Grønbech Jensen，尼尔斯;内萨·罗伯特·海尔;奥德·法拉戈 G-JF离散时间恒温器用于快速准确的分子模拟。 （英语） Zbl 1348.82064号 计算。物理学。公社。 185，第2期，524-527（2014）. 小结：一种新的Langevin-Verlet恒温器用于分子建模，并以一个小分子为例，对几个流行的套件（AMBER、GROMACS、LAMMPS）进行了测试，这三个软件包都可以很容易地对其进行模拟。与现有方法相反，当时间步长在整个数值稳定性范围内变化时，新恒温器在采样统计中没有显示出可检测的变化。该方法的简单形式，我们用三种常见形式（Velocity-Explicit、Störmer-Verlet和Leap-Frog）表示，允许在现有分子模拟软件包中轻松实现，以实现更快、更准确的结果，而不需要计算时间或编程复杂性。 引用于5文件 MSC公司： 82立方31 随机方法（福克-普朗克、朗之万等）应用于含时统计力学问题 82C80码 时间相关统计力学的数值方法（MSC2010） 82-08 计算方法（统计力学）（MSC2010） 60 H10型 随机常微分方程（随机分析方面） 关键词：分子动力学;Verlet算法;模拟Langevin动力学;随机微分方程 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.Grönbech-Jensen}等人，计算。物理学。Commun公司。185，第2号，524--527（2014；Zbl 1348.82064） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] Grönbech-Jensen，N。；O.Farago，摩尔物理学。，111, 983 (2013) [2] Frenkel，D。；Smit，B.，《理解分子模拟，从算法到应用》（1996），学术出版社，参见·Zbl 0889.65132号 [3] Parisi，G.，《统计场理论》（1988），艾迪森·韦斯利：艾迪森·韦斯利·门洛·帕克，参见，e.G·兹伯利0984.81515 [4] 莱姆库勒，B。；Matthews，C.，应用。数学。Res.Express，2013，34（2012） [5] Brünger，A。；布鲁克斯，C.L。；Karplus，M.，化学。物理学。莱特。，105, 495 (1984) [6] Loncharich，R.J。；布鲁克斯，B.R。；Pastor，R.W.，《生物聚合物》，32，523（2004） [7] van der Spoel，D。；Lindahl，E。；赫斯，B。；格伦霍夫，G。；马克·A·E。；Berendsen，H.J.C.，J.计算。化学。，26, 1701 (2005) [8] 北戈加。；Rzepiela，A.J。；de Vries，A.H。；Marrink，S.J。；贝伦德森，H.J.C.，J.Chem。理论计算。(2012) [9] Schneider，T.公司。；斯托尔，E.，Phys。B版，171302（1978） [10] 范甘斯特伦，W.F。；Berendsen，H.J.C.，摩尔模拟。，1, 173 (1988) [11] Vanden-Eijnden，E。；Ciccotti，G.，化学。物理学。莱特。，429, 310 (2006) [12] 艾伦，M.P。；Tildesley，D.J.，《液体的计算机模拟》（1989），牛津大学出版社，见，e.g·Zbl 0703.68099号 [13] 康奈尔，W.D。；Cieplak，P。；巴利，C.I。；古尔德，I.R。；Merz，K.M。；Ferguson，D.M。；斯佩尔迈耶，哥伦比亚特区。；福克斯，T。；考德威尔，J.W。；科尔曼，P.A.，J.Amer。化学。Soc.，117，5179（1995） [15] Plimpton，S.J.，J.计算。物理。，117, 1 (1995) ·Zbl 0830.65120号 [17] 范甘斯特伦，W.F。；Berendsen，H.J.C.，《分子物理学》。，45637（1982年） [18] 斯科特，W.R.P。；Hünenberger，P.H。；蒂罗尼，I.G。；马克·A·E。；比勒特，S.R。；Fennen，J。；托尔达，A.E。；Huber，T。；Krüger，P。；范甘斯特伦，W.F.，J.Phys。化学。A、 103、3596（1999） [19] 莫布里，D.L。；乔德拉，J.D。；Dill，K.A.，J.化学。物理。，125, 084902 (2006) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。