伯纳黛特·阿尔茨;瓜博尔·塞德克内伊;兹索尔特图扎;佐尔坦·A·图扎。 计算描述动力学系统的线性共轭实现的所有可能的图结构。 (英语) Zbl 1375.92081号 计算。物理学。Commun公司。 204, 11-20 (2016). 小结:本文给出了一个算法来确定给定动力学多项式系统的所有可能的结构不同的线性共轭实现。该解决方案基于使用线性规划的约束密集实现的迭代搜索。由于可能存在指数级的许多不同的反应图结构,我们不能期望有多项式时间算法,但我们可以以这样的方式组织计算,即在显示任何两个连续实现之间经过多项式时间。证明了算法的正确性,并讨论了并行实现的可能性。两个示例显示了该方法的操作。 引用于5文件 MSC公司: 92E20型 化学中的经典流动、反应等 05C90年 图论的应用 关键词:反应网络;反应图;线性共轭;线性规划 软件:YALMIP公司;Matlab公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.ács}等人,《计算》。物理学。Commun公司。204,11-20(2016;Zbl 1375.92081) 全文: 内政部 arXiv公司 链接 参考文献: [1] 埃迪·P。;Tóth,J.,化学反应的数学模型。《确定性和随机模型的理论与应用》(1989),曼彻斯特大学出版社,普林斯顿大学出版社·Zbl 0696.92027号 [2] 北撒马尔季亚。;格雷勒,L.D。;Wassermann,E.,从机械和电气动力系统导出的非线性化学动力学方案,J.Chem。物理。,90, 4, 2296-2304 (1989) [3] Angeli,D.,《化学网络动力学教程》,《欧洲控制杂志》,第15期,第398-406页(2009年)·Zbl 1298.92126号 [4] 切拉博伊纳,V。;巴特,S.P。;Haddad,W.M。;Bernstein,D.S.,质量作用动力学的建模和分析——非负性、可实现性、可还原性和半稳定性,IEEE控制系统。Mag.,29,60-78(2009)·Zbl 1395.93098号 [5] Haddad,W.M。;Chellaboina,V.S。;许强,《非负动力系统与隔室动力系统》(2010),普林斯顿大学出版社·Zbl 1184.93001号 [6] 喇叭,F。;Jackson,R.,《一般质量作用动力学》,Arch。定额。机械。分析。,47, 81-116 (1972) [7] Horn,F.,《化学动力学中复杂平衡的必要和充分条件》,Arch。定额。机械。分析。,49, 172-186 (1972) [8] Feinberg,M.,《一般动力学系统中的复杂平衡》,Arch。定额。机械。分析。,49, 187-194 (1972) [9] Anderson,D.F.,单键类情况下全局吸引子猜想的证明,SIAM J.Appl。数学。,71, 1487-1508 (2011) ·Zbl 1227.92013年9月 [10] 克拉丘,G。;狄更斯坦,A。;Shiu,A。;Sturmfels,B.,Toric动力学系统,J.符号计算。,44, 1551-1565 (2009) ·Zbl 1188.37082号 [11] Feinberg,M.,《化学反应网络结构和复杂等温反应器的稳定性-I》。亏零和亏一定理,化学。工程科学。,42, 10, 2229-2268 (1987) [13] 希纳,G。;Feinberg,M.,《生化反应网络稳健性的结构来源》,《科学》,3271389-1391(2010) [14] Espenson,J.H.,《化学动力学和反应机制》(1995年),McGraw-Hill:McGraw-Hill新加坡 [15] 爱泼斯坦,I.R。;Pojman,J.A.,《非线性化学动力学导论:振荡、波、模式和混沌》(1998),牛津大学出版社:牛津大学出版社 [16] Hárs,V。;Tóth,J.,《关于反应动力学的逆问题》,(Farkas,M.;Hatvani,L.,微分方程定性理论,Coll.Math.Soc.J.Bolyai,第30卷(1981年),《北荷兰:北荷兰阿姆斯特丹》),363-379·Zbl 0504.92029号 [17] Schnell,S。;查佩尔,M.J。;N.D.埃文斯。