马克·杜兰德;艾蒂安·盖斯奈特 一种有效的细胞Potts模型算法,禁止细胞分裂。 (英语) Zbl 1378.65029号 计算。物理学。公社。 208, 54-63 (2016). 摘要:Cellular Potts模型(CPM)是一种基于晶格的建模技术,广泛用于模拟泡沫或生物组织等细胞模式。尽管它具有现实性和通用性,但科学文献中用于进化此模型的标准蒙特卡罗算法仅在有限的模拟温度范围内保持细胞的连接性。我们提出了一种新的算法,在该算法中,所有模拟温度都禁止细胞分裂。这样可以显著增强模拟图案的真实感。与标准CPM算法相比,即使在相同的模拟温度下,它也可以提高计算效率,这要归功于节省了不进行不切实际的移动的时间。此外,我们的算法恢复了详细的平衡方程,确保长期阶段与温度空间中选择的接受率和路径无关。 MSC公司: 65C20个 概率模型,概率统计中的通用数值方法 82C20个 含时统计力学中的动态晶格系统(动力学伊辛等)和图上系统 92立方37 细胞生物学 65Z05个 科学应用 关键词:蜂窝Potts模型;蒙特卡洛;晶格;蜂窝系统 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Durand}和\textit{E.Guesnet},计算。物理学。Commun公司。208、54-63(2016年;Zbl 1378.65029) 全文: 内政部 arXiv公司 哈尔 参考文献: [1] Graner,F。;Glazier,J.A.,《物理学》。修订稿。,69, 13, 2013-2016 (1992) [2] Glazier,J。;Graner,F.,《物理学》。E版,47、3、2128-2154(1993) [3] 格拉泽,J.A。;Balter,A。;新泽西州波帕夫斯基。;安德森,D.A.R.A。;牧师P.M.A.J。;Rejniak(编辑),D.K.A.,(生物与医学、数学与生物科学互动中的单细胞模型(2007),Birkhäuser Basel),79-106·2018年9月22日 [4] 斯坦伯格,理学硕士,141,3579,401-408(1963) [5] Mombach,J.C。;格拉泽,J.A。;拉斐尔,R.C。;Zajac,M.,物理学。修订稿。,75, 11, 2244 (1995) [6] Ouchi,N.B。;格拉泽,J.A。;Rieu,J.-P。;Upadhyaya,A。;Sawada,Y.,Physica A,329,3-4,451-458(2003)·Zbl 1030.92010年 [7] 马格诺,R。;Grieneisen,V.A。;Marée,A.F.,BMC生物物理。,8, 1 (2015) [8] Mombach,J.C.M.(莫姆巴赫,J.C.M.)。;罗伯特·D。;Graner,F。;吉列·G。;托马斯·G·L。;Idiart,M。;Rieu,J.-P.,《物理学A》,352,2-4,525-534(2005) [9] Käfer,J。;Hayashi,T。;马雷,A.F.M。;Carthew,R.W。;Graner,F.,程序。国家。阿卡德。科学。,104, 47, 18549-18554 (2007) [10] 奥茨,A.C。;北卡罗来纳州戈芬基尔。;González-Gaitán,M。;海森堡,C.-P.,《遗传学自然评论》。,10, 8, 517-530 (2009) [11] Ariotti,S。;Beltman,J.B。;乔达切克,G。;霍克斯特拉,M.E。;Beek,A.E.v。;Gomez-Eerland,R。;Ritsma,L。;雷恩,J.v。;马雷,A.F.M。;Zal,T。;Boer,R.J.d。;Haanen,J.B.A.G。;舒马赫,T.N.,Proc。国家。阿卡德。科学。,109, 48, 19739-19744 (2012) [12] 福图纳,I。;托马斯·G·L。;阿尔梅达,R.M.C。;Graner,F.,物理。修订稿。,第108、24条,第248301页(2012年) [13] 艾伯特·P·J。;美国施瓦兹,《生物物理学》。J.,106,11,2340-2352(2014) [14] Kabla,A.J.,J.R.Soc.Interface,9,77,3268-3278(2012) [16] 古萨托,E。;Mombach,J.C.M。;Cercato,F.P。;Cavalhero,G.H.,《并行过程》。莱特。,199-208年2月1日15日(2005年) [17] 陈,N。;格拉泽,J.A。;伊扎吉雷,J.A。;Alber,M.S.,计算机。物理学。Comm.,176,11-12,670-681(2007) [18] Tapia,J.J。;D'Souza,R.M.,计算。物理学。Comm.,182,4,857-865(2011)·Zbl 1218.92032号 [19] Zajac,M.,《通过各向异性微分粘附模拟收敛扩展》(2002年),圣母大学(博士论文) [20] Voss-Böhme,A.,《公共科学图书馆·综合》,7,9,e42852(2012) [21] 纽曼,M。;Barkema,G.,《统计物理学中的蒙特卡罗方法》(1999),克拉伦登出版社;牛津大学出版社:克拉伦登出版社;牛津大学出版社牛津:纽约·Zbl 1012.82019年 [22] 杜兰德,M。;斯通·H·A·物理。修订稿。,97,第226101条pp.(2006) [23] Durand,M.,《欧洲物理学》。J.E,38,12,137(2015) [24] 中岛,A。;石原慎太郎,S.,New J.Phys。,第13、3条,第033035页(2011年) [25] Beysens博士。;福加克斯,G。;Glazier,J.A.,程序。国家。阿卡德。科学。,97、17、9467-9471(2000年) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。