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贾恩·布萨；Shura Hayryan；胡金坤；雅罗斯拉夫·斯科伊瓦内克；吴明霞

CAVE：一种用于检测和定量分析重叠球系统内腔的软件包：应用于蛋白质。 （英语） Zbl 1216.92034号

计算。物理学。公社。 181，第12期，2116-2125（2010）.
摘要：我们用Fortran语言开发了一个软件包（CAVE），用于检测蛋白质中的内腔，该软件包也可以应用于任意的球系统。可以计算空腔的体积、表面积和其他定量特征。该代码基于最近建议的包络三角剖分算法[J.布萨等，J.Comp。化学。30，346 ff（2009）]，用于通过分析方程计算腔体的体积和表面积。可以使用不同的原子半径标准集。包含原子坐标的PDB兼容文件必须提前存储在磁盘上。对不同蛋白质和人工球系统的代码测试表明了算法的效率和准确性。这个程序很快。它可以在当代PC上以秒的顺序处理数千个球的系统。该代码是开源和免费的。

引用于1审查

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
92C05型 生物物理学

关键词：

排除的体积；三角测量；Fortran包；SMMP公司；ARVO公司

软件：

SMMP公司；ARVO公司；瓦达尔；洞穴；SURFNET公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Buša}等人，计算。物理学。Commun公司。181，第12号，2116--2125（2010；Zbl 1216.92034）
全文： 内政部

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