;Roussel,M.R.,《生化动力学中的机制可区分性问题:单酶、单底物反应案例研究》,C.R.Biol。,329, 51-61 (2006) [18] 粘结剂,S.C。;Hernandez-Vargas,E.A。;Meyer-Hermann,M.,《降低复杂性:生物网络参数确定的迭代策略》,计算。物理学。Comm.,190,15-22(2015) [19] Villaverde,A.F。;Banga,J.R.,《系统生物学中的逆向工程和识别:策略、观点和挑战》,J.R Soc.Interface,11(2014),20130505_1-16 [20] Jaynes,E.T.,逆问题中的先验信息和模糊性,SIAM-AMS Proc。,14, 151-166 (1984) ·Zbl 0544.60050号 [21] Szederkényi,G。;班加,J.R。;Alonso,A.A.,《复杂生物网络的推断:可区分性问题和基于优化的解决方案》,BMC系统。生物学,5177(2011) [22] Siegenthaler,C。;Gunawan,R.,《网络推理方法评估:如何应对未确定问题》,《公共科学图书馆·综合》,9,e90481(2014) [23] 克拉丘,G。;Pantea,C.,《化学反应网络的可识别性》,J.Math。化学。,44, 244-259 (2008) ·Zbl 1145.92040号 [24] Szederkényi,G.,《计算反应动力学系统的稀疏和稠密实现》,J.Math。化学。,47, 551-568 (2010) ·兹比尔1198.92052 [25] 医学博士约翰斯顿。;Siegel,D.,化学反应网络的线性共轭,J.Math。化学。,49, 1263-1282 (2011) ·Zbl 1303.92153号 [26] 约翰斯顿医学博士。;西格尔,D。;Szederkényi,G.,计算具有最小缺陷的弱可逆线性共轭化学反应网络,数学。生物科学。,241, 88-98 (2013) ·Zbl 1263.92058号 [27] Z.A.图扎。;Szederkényi,G。;Hangos,K.M。;Banga,J.R。;Alonso,A.A.,使用优化方法计算Lorenz系统的所有稀疏动力学结构,《国际分叉混沌》,23(2013),1350141(1-17)·Zbl 1275.34068号 [28] Feinberg,M.,化学反应网络讲座。威斯康星大学数学研究中心(1979年)讲座笔记 [29] Farkas,G.,《动力学集总方案》,化学。工程科学。,54, 3909-3915 (1999) [30] cs,B。;Szederkényi,G。;Z.A.图扎。;Tuza,Z.,利用最优化和图论计算线性共轭弱可逆动力学结构,MATCH Commun。数学。计算。化学。,74, 481-504 (2015) ·Zbl 1403.92353号 [31] I.纳吉。;Tóth,J.,《动力学微分方程的二次第一积分》,J.Math。化学。,第52页,第93-114页(2014年)·Zbl 1314.92072号 [32] 博伊德,S。;Vandenberghe,L.,《凸优化》(2004),剑桥大学出版社·Zbl 1058.90049号 [33] Wosniack,M.E。;Raposo,E.P。;Viswanathan,G.M。;da Luz,M.G.E.,随机搜索的并行算法,计算。物理学。Comm.,196,390-397(2015) [34] 乔库夫·内贾德,B。;欧姆,T。;Reuter,J.,用于极限计算的简单并行虚拟机,计算。物理学。通信,196,58-69(2015) [37] Szederkényi,G。;Hangos,K.M。;Péni,T.,《反应动力学系统的最大和最小实现:计算和特性》,MATCH Commun。数学。计算。化学。,65, 309-332 (2011) [38] Cászár,A.(西班牙语:Cászár,A.)。;Jicsinszky,L。;Turányi,T.,导致极限循环行为的模型反应生成,React。金特。目录。莱特。,18, 65-71 (1981) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。