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带有假结的RNA结构:图形理论、组合和统计特性。 (英语) Zbl 1323.92149号

摘要:核酸的二级结构是一类特别重要的接触结构。然而,许多重要的RNA分子都含有假结,这种结构特征被明确排除在二级结构的传统定义之外。我们在这里提出了一个包含“非嵌套”伪结的二级结构的泛化,我们称之为双二级结构,并基于更一般的接触结构的图形理论特性讨论其复杂性的度量。双二级结构是具有特殊嵌入性质的平面三价图。我们推导了它们的数量的精确上界(作为链长的函数),这意味着与序列相比,不同的结构更少。计算结果表明,双二级结构的数量增长约为2.35。基于动力学折叠和标准能量模型的简单扩展的数值研究表明,当伪结被引入二级结构图时,RNA序列结构图的全局特征没有改变。我们发现大部分中性突变,特别是折叠成相同形状的序列网络。这些中性网络贯穿整个序列空间。

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92D20型 蛋白质序列,DNA序列
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