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iLM-2L:通过将K-gap氨基酸对纳入Chou的一般PseAAC,识别蛋白赖氨酸甲基化位点及其甲基化程度的两级预测因子。 (英语) Zbl 1343.92157号

摘要:作为最关键的翻译后修饰之一,赖氨酸甲基化在调节各种蛋白质功能中起着关键作用。为了了解赖氨酸甲基化的分子机制,准确识别赖氨酸的甲基化位点及其甲基化程度是非常重要的。由于传统的实验方法费时费力,已经开发了几种用于鉴定甲基化位点的计算方法。然而,现有计算方法的预测精度仍不令人满意。此外,他们只关注于预测查询赖氨酸残基是否是甲基化位点,而没有考虑其甲基化程度。本文提出了一种新的两级预测因子iLM-2L,利用k间隔氨基酸对的组成特征编码方案和支持向量机算法预测赖氨酸甲基化位点及其甲基化程度。第一级是确定查询赖氨酸残基是否为甲基化位点,第二级是确定如果在第一级鉴定中预测为甲基赖氨酸位点,查询赖氨酸残基所属的甲基化程度。iLM-2L具有良好的性能,第一级的灵敏度为76.46%,特异性为91.90%,准确度为85.31%,马太相关系数为69.94%,精密度为84.81%,准确度79.35%,召回率为80.83%,绝对准确度为73.89%,汉明相关系数为折刀试验第2级损失15.63%。如独立测试所示,iLM-2L的性能显著优于其他现有赖氨酸甲基化位点预测因子。iLM-2L的matlab软件包可以从免费下载https://github.com/juzhe1120/Matlab_Software/blob/master/iLM-2L_Matlab_Software软件.rar.

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
2008年9月 生物学问题的计算方法
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全文: 内政部

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