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达里奥·坎帕尼亚；卡拉广场

系统生物学中的混合自动机：我们能走多远？ （英语） Zbl 1283.92035号

尼古拉·卡纳塔（编辑）等人，《第二次研讨会论文集——从生物学到并发性再到并发性（FBTC 2008）》，冰岛雷克雅未克，2008年7月12日。阿姆斯特丹：爱思唯尔。理论计算机科学电子笔记229，第1期，93-108（2009）。
摘要：我们考虑半代数混合自动机的可达性问题。特别地，我们讨论了通过一阶可满足性来解决可达性所需的有效成本。{}我们使用一些现有工具进行的分析表明，即使是简单的例子也无法有效解决。我们需要近似值来减少公式中的变量数量：这是时间计算增长的主要来源。我们研究了基于泰勒多项式的标准近似方法和解决该问题的特殊策略，并在阻遏器案例研究中证明了它们的有效性。
关于整个系列，请参见[Zbl 1278.92003号].

引用于三文件

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
65年第68季度 形式语言和自动机

关键词：

混成自动机；可达性；半代数一阶formul

软件：

日/日；Uppaal公司；RSOLVER公司；高超声速；克洛诺斯；QEPCAD公司；重新记录
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Campagna}和\textit{C.Piazza}，电子。注释Theor。计算。科学。229，编号1，93--108（2009；Zbl 1283.92035）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 阿鲁尔（Alur，R.）。；贝尔塔，C。；伊万西奇，F。；库马尔，V。；明茨，M。；帕帕斯，G.J。；鲁宾，H。；Schug，J.，《生物分子网络的混合建模与仿真》，（《混合系统程序：计算与控制》，《混合系统的程序：计算和控制》，HSCC’01）。混合系统学报：计算与控制。《混合系统学报：计算与控制》（HSCC’01），LNCS，第2034卷（2001），Springer-Verlag），19-32·Zbl 0993.92010
[2] 阿鲁尔（Alur，R.）。；Courcoubetis，C。；Halbwachs，N。；亨辛格，T.A。；Ho，P.-H。；尼克林，X。；奥利维罗，A。；Sifakis，J。；Yovine，S.，混合系统的算法分析，理论计算机科学，138，1，3-34（1995）·Zbl 0874.68206号
[3] 阿鲁尔（Alur，R.）。；Dang，T。；Ivancic，F.，使用谓词抽象的混合系统可达性分析进展，（Maler，O.；Pnueli，A.，HSCC.HSCC，LNCS，卷2623（2003），Springer-Verlag），4-19·Zbl 1032.93033号
[4] 阿鲁尔（Alur，R.）。；Dill，D.L.，时间自动机理论，理论计算机科学，126，2，183-235（1994）·Zbl 0803.68071号
[5] 阿鲁尔（Alur，R.）。；亨辛格，T.A。；何培欣，嵌入式系统的自动符号验证，（IEEE实时系统研讨会论文集（1993），IEEE计算机社会出版社），2-11
[6] 安东尼奥蒂，M。；Policriti，A。；Ugel，N。；Mishra，B.，生物过程的模型构建和模型检查，细胞生物化学和生物物理（2003）
[7] Apt，K.R。；Wallace，M.G.，《使用Eclipse的约束逻辑编程》（2006），剑桥大学出版社
[8] Asarin，E。；Dang，T。；Maler，O.，混合系统验证的d/dt工具，（第十四届计算机辅助验证国际会议论文集。第十四届国际计算机辅助验证会议论文集，（CAV'02）。第十四届计算机辅助验证国际会议记录。第十四届计算机辅助验证国际会议记录（CAV’02），LNCS（2002），Springer-Verlag:Springer-Verlag London，UK），365-370·Zbl 1010.68796号
[9] Asarin，E。；Dang，T。；马勒，O。；Bournez，O.，《分段线性动力系统的近似可达性分析》，（Krogh，B.；Lynch，N.，《混合系统学报：计算与控制》，（HSCC'00）。混合系统学报：计算与控制。《混合系统学报：计算与控制》，（HSCC'00），LNCS，第1790卷（2000年），Springer-Verlag，20-31·Zbl 0938.93502号
