Kei Moritsugu;杰里米·史密斯。 REACH:粗粒度生物分子模拟程序。 (英语) 2016年9月19日Zbl 计算。物理学。Commun公司。 180,第7期,1188-1195(2009). 摘要:REACH(Realistic Extension Algorithm(via)Covariance Hessian)是一个用于残余尺度粗粒度生物分子模拟的程序包。该程序使用原子分子动力学模拟获得的方差-方差矩阵计算单结构域蛋白质中残余尺度弹性网络模型的力常数。积分了力常数的二级结构依赖性。该方法采用高效的自动化程序,将原子模拟结果直接映射到粗粒度力场,无需迭代拟合,也无需避免系统依赖性。 MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 92-04 生物相关问题的软件、源代码等 68岁20岁 模拟(MSC2010) 关键词:粗粒度力场;分子动力学(MD)模拟;弹性网络模型 软件:REACH标准 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{K.Moritsugu}和\textit{J.C.Smith},计算机。物理学。Commun公司。180,第7号,1188--1195(2009;Zbl 1198.92016) 全文: 内政部 参考文献: [1] MacKerell,A.D.J。;Wiorkiewicz-Kuczera,J。;Karplus,M.,J.美国化学。《社会学杂志》,11711946(1995) [2] 康奈尔,W.D。;Cieplak,P。;巴利,C.I。;古尔德,I.R。;Merz,K.M.J。;Ferguson,医学博士。;斯佩尔迈耶,哥伦比亚特区。;福克斯,T。;考德威尔,J.W。;科尔曼,P.A.,J.Am.Chem。Soc.,117,5179(1995) [3] 赫尔曼斯,J。;贝伦德森,H.J.C。;Van Gunsteren,W.F。;Postma,J.P.M.,《生物聚合物》,第23卷,第1513页(1984年) [4] 蒂里昂,M.M.,物理学。修订稿。,7, 1905 (1996) [5] 巴哈,I。;Atilgan,A.R。;埃尔曼,B.,Fold。设计。,2, 173 (1997) [6] Hinsen,K.,结构。功能。遗传学。,33, 417 (1998) [7] Chu,J.W。;Voth,G.A.,《生物物理学》。J.,90,1572(2006) [8] Trylska,J。;托齐尼,V。;McCammon,A.,化学。物理学。莱特。,89, 1455 (2005) [9] Moritsugu,K。;Smith,J.C.,《生物物理学》。J.,93,3460(2007) [10] Moritsugu,K。;Smith,J.C.,《生物物理学》。J.,95,1639(2008) [11] Kabsch,W。;Sander,C.,《生物聚合物》,222577(1983) [12] Smith,W。;Forester,T.,J.摩尔图形,14136(1996) [14] Kraulis,P.,J.应用。结晶器。,946年4月24日(1991年) [15] 乔蒂,Y。;中崎,M。;基德拉,A。;去,N.,《晶体学报》。D、 581421(2002) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。