任丽红;沈义珍;丁永生;周国晨 蛋白质相互作用网络分析的生物工程网络。 （英语） Zbl 1303.93030号 亚洲J.控制 第5期第13期，第726-737页（2011年）. 摘要：蛋白质相互作用（PPI）对活细胞的每个过程都至关重要。关于这些相互作用的信息可以提高我们对疾病的理解，并为革新治疗方法提供基础。然而，由于PPI涉及极其复杂的生物过程，因此有必要开发新的工具来处理此类网络系统。为了实现这一点，引入了生物-能量网络方法来显示PPI网络的动态和集体性能的拓扑结构，并分析在PPI网络中起重要作用的蛋白质节点的方差。此外，还使用频谱分析来捕获PPI的离散和随机特征。酵母蛋白相互作用网络被认为是一个范例。结果表明，该方法可以轻松、清晰地识别对PPI系统影响最大的hub蛋白。预计本文提出的生物-能量网络方法可能成为系统生物学中的有用工具。 引用于6文件 MSC公司： 93A30型 系统数学建模（MSC2010） 第92页第42页 系统生物学、网络 关键词：图形表达式;探索性分析;小世界网络;hub蛋白;酵母 软件：电子电话 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛L.-H.Ren｝等人，《亚洲控制杂志》第13期，第5726-737号（2011年；Zbl 1303.93030） 全文： 内政部 参考文献： [1] Tomita，E-CELL：全细胞模拟的软件环境，生物信息学15 pp 72–（1999）·doi:10.1093/bioinformatics/15.1.72 [2] 周，基因克隆与表达技术（2002） [3] Vollert，酵母中的phox同源性（PX）域蛋白质相互作用网络，分子细胞。蛋白质组学3第1053页–（2004）·doi:10.1074/mcp。M400081-MCP200 [4] Chou，血栓素A2受体与鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α-13亚单位之间的耦合作用，《蛋白质组研究杂志》4第1681页–（2005年）·doi:10.1021/pr050145a [5] Chou，Review:结构生物信息学及其对生物医学科学的影响，Curr。医药化学。第11页，2105页–（2004年）·doi:10.2174/0929867043364667 [6] Zhang，通过分子截短和计算机建模鉴定Cdk5的N端功能结构域，蛋白质类：结构。功能。遗传学。第48页，447页–（2002年）·doi:10.1002/port.10173 [7] Kanehisa，《解译基因组的KEGG资源》，《核酸研究》32 pp D277–（2004）·doi:10.1093/nar/gkh063 [8] Ben-Hur，预测蛋白质相互作用的核方法，生物信息学21 pp i38–（2005） [9] Harada，《使用代理多样化策略的可控瞬态行为的出现》，IEEE Trans。SMC A部分系统。人类33（5）第589页–（2003）·doi:10.1109/TSMCA.2003.817373 [10] 哈卡，《系统生物学标记语言（SBML）：生物医学网络模型的表示和交换媒介》，《生物信息学》第19卷第524页–（2003年）·doi:10.1093/bioinformatics/btg015 [11] González-Díaz，H.Y.Gonzélez-Días-L.Santana F.M.Ubeira E.Uriart蛋白质组学、网络和连接性指数10.1002/pmic.200700638 2008 [12] d'Inverno，《工程自组织系统：方法和应用》（2005） [13] Walker，《上皮细胞：细胞社会行为的基于代理的建模》，《生物系统》第76页第89页–（2004）·doi:10.1016/j.biosystems.2004.05.025 [14] 袁，有限传感范围多智能体系统交会算法组合框架，亚洲控制杂志13（2），第283页–（2011）·Zbl 1222.93008号 ·doi:10.1002/asjc.178 [15] 丁，《计算智能的新框架：生物网络体系结构》，J.Intell。系统。2（2）第26页–（2007） [16] 丁，基于免疫涌现计算的生物网络架构设计，Control Decis。18（2）第185页–（2003） [17] Ding，一个用于智能Web服务组合和管理的仿生应急系统，基于知识的系统。第20（5）页，第457页–（2007年）·doi:10.1016/j.knosys.2007.01.007 [18] Ren，系统生物学中基于多试剂的生物网络：以蛋白质相互作用网络为例，《氨基酸35（3）》，第565页–（2008）·doi:10.1007/s00726-008-0081-2 [19] Girvan，《社会和生物网络中的社区结构》，Proc。国家。阿卡德。科学。99页7821–（2002）·Zbl 1032.91716号 ·doi:10.1073/pnas.122653799 [20] Tong，酵母遗传相互作用网络的全球映射，《科学》303 pp 808–（2004）·doi:10.1126/science.1091317 [21] Roseli，基于神经网络的动态系统优化算法，亚洲J.Control 3（2）第131页–（2001） [22] Graham，《使用加性噪声模型方法分析和设计网络控制系统》，《亚洲控制杂志》12（4），第443页–（2010） [23] Andraos，《在没有速率定律的情况下产生多个产物的动力学方案的动力学塑性和产物比的测定：基于有向图的新方法》，Can。化学杂志。第86页，342页–（2008年）·doi:10.1139/v08-020 [24] 周，评论：加工核酸聚合酶和核酸酶的稳态抑制动力学，Ana。生物化学。第217页第221页–（1994年）·doi:10.1006/abio.1994.1405 [25] 齐，基于双核苷酸的DNA序列新三维图形表示，J.Theor。生物学249第681页–（2007）·doi:10.1016/j.jtbi.2007.08.025 [26] Aguero-Chapin，大分子/超分子RNA复合物网络拓扑指数的比较研究，化学杂志。信息模型。第48页，2265页–（2008年）·doi:10.1021/ci8001809 [27] Cruz-Monteagudo，聚合物的随机分子描述符。4.具有质谱螺旋和星形网络拓扑指数的复杂混合物的研究：血液蛋白质组案例，Polymer 49 pp 5575–（2008）·doi:10.1016/j.polymer.2008.09.070 [28] 肖，用伪氨基酸组成预测蛋白质结构类：一种使用细胞自动机图像几何矩的方法，J.Theor。生物学254第691页–（2008）·Zbl 1400.92416号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.06.016 [29] Mewes，MIPS：全基因组蛋白质的分析和注释，《核酸研究》32页D41–（2004）·doi:10.1093/nar/gkh092 [30] Hughes，通过表达谱简编进行功能发现，Cell 102第109页–（2000）·doi:10.1016/S0092-8674（00）00015-5 [31] 吉布森，Proc。第九届ACM Conf.超文本超媒体（1998） [32] Goldberg，《评估小世界中实验得出的相互作用》，Proc。国家。阿卡德。科学。美国100页4372–（2003）·兹比尔1132.92327 ·doi:10.1073/pnas.0735871100 [33] Yu，《预测蛋白质相互作用的计算方法：一项调查》，《医学系统杂志》。第30页39–（2006）·数字对象标识代码：10.1007/s10916-006-7402-3 [34] Bang，S.J.Choi J.Park S.J.ParkA基于Hub蛋白的大型蛋白质相互作用网络可视化1217 1220 2007 [35] Qi，放射治疗下P53基因调控网络的数学模型，生物系统90 pp 698–（2007）·doi:10.1016/j.biosystems.2007.02.007 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。