[10] Basu，S.，实闭域上量词消除的改进算法，（第三十八届计算机科学基础年度研讨会论文集。第三十八年度计算机科学基础研讨会论文集，（FOCS’97）（1997），IEEE计算机社会出版社：IEEE计算机社会出版社，华盛顿特区，美国），56-65
[11] Bengtsson，J。；Larsen，K.G。；Larsson，F。；Pettersson，P。；Yi，W.，Uppaal——实时系统自动验证的工具套件，（Alur，R.；Henzinger，T.a.；Sontag，E.D.，混合系统III：验证和控制，DIMACS/SYCON研讨会论文集。混合系统III：验证和控制，DIMACS/SYCON研讨会论文集，LNCS，第1066卷（1996年），Springer Verlag）， 232-243
[12] L.Bortolussi和A.Policriti。随机并发约束规划的混合逼近。在国际自动控制联合会世界大会（IFAC’08）; L.Bortolussi和A.Policriti。随机并发约束规划的混合逼近。在国际自动控制联合会世界大会（IFAC’08）·Zbl 1144.92001号
[13] Brown，C.W.，QEPCAD B:使用CAD计算半代数集的程序，ACM SIGSAM Bulletin，37，4，97-108（2003）·兹比尔1083.68148
[14] 卡萨格兰德，A。；C.广场。；Mishra，B.，《半代数常数重置混合自动机-SACoRe》，（第四十四届决策与控制大会议事录，第四十四次决策与控制会议议事录，（CDC’05）（2005），IEEE计算机社会出版社），678-683
[15] Chutinan，A。；Krogh，B.，《使用多边形流管近似验证多面体不变混合自动机》，（Vaandrager，F.W.；van Schuppen，J.H.，《混合系统学报：计算与控制》，混合系统学报，（HSCC’99）。混合系统学报：计算与控制。《混合系统学报：计算与控制》，（HSCC’99），LNCS，第1569卷（1999），Springer-Verlag），76-90·兹比尔0954.93020
[16] Collins，G.E.，通过圆柱代数分解实现实闭域初等理论的量词消除，（第二届GI自动机理论和形式语言会议论文集。第二届GIS自动机理论与形式语言会议文献集，LNCS，第33卷（1975），Springer-Verlag），134-183·Zbl 0318.02051号
[17] Dang，T。；Maler，O.，通过面部提升进行可达性分析，（Henzinger，T.A.；Sastry，S.，HSCC.HSCC，LNCS，第1386卷（1998年），Springer-Verlag），96-109
[18] Daws，C。；奥利维罗，A。；Tripakis，S。；Yovine，S.，工具KRONOS，（Alur，R.；Henzinger，T.A.；Sontag，E.D.，《混合系统III:验证与控制，DIMACS/SYCON研讨会论文集》。混合系统III：验证与控制、DIMACS/SYCON研讨会文件集，LNCS，第1066卷（1996），Springer-Verlag，208-219
[19] Dolzmann，A。；Sturm，T.，REDLOG:《计算机代数与计算机逻辑》，SIGSAM Bulletin（ACM符号和代数操作特别兴趣小组），31，2，2-9（1997）
[20] Elowitz，M。；Leibler，S.，转录调节器的合成振荡网络，《自然》，40335-338（2000）
[21] Ghosh，R。；Tiwari，A。；Tomlin，C.，自动化符号可达性分析；《Delta-Notch信令自动机的应用》（Maler，O.；Pnueli，A.），《混合系统程序：计算与控制》（Proceedings of Hybrid Systems:Computation and Control），（HSCC'03）。混合系统学报：计算与控制。《混合系统学报：计算与控制》，（HSCC’03），LNCS，第2623卷（2003），Springer-Verlag），233-248·Zbl 1032.92500号
[22] 格里戈列夫，D。；Vorobjov，N.，计算亚指数时间内半代数集的连通分量，计算复杂性，2，2，133-186（1992）·Zbl 0900.68253号
[23] Halbwachs，N。；普罗，Y.-E。；Raymond，P.，用凸逼近验证线性混合系统，（Le Charlier，B.，静态分析研讨会（1994），Springer-Verlag），223-237
