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万世彪;Man-Wai Mak;龚孙元

GOASVM：一种亚细胞位置预测因子，通过将术语频率基因本体纳入Chou伪氨基酸组成的一般形式。 （英语） Zbl 1314.92060号

J.西奥。生物。 323，40-48（2013）.
摘要：蛋白质亚细胞定位预测是一个重要而又具有挑战性的问题。最近，提出了几种基于基因本体（GO）的计算方法来解决这一问题，并证明了其优于基于其他特征的方法。然而，现有的基于GO的方法并没有充分利用GO信息。本文提出了一种称为GOASVM的高效GO方法，该方法利用GO项频率和远距离同源物的信息来表示Chou伪氨基酸组成的一般形式的蛋白质。该方法首先选择相关GO项的子集以形成GO向量空间。然后，对于每个蛋白质，该方法使用该蛋白质的登录号（AC）或其同源物的登录号来查找基因本体注释（GOA）数据库中选定GO术语的出现次数，作为构建GO向量以进行支持向量机（SVM）分类的手段。利用GO术语频率的优势和包含有用同源信息的新策略，GOASVM可以在一个新的独立测试集上实现72.2%的预测准确率，该测试集由新的蛋白质组成，这些新蛋白质在比训练集创建日期晚六年添加到Swiss-Prot。GOASVM和补充材料可在线获取，网址为http://bioinfo.eie.polyu.edu.hk/mGoaSvmServer/GOASVM.html.

引用于6文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

蛋白亚细胞定位;基因本体;GO术语;术语频率;支持向量机

软件：

沃尔夫PSORT;多位置2;细胞PLoc;InterProScan公司;快速GO;双鱼座;GOASVM公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Wan}等人，J.Theor。生物.323，40-48（2013；Zbl 1314.92060）
全文： 内政部

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