报信息。 54，第8期，765-787（2017）. 摘要：基因调控网络（GRN）的行为通常使用基于模拟的统计测试类方法进行分析。在本文中，我们证明了我们可以用一种形式化的类似验证的方法来取代这种方法，从而提供更高的保证和可伸缩性。我们将重点放在Wagner的加权变权GRN模型上，该模型用于进化生物学。在该模型中，权重参数表示可能因基因突变而改变的基因相互作用强度。对于感兴趣的属性，我们综合了参数空间上的约束，这些约束表示满足该属性的GRN集。我们的实验表明，与经典模拟方法相比，我们的参数合成程序更有效地计算GRN的突变鲁棒性，这是进化生物学中一个重要的有趣问题。我们在线性时序逻辑中指定该属性。我们使用符号有界模型检查和SMT求解来计算满足该属性的GRN的空间，这相当于合成了权重上的一组线性约束。 引用于2文件 MSC公司： 60年第68季度 规范和验证（程序逻辑、模型检查等） 第92页第42页 系统生物学、网络 92D10型 遗传学和表观遗传学 92D15型 与进化有关的问题 软件：z3（零3） PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Giacobbe}等人，《学报》第54期，第8期，第765--787页（2017年；Zbl 1380.68273） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] Azevedo，R.B.R.，Lohaus，R.，Srinivasan，S.，Dang，K.K.，Burch，C.L.：有性生殖选择人工基因网络中的稳健性和负上位性。《自然》440（7080）、87-90（2006）·doi:10.1038/nature04488 [2] Baier，C.，Katoen，J.-P.：模型检验原理。麻省理工学院出版社，剑桥，马萨诸塞州，伦敦（2008）·Zbl 1179.68076号 [3] Barrett，C.，Deters，M.，de Moura，L.，Oliveras，A.，Stump，A.：6年SMT-COMP。J.汽车。原因。50(3), 243-277 (2013) ·doi:10.1007/s10817-012-9246-5 [4] Barrett，C.W.，Sebastiani，R.，Seshia，S.A.，Tinelli，C.：可满足性模理论。把手b。满意。185, 825-885 (2009) [5] Barvinok，A.，Pommersheim，J.E.：多面体晶格点的算法理论。新观点。代数组合38，91-147（1999）·兹比尔0940.05004 [6] Batt，G.，Yordanov，B.，Weiss，R.，Belta，C.：合成基因网络的稳健性分析和调整。生物信息学23（18），2415-2422（2007）·doi:10.1093/bioinformatics/btm362 [7] Biere，A.，Cimatti，A.，Clarke，E.M.，Strichman，O.，Zhu，Y.：有界模型检查。高级计算。58, 117-148 (2003) ·doi:10.1016/S0065-2458（03）58003-2 [8] Cardelli，L.：结构与功能耦合的反应网络的形态。BMC系统。生物8（1），84（2014）·doi:10.1186/1752-0509-8-84 [9] Cardelli，L.，Csikász-Nagy，A.：细胞周期开关计算近似多数。科学。报告2，1-9（2012）·doi:10.1038/srep00656 [10] Chaki，S.、Gurfinkel，A.、Strichman，O.：线性算术的决策图。收录于：《计算机辅助设计中的形式方法》，2009年。FMCAD 2009，第53-60页。IEEE（2009） [11] Ciliberti，S.，Martin，O.C.，Wagner，A.：在具有不同拓扑结构的复杂调控基因网络中，稳健性可以逐渐进化。PLoS计算机。生物学3（2），164-173（2007）·doi:10.1371/journal.pcbi.0030015 [12] Danos，V.，Laneve，C.：正式分子生物学。西奥。计算。科学。325(1), 69-110 (2004) ·Zbl 1071.68041号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.065 [13] de Moura，L.M.，Björner，N.：Z3：高效SMT求解器。In:TACAS（2008）·Zbl 1071.68041号 [14] Elowitz，M.B.，Leibler，S.：转录调节器的合成振荡网络。《自然》403（6767），335-338（2000）·doi:10.1038/35002125 [15] Fisher，J.，Henzinger，T.A.：可执行细胞生物学。自然生物技术。25(11), 1239-1249 (2007) ·doi:10.1038/nbt1356 [16] Gardner，T.S.，Cantor，C.R.，Collins，J.J.：在大肠杆菌中构建基因切换开关。《自然》403（6767），339-342（2000）·doi:10.1038/35002131 [17] Giacobbe，M。；Guet，CC；古普塔，A。；TA Henzinger；Paixao，T。；彼得罗夫，T。；Baier，C.（编辑）；Tinelli，C.（编辑），模型检查基因调控网络，469-483（2015），柏林，海德堡·Zbl 1420.92041号 [18] 哈夫纳，M。；彼得罗夫，T。；卢，J。；Koeppl，H。；Koeppl，H.（编辑）；Setti，G.（编辑）；Bernardo，M.（编辑）；Densmore，D.（编辑），《稳健生物分子电路的理性设计：从规范到参数》，253-279（2011），纽约·doi:10.1007/978-1-4419-6766-412 [19] Jha，SK；EM克拉克；CJ兰米德；Legay，A。；Platzer，A。；Zuliani，P。；Degano，P.（编辑）；Gorrieri，R.（编辑），《模型检验生物系统的贝叶斯方法》，218-234（2009），柏林，海德堡·doi:10.1007/978-3-642-03845-7_15 [20] Kwiatkowska，M.，Norman，G.，Parker，D.：在系统生物学中使用概率模型检查。ACM SIGMETRICS执行评估。修订版35（4），14-21（2008）·doi:10.1145/1364644.1364651 [21] 拉希里，斯洛伐克；Nieuwenhuis，R。；奥利维拉斯，A。；Ball，T.（编辑）；Jones，RB（编辑），快速谓词抽象的SMT技术，424-437（2006），柏林，海德堡·doi:10.1007/11817963_39 [22] Rizk，A.，Batt，G.，Fages，F.，Soliman，S.：用于合成基因网络应用的稳健性分析的通用计算方法。生物信息学25（12），i169-i178（2009）·doi:10.1093/bioinformatics/btp200 [23] Schlitt，T.，Brazma，A.：基因调控网络建模的当前方法。BMC生物信息。8（补充6），S9（2007）·doi:10.1186/1471-2105-8-S6-S9 [24] 瓦格纳：进化可塑性会进化吗？进化50（3），1008-1023（1996）·doi:10.1111/j.1558-5646.1996.tb02342.x [25] 尤丹诺夫，B。；Wintersteiger，CM；Y.哈马迪。；库格勒，H。；Brat，G.（编辑）；Rungta，N.（编辑）；Venet，A.（编辑），基于SMT的生物计算分析，78-92（2013），柏林，海德堡·doi:10.1007/978-3-642-38088-46 [26] Zhang，L.，Madigan，C.F.，Moskewicz，M.H.，Malik，S.：布尔可满足性求解器中的高效冲突驱动学习。收录于：2001年IEEE/ACM计算机辅助设计国际会议记录，第279-285页。IEEE出版社（2001） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。