[24] 亨辛格，T.A。；Ho，P.H。；Wong-Toi，H.，HYTECH:混合系统的模型检查器，技术转让软件工具国际期刊，1，1-2，110-122（1997）·Zbl 1060.68603号
[25] 亨辛格，T.A。；Kopke，P.W。；Puri，A。；Varaiya，P.，混合自动机的决定因素是什么？，（第二十七届美国计算机学会计算理论年会论文集。第二十六届美国计算机协会计算理论年会刊论文集，（STOC'95）（1995年5月29日至6月1日），美国纽约州纽约市美国计算机学会出版社，373-382·Zbl 0978.68534号
[26] Kurzhanski，A.B。；Varaiya，P.，《关于通过椭球体技术验证受控混合动力》，（第44届决策与控制会议和欧洲控制会议论文集，第44届决定与控制会议及欧洲控制会议文献集，（CDC-ECC’05）（2005年12月），IEEE计算机学会出版社：西班牙塞维利亚IEEE计算机协会出版社），4682-4687
[27] 拉弗里尔，G。；帕帕斯，G.J。；Sastry，S.，O-最小混合系统，控制数学，信号与系统，13，1-21（2000）·兹比尔1059.68073
[28] 拉诺特，R。；Tini，S.，混合系统的泰勒近似，Inf.Comput。，20511575-1607（2007年）·Zbl 1130.68071号
[29] 迈索尔，V。；Mishra，B.，算法代数模型检验III:近似方法，理论计算机科学电子笔记，149，1，61-77（2006）·Zbl 1273.68239号
[30] 迈索尔，V。；C.广场。；Mishra，B.，算法代数模型检查I：半代数模型检查的可判定性及其在系统生物学中的应用，（Tsay，Y.；Peled，D。第三届核查和分析自动化技术国际研讨会论文集。《第三届核查和分析自动化技术国际研讨会论文集》（ATVA 2005）。第三届核查和分析自动化技术国际研讨会论文集。《第三届验证和分析自动化技术国际研讨会论文集》（ATVA 2005），LNCS，第3707号（2005年10月），斯普林格-Verlag，217-233·Zbl 1170.68523号
[31] C.广场。；安东尼奥蒂，M。；迈索尔，V。；Policriti，A。；温克勒，F。；Mishra，B.，《算法代数模型检验I：来自系统生物学的挑战》，（Etessami，K.；Rajamani，S.K.，《计算机辅助验证程序集》，（CAV’05）。计算机辅助验证程序。计算机辅助验证程序（CAV’05），LNCS，编号3576（2005），Springer-Verlag），5-19·Zbl 1081.68056号
[32] Puri，A。；Varaiya，P.，带矩形微分包含的混杂系统的可判定性，（Dill，D.L.，《计算机辅助验证国际会议论文集》，计算机辅助验证世界会议论文集，（CAV’94）。计算机辅助验证国际会议记录。计算机辅助验证国际会议论文集，（CAV’94），LNCS，第818卷（1994），Springer-Verlag），95-104
[33] Ratschan，S.，有效解决实数上的量化不等式约束，ACM计算逻辑汇刊，7，4，723-748（2006）·Zbl 1367.68270号
[34] Renegar，J.，《论实一阶理论的计算复杂性和几何》，第三部分：量词消除，符号计算杂志，13，3，329-352（1992）·Zbl 0798.68073号
[35] 席尔瓦，B.I。；Krogh，B.H.，《使用将死法对混合系统进行形式验证：案例研究》（2000年美国控制会议论文集）。《2000年美国控制会议论文集》（ACC'00）（2000年6月），IEEE计算机学会出版社：IEEE计算机协会出版社，伊利诺伊州芝加哥），678-683
[36] T.斯图尔姆。基于量词消除的约束逻辑编程。技术报告MIP-0202，Fakultät für Mathematik und Informatik，帕索大学，2002年；T.斯图尔姆。基于量词消除的约束逻辑编程。技术报告MIP-0202，Fakultät für Mathematik und Informatik，帕索大学，2002年·Zbl 1072.68595号
[37] Tarski，A.，《初等代数和几何的决策方法》（1951），加利福尼亚大学出版社·Zbl 0044.25102号
[38] Voit，E.O.，《生物化学系统的计算分析，生物化学家和分子生物学家实用指南》（2000），剑桥大学出版社
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